| 研究課題/領域番号 |
17K07265
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
システムゲノム科学
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
蒔田 由布子 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (80443026)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
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| キーワード | トランスクリプトーム / ソルガム / RNA-seq / CAGE / gDB-seq / C4草本植物 / データベース / 転写因子 / HY5 / D gene / 転写開始点 / TSS / Sorghum bicolor BTx623 / Sorghum bicolor Keller / グレインソルガム / スィートソルガム / MOROKOSHI database / transcriptome / 発現量 |
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| 研究成果の概要 |
ソルガムは世界五大穀物の一つであり、環境ストレスにも強いため、バイオエタノール生産植物として注目されている。ゲノム配列以外の情報リソースに不足しており、高糖性・高バイオマス研究への応用や、環境ストレス耐性メカニズムの解明のための情報基盤整備として、ソルガムのデータベースを更新した。本課題では、糖蓄積器官の異なる２系統の発現比較を行なうことで、品種間の発現量、転写制御の比較を進めた。複数のトランスクリプトーム解析手法を組み合わせることで、効率的に糖・デンプン合成遺伝子群の転写ネットワークの解析を進め、MOROKOSHI(http://sorghum.riken.jp)を通じて結果を公開している。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ソルガムは世界五大穀物の一つであり、環境ストレスにも強いため、バイオエタノール生産植物として注目されている。ゲノム配列は公開されているものの、それ以外のリソースに著しく不足している。そこで高糖性・高バイオマス研究への応用や、環境ストレス耐性メカニズムの解明のためのリソース整備として、ソルガムのトランスクリプトーム情報基盤の整備・公開を行なう。
本研究では特に、糖蓄積器官の異なる２系統の発現比較を行
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