• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

データウェアハウスとシグナル伝達シミュレーションによる創薬標的予測能力の向上

研究課題

研究課題/領域番号 17K07268
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 システムゲノム科学
研究機関国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所

研究代表者

水口 賢司  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 AI健康・医薬研究センター, センター長 (50450896)

研究分担者 伊藤 眞里  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 AI健康・医薬研究センター, 上席研究員 (50728102)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードトランスオミックス解析 / 代謝物情報 / 統合データベース / KEGGパスウェイ / エンリッチメント解析 / タンパク質間相互作用 / バイオインフォマティクス / 創薬ターゲット
研究成果の概要

創薬ターゲットの探索や病態解析において、遺伝子、タンパク質、代謝物などを網羅的に測定したオミックスデータや診療情報、医薬品情報などを統合して多面的に解析する必要性が増している。報告者らが開発した創薬支援ツールであるデータウェアハウスTargetMineに、本研究によって、従来の遺伝子、タンパク質解析に加えて、代謝物の網羅的測定データを用いて、それらの相互関係、制御関係を導き出せる機能を付与した。またタンパク質間相互作用の確からしさを分類してスコア化することにより、より現実的なパスウェイを推測することが可能となった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

創薬研究において、開発が容易な創薬ターゲットに作用する薬剤はすでに研究開発し尽くされ、現在残っているのは高難易度の創薬ターゲットのみであること、また難病などにおいて、まだ真の標的が見いだされていないことなどから、「創薬ターゲットの枯渇」が深刻化している。この課題に対応するため、ヒトゲノム等の生体分子のデータと臨床データや医学、生物学的データ、医薬品関連のデータなどとの統合的な解析により、疾患病態の解明や真の創薬ターゲットの発見につなげることが求められている。本研究成果は、この統合的な解析のツールを提供し、真の創薬ターゲットを導き出すための支援につながるものである

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (27件) (うち国際学会 3件、 招待講演 24件)

  • [雑誌論文] The TargetMine data warehouse: enhancement and updates2019

    • 著者名/発表者名
      Chen Y.A., Tripathi L.P., Fujiwara T., Kameyama T., Ito M., Mizuguchi K.
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics-Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 10 ページ: 934-934

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00934

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Data Warehousing with TargetMine for Omics Data Analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Chen Y.A., Tripathi L.P., Mizuguchi K.
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 1986 ページ: 35-64

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-9442-7_3

    • ISBN
      9781493994410, 9781493994427
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Integrative Analysis of Multi-Omics Data2019

    • 著者名/発表者名
      Tripathi L.P., Esaki T., Itoh M., Chen Y.A, Mizuguchi K.
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 3 ページ: 194-199

    • DOI

      10.1016/b978-0-12-809633-8.20096-4

    • ISBN
      9780128114322
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Assessing drug target suitability using Targetmine2019

    • 著者名/発表者名
      Chen Y.A., Yogo E., Kurihara N., Ohno T., Higuchi C., Rokushima M., Mizuguchi K.
    • 雑誌名

      F1000Research

      巻: 8 ページ: 233-233

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Data Warehousing with TargetMine for Omics Data Analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Chen Y.A., Tripathi L.P., Mizuguchi K.
    • 雑誌名

      Methods Molecular Biology 1986(Microarray Bioinformatics)

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] TargetMineによる標的予測2018

    • 著者名/発表者名
      夏目やよい, 相崎健一, 北嶋聡, 陳怡安, 水口賢司, 菅野純
    • 雑誌名

      The Journal of Toxicological Sciences

      巻: 43

    • NAID

      130007432170

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 創薬における計算機の果たす役割 -プレシジョンメディシンに向けて-2018

    • 著者名/発表者名
      長尾知生子, 夏目やよい, 水口賢司
    • 雑誌名

      Precision Medicine

      巻: 1(1) ページ: 28-31

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] バイオメディカル・基礎から臨床への開発プロセス(1)~人工知能を用いる創薬テーマ創出2018

    • 著者名/発表者名
      伊藤眞里
    • 雑誌名

      医薬ジャーナル

      巻: 54(9) ページ: 2029-2032

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Integrating sequence and gene expression information predicts genome-wide DNA-binding proteins and suggests a cooperative mechanism2018

    • 著者名/発表者名
      Ahmad Shandar、Prathipati Philip、Tripathi Lokesh P、Chen Yi-An、Arya Ajay、Murakami Yoichi、Mizuguchi Kenji
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 1 ページ: 54-70

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1166

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Double deletion of tetraspanins CD9 and CD81 in mice leads to a syndrome resembling accelerated aging2018

    • 著者名/発表者名
      Jin Y, Takeda Y, Kondo Y, Tripathi LP, Kang S, Takeshita H, Kuhara H, Maeda Y, Higashiguchi M, Miyake K, Morimura O、Koba T、Hayama Y、Koyama S、Nakanishi K、Iwasaki T、Tetsumoto Si、Tsujino K、Kuroyama M、Iwahori K、Hirata H、Takimoto Ti、Suzuki M、Nagatomo I、Sugimoto K、Fujii Y、Kida H、et al.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 5145-5145

    • DOI

      10.1038/s41598-018-23338-x

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Network-based analysis for biological discovery2018

    • 著者名/発表者名
      Tripathi Lokesh P.、Murakami Yoichi、Chen Yi-An.、Mizuguchi Kenji
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: -

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Integrative analysis of Multi-omics data2018

    • 著者名/発表者名
      Tripathi Lokesh P.、Esaki Tsuyoshi、Ito Mari、Chen Yi-An.、Mizuguchi Kenji
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: -

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] PSOPIA: Toward more reliable protein-protein interaction prediction from sequence information2017

    • 著者名/発表者名
      Murakami Yoichi、Mizuguchi Kenji
    • 雑誌名

      IEEE Conferences

      巻: - ページ: 255-261

    • DOI

      10.1109/iciibms.2017.8279749

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Making protein-protein interaction prediction more reliable with a large-scale dataset at the proteome level2017

    • 著者名/発表者名
      Murakami Yoichi、Mizuguchi Kenji
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Neuroscience

      巻: 3 ページ: 91-98

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 公共データベースの統合からAIによるデータマイニングに向けて2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤 眞里、長尾 知生子、夏目 やよい、水口 賢司
    • 雑誌名

      日本化学会情報化学部会誌

      巻: 35 号: 3 ページ: 210

    • DOI

      10.11546/cicsj.35.210

    • NAID

      130006792845

    • ISSN
      0913-3747, 1347-2283
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 創薬の初期研究におけるデータベース構築とモデリング2017

    • 著者名/発表者名
      水口 賢司
    • 雑誌名

      学術の動向

      巻: 22 号: 7 ページ: 7_62-7_65

    • DOI

      10.5363/tits.22.7_62

    • NAID

      130006882503

    • ISSN
      1342-3363, 1884-7080
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] 疾患・創薬研究におけるデータベースとAI活用2020

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      日本臨床試験学会 第11回学術集会総会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 創薬研究へのAI活用2020

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      ILSI Japan先端技術シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬の基礎としてのデータ統合とモデリング2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第6回NPO法人京都コモンズ 会員セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬基盤としてのデータ統合とデータベース開発2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      ゲノム創薬・創発フォー ラム第1回シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data integration as a basis for artificial intelligence in drug discovery2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第14回生命医科学研究所ネットワーク国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data integration and computational systems approaches to drug discovery2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      6th International Symposium on Diffraction Structural Biology (ISDSB2019)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Artificial intelligence-based drug discovery: challenges and applications to target identification and pharmacokinetic modelling2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第4回トランスオミクスシンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI開発基盤としてのデータ統合:薬物動態モデリングとターゲット探索2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第1回日本メディカルAI学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] データ統合と人工知能技術による新薬創出の加速2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      彩都産学官連携フォーラム 2019
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算生物学と創薬のためのデータ統合2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      シンポジウム「理論生物物理学の現在と未来」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] インフォマティクスの活用による新薬創出の加速を目指して2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第5回インターフェックス大阪
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] データ統合と計算システム生物学による創薬2019

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      バイオインタラクション研究会 第4回ワークショップ
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Adding trans-omics analysis features to TargetMine2018

    • 著者名/発表者名
      Kameyama T., Chen Y.A., Nojima Y., Fujiwara T., Esaki T., Tripathi L., Ito M., Mizuguchi K.
    • 学会等名
      CBI学会2018年 大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 創薬・健康・栄 養研究を支援する支援するNIBIOHNのデータベース2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司, 坂手龍一, 五十嵐芳暢, 陳怡安, 樋口千洋, 長尾知生子, 深川明子
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会(特別企画バイオデータベースコーナー)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質インフォマティクスのためのデータ統合2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 創薬におけるAI利活用2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      CBI学会(情報計算化学生物学会)2018年大会(プレナリー講演)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data integration and computational systems approaches towards rational drug discovery2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      InCoB 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Data integration as a basis for computational modelling for rational drug discovery2018

    • 著者名/発表者名
      Mizuguchi K.
    • 学会等名
      The 18th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Data integration and computational systems approaches to target discovery and pharmacokinetic modelling2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      日英セミナー Big Data and AI in Drug Discovery: Resources and Developments
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data integration and computational modelling for drug discovery2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第6回ITbM国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 創薬・疾患研究のためのデータ統合の実際2018

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIと創薬2018

    • 著者名/発表者名
      伊藤眞里
    • 学会等名
      NPO法人J-Win Next Stage 『第四次産業革命研究会』
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質立体構造の比較とデータベース2017

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      第386回CBI学会講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多階層データの統合モデリングによる薬物動態予測 システムの構築2017

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      CBI学会2017年大会フォーカストセッション
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data integration and statistical/ab initio modeling towards rational drug discovery2017

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 創薬・健康・栄養 研究を支援するNIBIOHNのデータベース2017

    • 著者名/発表者名
      水口賢司,坂手龍一,深川明子,五十嵐芳暢,陳怡安,樋口千洋,長尾知生子
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 (ConBio2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] データ統合と多階層モデリングによる創薬の効率化2017

    • 著者名/発表者名
      水口賢司
    • 学会等名
      徳島大学研究クラスター 統合的がん創薬研究クラスター 特別セミナー
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi