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酵素基質複合体の構造ダイナミクス解析に基づく反応方向制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K07304
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関金沢大学

研究代表者

瀬尾 悌介  金沢大学, 物質化学系, 助教 (10339616)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2019年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2018年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2017年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワードフラボ酵素 / フェレドキシン / 酸化還元反応 / 酵素反応速度論 / フラビン / NADPH / NADH / ヒドリド転移 / 枯草菌 / 緑色硫黄細菌 / 紅色非硫黄細菌 / 光合成 / 基質阻害 / 電子伝達反応 / 酵素基質複合体 / 鉄硫黄タンパク質 / 速度論 / 構造ダイナミクス / 酵素 / 微生物 / 酵素反応 / 生物物理
研究成果の概要

Ferredoxin-NAD(P)+酸化還元酵素(FNR)の反応方向制御の詳細を,異なる方向性を示すFNRを用いた速度論的・構造学的解析に基づく比較研究により解明することを目指した.
FNRのNADP+/Hとの反応では,方向性の異なるFNR間で還元型FADのコンホメーションとNADP+還元反応の律速段階が異なることから,還元型FADとアミノ酸残基の相互作用が方向制御に重要であると推察された.またC末端部変異体の反応の解析から,C末端部が他のドメインとの相互作用を通して中間体構造を安定化し,NADP+/HとFNR間のヒドリド転移速度や酸化還元平衡を最適化して方向制御に寄与することが判明した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

相同性は高いが生理的に要求される反応方向が異なるFNRを用いた比較研究により,これまで酸化還元平衡に基づき説明されていたFNRの触媒反応の方向性が,実際には基質結合と酸化還元状態の変化に伴う構造変化による制御を受けており,構造的にも正逆方向で異なる過程をたどることが確認された.この結果は,FAD/NAD(P)H依存型酵素の構造-機能相関に基づく反応機構の理解の礎を築くと共に,フラボ酵素の反応方向制御における還元型FADのコンホメーションの制御の重要性を新たに提示するものである.

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書

研究成果

(25件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 5件)

  • [国際共同研究] Ecole Polytechnique(フランス)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] CNRS/ENS(フランス)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] CEA Saclay(フランス)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Kinetic and structural insight into a role of the re-face Tyr328 residue of the homodimer type ferredoxin-NADP+ oxidoreductase from Rhodopseudomonas palustris in the reaction with NADP+/NADPH2020

    • 著者名/発表者名
      Seo Daisuke、Muraki Norifumi、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1861 ページ: 148140-148140

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.148140

    • NAID

      120006873423

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 極低温ESRによる金属タンパク質及び金属錯体の機能解析-光合成細菌Heliobacillus mobilisのフェレドキシンの性質2018

    • 著者名/発表者名
      羽田野敦史, 北島正治, 瀬尾悌介, 片岡祐介, 川本達也, 櫻井英博, 井上和仁
    • 雑誌名

      Science Journal of Kanagawa University

      巻: 29 ページ: 93-96

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] C-terminal residues of ferredoxin-NAD(P)+ reductase from Chlorobaculum tepidum are responsible for reaction dynamics in the hydride transfer and redox equilibria with NADP+/NADPH2017

    • 著者名/発表者名
      Seo Daisuke、Asano Tomoya
    • 雑誌名

      Photosynthesis Research

      巻: 136 ページ: 275-290

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0462-z

    • NAID

      120006473958

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Fdの共存がferredoxin-NADP+還元酵素のNADP+還元速度に与える影響の速度論解析2020

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介、北島正治、井上和仁
    • 学会等名
      第61回 植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Kinetic analysis of the reaction between NADP+/H and ferredoxin-NAD(P)+ reductase from green sulfur bacterium in the presence of ferredoxin2019

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo, Masaharu Kitashima, Kazuhito Inoue
    • 学会等名
      10th International Conference on Photosynthesis and Hydrogen Energy Research for Sustainability
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 緑色硫黄細菌ferredoxin-NADP+酸化還元酵素と基質間の酸化還元反応の特異性2019

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介、北島正治、井上和仁
    • 学会等名
      第57回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Role of the re-face Tyr328 residue in ferredoxin-NADP+ oxidoreductase from Rhodopseudomonas palustris during catalysis with NADP+/H2019

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介、村木則文、栗栖源嗣
    • 学会等名
      第92回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Cooperative role of ferredoxin in Chlorobaculum tepidum ferredoxin-NADP+ reductase-catalyzed reaction with NADP+/H2019

    • 著者名/発表者名
      林壱星、瀬尾悌介
    • 学会等名
      第92回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 紅色非硫黄細菌ferredoxin-NADP+酸化還元酵素のTyr328の機能2019

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介
    • 学会等名
      第10回 日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 枯草菌ferredoxin-NADP+酸化還元酵素ホモログの生理的機能の推察2019

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介
    • 学会等名
      グラム陽性菌ゲノム機能会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Rhodopseudomonas palustris由来 ferredoxin NADP+ oxidoreductaseの結晶構造と酵素 活性2019

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介,村木則文,栗栖源嗣
    • 学会等名
      第60回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Role of the re-face Tyr residue stacked on the FAD prosthetic group in ferredoxin-NADP+ oxidoreductase from Rhodopseudomonas palustris during catalysis with NADP+/H2019

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo, Issei Hayashi
    • 学会等名
      63th Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Pre-steady state kinetic analysis of redox reactions with NADP+/H catalyzed by a ferredoxin-NADP+ oxidoreductase from Rhodopseudomonas palustris2018

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo, Issei Hayashi
    • 学会等名
      第91回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Purification, characterization and redox properties of flavodoxins from Bacillus subtilis2018

    • 著者名/発表者名
      Issei Hayashi, Daisuke Seo
    • 学会等名
      第91回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Kinetics of reversible NADP+/H reduction/oxidation reaction catalyzed by a ferredoxin-NADP+ oxidoreductase from Rhodopseudomonas palustris2018

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 枯草菌flavodoxinとferredoxin-NADP+酸化還元酵素間の酸化還元反応2018

    • 著者名/発表者名
      林壱成、瀬尾悌介
    • 学会等名
      第9回日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 緑色硫黄細菌ferredoxin-NAD(P)+還元酵素 C末端部削除によるNADP+/H 酸化還元特性への影響2017

    • 著者名/発表者名
      瀬尾悌介
    • 学会等名
      第8回日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Purification and characterization of ferredoxin-NADPH oxidoreductase paralogue YcgT in gram-positive bacterium Bacillus subtilis2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo, Masaharu Kitashima, Kazuhito Inoue, Hirofumi Komori
    • 学会等名
      19th International Conference on Bacilli & Gram-Positive Bacteria
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reversibility of the reactions catalyzed by ferredoxin-NAD(P)+ oxidoreductases from phototrophic and heterotrophic bacteria2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo
    • 学会等名
      19th International Symposium on Flavins and Flavoproteins
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Enzymatic characterization of ferredoxin-NADP+ oxidoreductase paralogue YcgT from gram-positive bacterium Bacillus subtilis2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo, Masaharu Kitashima, Kazuhito Inoue, Hirofumi Komori
    • 学会等名
      第55回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Kinetic and structural analyses of ferredoxin-NAD(P)+ oxidoreductases from Rhodopseudomonas palstris: insight into the catalysis with NADP+/H2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo, Norifumi Muraki, Genji Kurisu
    • 学会等名
      8th International Conference Photosynthesis and Hydrogen Energy Research for Sustainability 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Role of C-terminal residues of ferredoxin-NADP+ reductase from green sulfur bacterium during the catalysis with NADP+/H2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Seo
    • 学会等名
      第90回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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