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薬物代謝酵素の動的構造揺らぎがリガンドおよび水分子の認識に与える影響

研究課題

研究課題/領域番号 17K08257
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 物理系薬学
研究機関名城大学

研究代表者

小田 彰史  名城大学, 薬学部, 教授 (50433511)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード薬物代謝酵素 / 分子シミュレーション / 遺伝多型 / タンパク質構造柔軟性 / 酵素 / 薬学
研究成果の概要

薬物代謝酵素シトクロムP450(CYP)、ジヒドロピリミジナーゼ、カルボキシエステラーゼについて、変異体や種差による静的・動的構造の違いをコンピュータシミュレーションによって明らかにした。特にタンパク質としての柔らかさの違いが活性部位の形状や補酵素の認識に影響を与えることが示されており、これが活性に影響を与えた可能性が示唆された。このような動的構造揺らぎはわずか1残基の違いによって変化しており、また同じCYPであっても分子種によって動的な構造揺らぎについては大きく異なっていることがわかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

医薬品は体内に入った後、適切に出て行かなければならない。その際に機能するのが薬物代謝酵素であるが、遺伝多型によってその機能には個人差が生じやすい。薬物代謝における個人差は薬効および副作用の個人差に直結するため、遺伝多型が薬物代謝酵素に与える影響を明確にすることは薬物治療の個人差を解明する上で極めて重要である。本研究ではそのような薬物代謝酵素の機能の個人差を分子構造のレベルから解明する上で有用である。特に静的構造が似通っているように見える分子においてもその動的構造が異なることをシミュレーションによって明らかにしており、個人差の影響を最小化するための創薬へとつながりうる成果を得た。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (71件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (35件) (うち国際共著 6件、 査読あり 35件、 オープンアクセス 17件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 13件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] BSUIR(ベラルーシ)

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      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Karolinska Institutet(スウェーデン)

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      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Mount Kenya University(ケニア)

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      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Chinese Academy of Sciences(中国)

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      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of North Carolina/National Cancer Institute(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] China Medical University and Hospital(その他の国・地域)

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      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] CYP2D6 genotyping analysis and functional characterization of novel allelic variants in a Ni-Vanuatu and Kenyan population by assessing dextromethorphan O-demethylation activity2020

    • 著者名/発表者名
      Gutierrez Rico Evelyn Marie、Kikuchi Aoi、Saito Takahiro、Kumondai Masaki、Hishinuma Eiji、Kaneko Akira、Chan Chim Wai、Gitaka Jesse、Nakayoshi Tomoki、Oda Akifumi、Saito Sakae、Hirasawa Noriyasu、Hiratsuka Masahiro
    • 雑誌名

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      巻: 35 号: 1 ページ: 89-101

    • DOI

      10.1016/j.dmpk.2019.07.003

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Computational Studies on Water-Catalyzed Mechanisms for Stereoinversion of Glutarimide Intermediates Formed from Glutamic Acid Residues in Aqueous Phase2019

    • 著者名/発表者名
      Nakayoshi Tomoki、Fukuyoshi Shuichi、Kato Koichi、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 20 号: 10 ページ: 2410-2410

    • DOI

      10.3390/ijms20102410

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Selective and competitive inhibition of kynurenine aminotransferase 2 by glycyrrhizic acid and its analogues2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Yukihiro、Fujigaki Hidetsugu、Kato Koichi、Yamazaki Kyoka、Fujigaki Suwako、Kunisawa Kazuo、Yamamoto Yasuko、Mouri Akihiro、Oda Akifumi、Nabeshima Toshitaka、Saito Kuniaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 10243-10243

    • DOI

      10.1038/s41598-019-46666-y

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ER subtype selectivity of m-carborane-containing phenols: C-alkyl groups on the m-carborane cage enhance ERα selectivity2019

    • 著者名/発表者名
      Ohta Kiminori、Ogawa Takumi、Kato Koichi、Oda Akifumi、Endo Yasuyuki
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 29 号: 16 ページ: 2290-2293

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2019.06.025

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three dimensional structures of putative, primitive proteins to investigate the origin of homochirality2019

    • 著者名/発表者名
      Oda Akifumi、Nakayoshi Tomoki、Kato Koichi、Fukuyoshi Shuichi、Kurimoto Eiji
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 11594-11594

    • DOI

      10.1038/s41598-019-48134-z

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae Strain Pf-1, Isolated from Prunus mume2019

    • 著者名/発表者名
      Kanamasa Shin、Yamaguchi Daiki、Machida Chiyoko、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 8 号: 46

    • DOI

      10.1128/mra.01169-19

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      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Aspergillus terreus High-Itaconic-Acid-Productivity Mutant TN-4842019

    • 著者名/発表者名
      Kanamasa Shin、Minami Tomoyuki、Okabe Mitsuyasu、Park Enoch Y.、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 8 号: 49

    • DOI

      10.1128/mra.01170-19

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] スクシンイミドおよびグルタルイミド構造に対する古典的分子力場パラメータの評価2019

    • 著者名/発表者名
      仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田彰史
    • 雑誌名

      名城大学総合研究所総合学術研究論文集

      巻: 18 ページ: 19-28

    • NAID

      40022135713

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational studies on the mechanisms of nonenzymatic intramolecular cyclization of the glutamine residues located at N-termini catalyzed by inorganic phosphate species2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 5 号: 16 ページ: 9162-9170

    • DOI

      10.1021/acsomega.9b04384

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Computational studies on nonenzymatic pyroglutamylation mechanism of N-terminal glutamic acid residues in aqueous conditions*2019

    • 著者名/発表者名
      Nakayoshi Tomoki、Kato Koichi、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
    • 雑誌名

      Molecular Physics

      巻: - 号: 14 ページ: e1702727-e1702727

    • DOI

      10.1080/00268976.2019.1702727

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Studies on the Nonenzymatic Deamidation Mechanisms of Glutamine Residues2019

    • 著者名/発表者名
      Kato Koichi、Nakayoshi Tomoki、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 4 号: 2 ページ: 3508-3513

    • DOI

      10.1021/acsomega.8b03199

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Antiproliferative Aspidosperma-Type Monoterpenoid Indole Alkaloids from Bousigonia mekongensis Inhibit Tubulin Polymerization2019

    • 著者名/発表者名
      Zhang Yu、Goto Masuo、Oda Akifumi、Hsu Pei-Ling、Guo Ling-Li、Fu Yan-Hui、Morris-Natschke Susan、Hamel Ernest、Lee Kuo-Hsiung、Hao Xiao-Jiang
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 24 号: 7 ページ: 1256-1256

    • DOI

      10.3390/molecules24071256

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Possible Mechanisms of Nonenzymatic Formation of Dehydroalanine Residue Catalyzed by Dihydrogen Phosphate Ion2019

    • 著者名/発表者名
      Nakayoshi Tomoki、Kato Koichi、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 123 号: 15 ページ: 3147-3155

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b10386

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of the activation energy barrier for succinimide formation from α- and β-aspartic acid residues obtained from density functional theory calculations2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics

      巻: 1866 号: 7 ページ: 759-766

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2017.12.011

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues2018

    • 著者名/発表者名
      Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics

      巻: 1866 号: 7 ページ: 783-788

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2018.01.006

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel androgen receptor full antagonists: Design, synthesis, and a docking study of glycerol and aminoglycerol derivatives that contain p -carborane cages2018

    • 著者名/発表者名
      Kaise Asako、Ohta Kiminori、Fujii Shinya、Oda Akifumi、Goto Tokuhito、Endo Yasuyuki
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      巻: 26 号: 13 ページ: 3805-3811

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2018.06.007

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子動力学法による小さいタンパク質の立体構造予測におけるシミュレーション時間の検討2018

    • 著者名/発表者名
      加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治、小田彰史
    • 雑誌名

      名城大学総合研究所総合学術研究論文集

      巻: 17 ページ: 41-50

    • NAID

      40021640439

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional characterization of 40 CYP2B6 allelic variants by assessing efavirenz 8-hydroxylation2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Takashi、Saito Takahiro、Rico Evelyn Marie Gutierrez、Hishinuma Eiji、Kumondai Masaki、Maekawa Masamitsu、Oda Akifumi、Saigusa Daisuke、Saito Sakae、Yasuda Jun、Nagasaki Masao、Minegishi Naoko、Yamamoto Masayuki、Yamaguchi Hiroaki、Mano Nariyasu、Hirasawa Noriyasu、Hiratsuka Masahiro
    • 雑誌名

      Biochemical Pharmacology

      巻: 156 ページ: 420

    • DOI

      10.1016/j.bcp.2018.09.010

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Functional characterization of 50 CYP2D6 allelic variants by assessing primaquine 5-hydroxylation2018

    • 著者名/発表者名
      Saito Takahiro、Gutierrez Rico Evelyn Marie、Kikuchi Aoi、Kaneko Akira、Kumondai Masaki、Akai Fumika、Saigusa Daisuke、Oda Akifumi、Hirasawa Noriyasu、Hiratsuka Masahiro
    • 雑誌名

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      巻: 33 号: 6 ページ: 250

    • DOI

      10.1016/j.dmpk.2018.08.004

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Prediction of the three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and FK-A52018

    • 著者名/発表者名
      Oda A、Kato K、Morino M、Nakayoshi T、Fukuyoshi S、Saijo K、Ishioka C、Kurimoto E
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 1136 ページ: 012019-012019

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012019

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Computational studies on cyclic imide formation mechanism of glutamic acid residues catalyzed by two water molecules2018

    • 著者名/発表者名
      Nakayoshi T、Kato K、Fukuyoshi S、Takahashi O、Kurimoto E、Oda A
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 1136 ページ: 012020-012020

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012020

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural differences between the ligand-binding pockets of estrogen receptors alpha and beta2018

    • 著者名/発表者名
      Kato K、Fujii K、Nakayoshi T、Watanabe Y、Fukuyoshi S、Ohta K、Endo Y、Yamaotsu N、Hirono S、Kurimoto E、Oda A
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 1136 ページ: 012021-012021

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012021

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effect of the Arg456His mutation on the three-dimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Y、Kato K、Fukuyoshi S、Hiratsuka M、Yamaotsu N、Hirono S、Gouda H、Oda A
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 1136 ページ: 012023-012023

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012023

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular dynamics study of the interaction between PACAP (6’?38’) and the N-terminal extracellular domain of the human splice variant hPAC1-R-short, aiming at the development of neuropathic pain medicine2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Y、Oda A、Gouda H
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 1136 ページ: 012024-012024

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012024

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Difference in substrate specificity of carboxylesterase and arylacetamide deacetylase between dogs and humans2018

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yoshida, Tatsuki Fukami, Takaya Kurokawa, Saki Gotoh, Akifumi Oda, Miki Nakajima
    • 雑誌名

      European Journal of Pharmaceutical Sciences

      巻: 111 ページ: 167-176

    • DOI

      10.1016/j.ejps.2017.09.040

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional characterization of 9 CYP2A13 allelic variants by assessment of nicotine C-oxidation and coumarin 7-hydroxylation2018

    • 著者名/発表者名
      Masaki Kumondai, Hiroki Hosono, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
    • 雑誌名

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      巻: 33 号: 1 ページ: 82-89

    • DOI

      10.1016/j.dmpk.2017.11.004

    • NAID

      210000161998

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational studies on non-succinimide-mediated stereoinversion mechanism of aspartic acid residues assisted by phosphate2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
    • 雑誌名

      Molecular Physics

      巻: 116 号: 5-6 ページ: 686-696

    • DOI

      10.1080/00268976.2017.1414964

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Validation of molecular force field parameters for peptides including isomerized amino acids2018

    • 著者名/発表者名
      Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
    • 雑誌名

      Chirality

      巻: 30 号: 4 ページ: 332-341

    • DOI

      10.1002/chir.22821

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The assembling mechanism of coiled-coil domains of the yeast cargo receptors Emp46p/47p and the mutational alteration of pH-dependency of complex formation2018

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kato, Takahisa Furuhashi, Koichi Kato, Akifumi Oda, Eiji Kurimoto
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry

      巻: 163 号: 5 ページ: 441-446

    • DOI

      10.1093/jb/mvy011

    • NAID

      40021555337

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Triazine-Based Cationic Leaving Group: Synergistic Driving Forces for Rapid Formation of Carbocation Species2018

    • 著者名/発表者名
      Hikaru Fujita, Satoshi Kakuyama, Shuichi Fukuyoshi, Naoko Hayakawa, Akifumi Oda, Munetaka Kunishima
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 83 号: 8 ページ: 4568-4580

    • DOI

      10.1021/acs.joc.8b00331

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational studies on the water-catalyzed stereoinversion mechanism of glutamic acid residues in peptides and proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 雑誌名

      Chirality

      巻: 30 号: 5 ページ: 527-535

    • DOI

      10.1002/chir.22841

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Investigation of substrate recognition for cytochrome P450 1A2 mediated by water molecules using docking and molecular dynamics simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Koichi Kato, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Hiroaki Gouda, Akifumi Oda
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Graphics and Modelling

      巻: 74 ページ: 326-336

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2017.04.006

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Functional characterization of 21 allelic variants of dihydropyrimidinase2017

    • 著者名/発表者名
      Eiji Hishinuma, Fumika Akai, Yoko Narita, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
    • 雑誌名

      Biochemical Pharmacology

      巻: 143 ページ: 118-128

    • DOI

      10.1016/j.bcp.2017.06.121

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Validation of Molecular Dynamics Simulations for Prediction of Three-dimensional Structures of Small Proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 22 号: 10 ページ: 1716-1716

    • DOI

      10.3390/molecules22101716

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Determination of molecular force field parameters for nitronyl nitroxide derivatives using quantum chemical calculations2017

    • 著者名/発表者名
      Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto
    • 雑誌名

      Polyhedron

      巻: 136 ページ: 93-101

    • DOI

      10.1016/j.poly.2017.03.009

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Computational Analysis on Deamidation Mechanisms of Asparagine Residues Catalyzed by Acetic Acid2020

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Kota Wanita, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      60th Sanibel Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型CYP2A13の立体構造の推定2020

    • 著者名/発表者名
      日置翔、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ヒトおよびイヌのカルボキシルエステラーゼ2の分子動力学シミュレーション2020

    • 著者名/発表者名
      中野裕二朗、仲吉朝希、加藤紘一、深見達基、中島美紀、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Functional characterization of 11 allelic variants of CYP2C9 identified in 3554 Japanese individuals2019

    • 著者名/発表者名
      Kumondai M, Ito A, Saito T, Saito S, Yasuda J, Nagasaki M, Kinoshita K, Yamamoto M, Oda A, Hirasawa N, Hiratsuka M
    • 学会等名
      International Conferences on Cytochrome P450
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型ジヒドロピリミジナーゼの構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      名倉鮎香、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      第65回日本薬学会東海支部大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Computational studies on nonenzymatic succinimide-formation mechanisms of the aspartic acid residues catalyzed by two water molecules2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effects of main chain conformations on succinimide formation from asparagine residues2019

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kato, Kaho Miura, Tomoki Nakayoshi, Kikuo Tsukamoto, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Influence of the conformations of alpha A-crystallin peptides on the isomerization rates of aspartic acid residues2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるCYP2C8変異体の立体構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      仲吉朝希、加藤紘一、松浦絵梨、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2019秋季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Computational Studies on Pyroglutamylation Mechanism of N-Terminal Glutamic Acid Residues in Aqueous Conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      59th Sanibel Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 酵素で制御されていない生体内反応についての計算化学的研究2019

    • 著者名/発表者名
      小田彰史
    • 学会等名
      第7回物理・分析系若手研究者セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] GADVアミノ酸セットにグルタミン酸が加わることの構造生物学的意味2019

    • 著者名/発表者名
      小田彰史、仲吉朝希、加藤紘一、森部聖士、野田奈津子、栗本英治
    • 学会等名
      生命の起原および進化学会第44回学術講演会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた野生型および変異型CYP2A6の立体構造の推定2019

    • 著者名/発表者名
      野倉里香、仲吉朝希、加藤紘一、松浦絵梨、平塚真弘、栗本英治、小田 彰史
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 野生型および変異型ジヒドロピリミジナーゼの分子動力学シミュレーション2019

    • 著者名/発表者名
      名倉鮎香、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 日本人3554人の全ゲノム解析から同定されたジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型におけるバリアント酵素の機能変化2019

    • 著者名/発表者名
      成田瑶子、菱沼英史、齋藤さかえ、安田純、長﨑正朗、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型シトクロムP450 2C8 の構造および柔軟性の評価2018

    • 著者名/発表者名
      松浦絵梨、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      第64回日本薬学会東海支部大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Modification of pH-dependence for coiled-coil assembly by introducing glutamate residue to the hydrophobic surface: computational design and experimental mutagenesis2018

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical study for the influence of Asp-residue stereoinversion and/or isomerization on the three-dimensional structure of ribonuclease A2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Prediction of three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and its analog2017

    • 著者名/発表者名
      Akifumi Oda, Koichi Kato, Mayu Morino, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ken Saijo, Chikashi Ishioka, Eiji Kurimoto
    • 学会等名
      XXIX IUPAP Conference on Computational Physics
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of the Arg456His mutation on the threedimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Yurie Watanabe, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Hiroaki Gouda, Akifumi Oda
    • 学会等名
      XXIX IUPAP Conference on Computational Physics
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Validation of molecular force field parameters for D-amino acids using quantum chemical calculations of model peptides2017

    • 著者名/発表者名
      Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
    • 学会等名
      Chirality 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues2017

    • 著者名/発表者名
      Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
    • 学会等名
      The 3rd International Conference of D-Amino Acid Research
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis of functional segments in the coiled coil domains of yeast cargo receptors Emp46p/47p and application to pH sensitive devices2017

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kato, Yukiho Shimizu, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
    • 学会等名
      19th International Union of Pure and Applied Biophysics and 11th European Biophysical Societies' Association Congress
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 日本人2049人の全ゲノム解析から同定された8種のDHPレアバリント活性変化2017

    • 著者名/発表者名
      成田瑶子、菱沼英史、齋藤さかえ、安田純、長﨑正朗、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
    • 学会等名
      第56回日本薬学会東北支部大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 計算機によるドッキングで得られた複合体構造候補に対する分子動力学シミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      小田彰史、加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治
    • 学会等名
      第45回構造活性相関シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 21種類のジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型バリアントの機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      菱沼英史、赤井文香、成田瑶子、前川正充、山口浩明、眞野成康、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第32回年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ニコチンC-酸化活性およびクマリン7-水酸化活性におけるCYP2A13遺伝子多型バリアント酵素の機能変化2017

    • 著者名/発表者名
      公文代將希、細野寛貴、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第32回年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] アミノ酸残基の非酵素的反応はタンパク質構成選択に影響を与えたか2017

    • 著者名/発表者名
      仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田彰史
    • 学会等名
      生命の起原および進化学会第43回学術講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ラセミ体のアミノ酸から構築された原始タンパク質の立体構造の推定2017

    • 著者名/発表者名
      小田彰史、仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治
    • 学会等名
      日本薬学会第138年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 生物物理化学研究室|名城大学 薬学部

    • URL

      http://www-yaku.meijo-u.ac.jp/kenkyu/biophysical/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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