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宿主防御因子APOBEC3GとHIV-1 Vifの相互作用様式の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K08872
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 ウイルス学
研究機関独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター)

研究代表者

大出 裕高  独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), その他部局等, 研究員 (20754162)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードAPOBEC3G / APOBEC3 / Vif / タンパク質複合体構造予測 / HIV-1 / タンパク質-タンパク質相互作用 / ドッキングシミュレーション / ウィルス / タンパク質立体構造
研究成果の概要

ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)は自身の遺伝子産物Vifタンパク質を使って、抗HIV-1作用を持つヒトのAPOBEC3タンパク質を分解してしまう。報告者はこれらVifとAPOBEC3タンパク質の複合体構造を明らかにし、これらタンパク質間の相互作用をより深く理解することを本研究の目的とした。報告者は既知のこれらタンパク質の立体構造情報を使い、コンピューターシミュレーション技術を駆使し、これらの複合体構造を予測した。予測した構造は、これまでに報告されている結合に関する実験データを反映するものであり、その妥当性が示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

HIV-1感染症には治癒させる薬がないため、新しい作用機序を持つ薬の開発が期待されている。これら研究成果は、抗HIV-1因子APOBEC3タンパク質あるいはHIV-1 Vifを標的とした新しい抗HIV-1薬開発の基盤となる構造情報であると言える。さらに、この構造情報は、HIV-1がサルからヒトへと伝播していく際に、どのように種の壁を乗り越えてきたか、または、HIV-1やほかのウイルスの進化を理解する手がかりにもなると考えられる。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 7件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Identifying integration sites of the HIV-1 genome with intact and aberrant ends through deep sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      Ode Hirotaka、Kobayashi Ayumi、Matsuda Masakazu、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Journal of Virological Methods

      巻: 267 ページ: 59-65

    • DOI

      10.1016/j.jviromet.2019.03.004

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery of 4-oxoquinolines, a new chemical class of anti-HIV-1 compounds2019

    • 著者名/発表者名
      Shiroishi-Wakatsuki Tomomi、Maejima-Kitagawa Masami、Hamano Akiko、Murata Daigo、Sukegawa Sayaka、Matsuoka Kazuhiro、Ode Hirotaka、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Nomura Nobuhiko、Sugiura Wataru、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Antiviral Research

      巻: 162 ページ: 101-109

    • DOI

      10.1016/j.antiviral.2018.12.012

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis of chimpanzee APOBEC3H dimerization stabilized by double-stranded RNA2018

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka Tatsuya、Nagae Takayuki、Ode Hirotaka、Awazu Hiroaki、Kurosawa Teppei、Hamano Akiko、Matsuoka Kazuhiro、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Watanabe Nobuhisa、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 19 ページ: 10368-10379

    • DOI

      10.1093/nar/gky676

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Compound heterozygous TYK2 mutations underlie primary immunodeficiency with T-cell lymphopenia2018

    • 著者名/発表者名
      Nemoto Michiko、Hattori Hiroyoshi、Maeda Naoko、Akita Nobuhiro、Muramatsu Hideki、Moritani Suzuko、Kawasaki Tomonori、Maejima Masami、Ode Hirotaka、Hachiya Atsuko、Sugiura Wataru、Yokomaku Yoshiyuki、Horibe Keizo、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 6956-6956

    • DOI

      10.1038/s41598-018-25260-8

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Production of HIV-1 vif mRNA Is Modulated by Natural Nucleotide Variations and SLSA1 RNA Structure in SA1D2prox Genomic Region2017

    • 著者名/発表者名
      Nomaguchi Masako、Doi Naoya、Yoshida Tomoya、Koma Takaaki、Adachi Shun、Ode Hirotaka、Iwatani Yasumasa、Yokoyama Masaru、Sato Hironori、Adachi Akio
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 8 ページ: 2542-2542

    • DOI

      10.3389/fmicb.2017.02542

    • NAID

      120006937675

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Distribution of norovirus genotypes and subtypes in river water by ultra-deep sequencing-based analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Boonchan M.、Motomura K.、Inoue K.、Ode H.、Chu P.Y.、Lin M.、Iwatani Y.、Ruchusatsawat K.、Guntapong R.、Tacharoenmuang R.、Chantaroj S.、Tatsumi M.、Takeda N.、Sangkitporn S.
    • 雑誌名

      Letters in Applied Microbiology

      巻: 65 号: 1 ページ: 98-104

    • DOI

      10.1111/lam.12750

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mapping Region of Human Restriction Factor APOBEC3H Critical for Interaction with HIV-1 Vif2017

    • 著者名/発表者名
      Nakashima Masaaki、Tsuzuki Shinya、Awazu Hiroaki、Hamano Akiko、Okada Ayaka、Ode Hirotaka、Maejima Masami、Hachiya Atsuko、Yokomaku Yoshiyuki、Watanabe Nobuhisa、Akari Hirofumi、Iwatani Yasumasa
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 429 号: 8 ページ: 1262-1276

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2017.03.019

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 抗HIV-1因子APOBEC3Hにおける多型変異R105Gの分子構造への影響2019

    • 著者名/発表者名
      大出裕高、中田佳宏、松岡和弘、今橋真弓、蜂谷敦子、横幕能行、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第33回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 抗ウイルス因子APOBEC3Hの分子構造に対する多型変異R105Gの影響2019

    • 著者名/発表者名
      大出裕高、中田佳宏、松岡和弘、今橋真弓、蜂谷敦子、横幕能行、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第67回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] HIV-1 VIF PPLP REGION PLAYS A CRITICAL ROLE IN THE VIFMEDIATED APOBEC3 UBIQUITINATION/DEGRADATION2019

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Matsuoka, Akiko Hamano, Hirotaka Ode, Yoshihiro Nakata, Sayaka Sukegawa, Atsuko Hachiya, Mayumi Imahashi, Yoshiyuki Yokomaku, Yasumasa Iwatani
    • 学会等名
      The 2019 CSHL meeting on retroviruses
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 宿主抗ウイルス因子APOBEC3Hタンパク質の結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      松岡達矢、永江峰幸、大出裕高、濱野章子、松岡和弘、蜂谷敦子、今橋真弓、渡邉信久、岩谷靖雅
    • 学会等名
      日本生化学会中部支部第82回例会・シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural insights of chimpanzee APOBEC3H-RNA duplex complex into Vif interaction2018

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka T.、Nagae T.、Ode H.、Hamano A.、Matsuoka K.、Imahashi M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Iwatani Y.
    • 学会等名
      The 2018 Cold Spring Harbor Laboratory meeting on retroviruses
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A novel detection approach of HIV-1 integration sites based on split read mapping2018

    • 著者名/発表者名
      Ode H.、Matsuda M.、Imahashi M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Iwatani Y.
    • 学会等名
      The 2018 Cold Spring Harbor Laboratory meeting on retroviruses
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Multiple pathways to avoid IFN-β sensitivity of HIV-1 by mutants in capsid2018

    • 著者名/発表者名
      Saito A.、Mamede J.I.、Sultana T.、Ode H.、Nohata K.、Nakayama E.E.、Iwatani Y.、Hope T.J.、Shioda T.
    • 学会等名
      The 2018 Cold Spring Harbor Laboratory meeting on retroviruses
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cooperative cellular and humoral immunity may contribute to the efficient control of HIV-1 replication in macaques2018

    • 著者名/発表者名
      Seki Y.、Saito A.、Harada S.、Washizaki A.、Murata M.、Hikichi Y.、Yoshimura K.、Ishii H.、Satou Y.、Saiful I.M.、Ode H.、Iwatani Y.、Yoshida T.、Yasutomi Y.、Matano T.、Miura T.、Akari H.
    • 学会等名
      The 36th Annual Symposium on Nonhuman Primate Models for AIDS
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biochemical characteristics of the HIV-1 Vif PPLP motif region2018

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka K.、Ode H.、Hamano A.、Matsuoka T.、Sukegawa S.、Hachiya A.、Imahashi M.、Yokomaku Y.、Iwatani Y.
    • 学会等名
      第66回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] The primate APOBEC3H crystal structure and insight into its interaction with HIV-1/SIVcpz Vif2018

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka T.、Nagae T.、Ode H.、Hamano A.、Matsuoka K.、Imahashi M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Iwatani Y.
    • 学会等名
      第66回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Distinct role of the 182th amino acid residue between HIV-1 and HIV-2 capsids in CPSF6 binding2018

    • 著者名/発表者名
      Nohata K.、Saito A.、Ode H.、Ohmori H.、Nakayama E.E.、Iwatani Y.、Shioda T.
    • 学会等名
      第66回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Computational simulations to understand APOBEC3H interaction with double-stranded RNA2018

    • 著者名/発表者名
      Ode H.、Matsuoka T.、Nagae T.、Hamano A.、Matsuoka K.、Hachiya A.、Imahashi M.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Iwatani Y.
    • 学会等名
      第66回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Next-generation sequencerを用いた複数の遺伝子型ウイルスが関与したNorovirus集団感染事例の解析2018

    • 著者名/発表者名
      三好龍也、内野清子、元岡大祐、中村昇太、大出裕高、岩谷靖雅、本村和嗣
    • 学会等名
      第66回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 抗HIV-1療法による口腔細菌叢への影響に関する研究2018

    • 著者名/発表者名
      大出裕高、今橋真弓、松田昌和、濱野章子、羽柴知恵子、重見麗、岡﨑玲子、蜂谷敦子、今村淳治、中畑征史、小暮あゆみ、横幕能行、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] HIV-1感染におけるHIV-1 Vif PPLPモチーフ領域の役割2018

    • 著者名/発表者名
      松岡和弘、濱野章子、大出裕高、松岡達矢、助川明香、蜂谷敦子、今橋真弓、横幕能行、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 抗HIV因子APOBEC3Hタンパク質の構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      松岡達矢、永江峰幸、大出裕高、濱野章子、松岡和弘、蜂谷敦子、今橋真弓、横幕能行、渡邉信久、岩谷靖雅
    • 学会等名
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ドルテグラビルに対するHIV-1耐性獲得の分子機構の解明2018

    • 著者名/発表者名
      蜂谷敦子、Kirby KA、大出裕高、Puray-Chavez M、近田貴敬、村越勇人、久保田舞、重見麗、岡崎玲子、松田昌和、今橋真弓、杉浦亙、Brumme ZL、滝口雅文、横幕能行、岩谷靖雅、Sarafianos SG、IHAC cohort members
    • 学会等名
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 東海ブロックで流行するHIV-1のインテグラーゼ阻害剤に対する影響とアミノ酸変異の経年的検討2018

    • 著者名/発表者名
      重見麗、岡﨑玲子、大出裕高、松田昌和、鶴見寿、矢野邦夫、奥村暢将、谷口晴記、池谷健、伊藤公人、松下正、中畑征史、小暮あゆみ、今村淳治、今橋真弓、岩谷靖雅、杉浦亙、吉村和久、蜂谷敦子、横幕能行
    • 学会等名
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] HIV-1カプシド領域の変異は宿主因子との相互作用を変化させることでIFN感受性を制御する2017

    • 著者名/発表者名
      Sultana T.、齊藤 暁、大出 裕高、岩谷 靖雅、中山 英美、塩田 達雄
    • 学会等名
      第31回近畿エイズ研究会学術集会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Bi-functional entry inhibitors sensitize macaque-tropic human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1mt) to antibodies generated in HIV-1mt-infected macaques2017

    • 著者名/発表者名
      Harada S.、Hikichi Y.、Seki Y.、Saito A.、Yoshida T.、Ode H.、Iwatani Y.、Yasutomi Y.、Miura T.、Matano T.、Akari H.、Yoshimura K.
    • 学会等名
      35th Annual Symposium on Nonhuman Primate Models for AIDS
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mutations in viral capsid modulate IFN-beta sensitivity of HIV-12017

    • 著者名/発表者名
      Saito A.、Sultana T.、Ode H.、Iwatani Y.、Nakayama E. E.、Shioda T.
    • 学会等名
      The 16th Awaji International Forum on Infection and Immunity
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Comprehensive deep sequencing method for HIV-1 integration sites in human genome2017

    • 著者名/発表者名
      Ode H.、Inoue A.、Matsuda M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Iwatani, Y.
    • 学会等名
      第65回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of structural and functional roles of the HIV-1 Vif PPLP motif region2017

    • 著者名/発表者名
      Iwatani Y.、Hamano A.、Ode H.、Kubota M.、Tsuzuki S.、Matsuoka M.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Hachiya A.
    • 学会等名
      第65回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Characterization of HIV-1mt long-term latent infection in cynomolgus macaques2017

    • 著者名/発表者名
      Seki Y.、Saito A.、Satou Y.、Harada S.、Yoshimura K.、Ode H.、Iwatani Y.、Ishii H.、Yoshida T.、Washizaki A.、Murata M.、Yasutomi Y.、Matano T.、Miura T.、Akari H.
    • 学会等名
      第65回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Mutations in viral capsid modulate IFN-beta sensitivity of HIV-12017

    • 著者名/発表者名
      Sultana T.、Saito A.、Ode H.、Iwatani Y.、Nakayama E. E.、Shioda T.
    • 学会等名
      第65回日本ウイルス学会学術集会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Visualization of viral DNA dynamics during INSTI-resistant HIV-1 replication2017

    • 著者名/発表者名
      Hachiya A.、Kirby K. A.、Puray-Chavez M.、Matsuda M.、Ode H.、Shigemi U.、Okazaki R.、Yokomaku Y.、Sarafianos S. G.、Iwatani Y.
    • 学会等名
      第31回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Deep Sequencing技術を利用したHIV-1 のゲノム組込部位の網羅的解析法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      大出 裕高、井上 歩美、松田 昌和、蜂谷 敦子、横幕 能行、岩谷 靖雅
    • 学会等名
      第31回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] カプシド領域の変異は HIV-1 の IFN 感受性を制御する2017

    • 著者名/発表者名
      齊藤 暁、Sultana T.、大出 裕高、岩谷 靖雅、中山 英美、塩田 達雄
    • 学会等名
      第31回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] カニクイザルにおける HIV-1mt 長期潜伏感染の解析2017

    • 著者名/発表者名
      関 洋平、齊藤 暁、佐藤 賢文、原田 恵嘉、吉村 和久、大出 裕高、岩谷 靖雅、石井 洋、SaifulIslam M.、芳田 剛、村田 めぐみ、鷲崎 彩夏、保富 康宏、俣野 哲朗、三浦 智行、明里 宏文
    • 学会等名
      第31回日本エイズ学会学術集会・総会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 名古屋医療センター 臨床研究センター 感染・免疫研究部

    • URL

      https://www.nnh.go.jp/cares/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 独立行政法人国立病院機構 名古屋医療センター 臨床研究センター 感染・免疫研究部

    • URL

      https://www.cares-nagoya.jp/cares/crc.php

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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