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データベース上での表現学習による薬物関係予測

研究課題

研究課題/領域番号 17K12741
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 知能情報学
研究機関豊田工業大学

研究代表者

三輪 誠  豊田工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (00529646)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード薬物間相互作用 / DrugBank / 関係抽出 / 深層学習 / 表現学習 / BERT / 畳み込みニューラルネットワーク / グラフニューラルネットワーク / グラフ / データベース / 言語処理
研究成果の概要

日々増え続ける膨大な医学薬学文献から重要な情報を見逃さずに見つけるために,文献に記載された薬物の研究開発・利用に重要な薬物に関する関係情報を自動的に抽出する手法が求められている.本研究ではすでに発見され整理されているデータベースの情報を有効に利用することで,従来,文書のみに着目していた抽出手法に対する精度の向上を図った.データベース中の化学式の情報やタグ付けされていない膨大な文献を利用する深層学習手法を開発し,従来精度70%程度であったシステムに対し,10%ポイントを超える精度の向上を達成した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の日本語や英語などの自然言語を対象とした情報抽出の研究では,言語情報のみを利用したものがほとんどであり,データベース情報などは「データベースにあるかどうか」などの特徴として補助的に使われる程度であった.本研究成果は,データベース上に含まれる化学式などの単純には言語と結びつかないような情報を,深層学習を用いて自然言語からの情報抽出に利用可能にし,さらにその情報を使うことで従来手法の精度を向上できたことに意義がある.

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2020 2019 2018

すべて 学会発表 (10件) (うち国際学会 4件)

  • [学会発表] 遠距離教師データを援用した教師あり薬物タンパク質間相互作用抽出2020

    • 著者名/発表者名
      飯沼直己, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第26回年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 二段階学習と概念クラスを用いた医療固有表現の正規化2020

    • 著者名/発表者名
      茂里憲之, 辻村有輝, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第26回年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 薬物データベースを統合的に利用する薬物相互作用抽出2019

    • 著者名/発表者名
      浅田真生, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      NLP若手の会 第14回シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Using External DB Knowledge in Neural DDI Extraction2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Asada, Makoto Miwa and Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      Third International Workshop on Symbolic-Neural Learning
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] TTI-COIN at n2c2 2019 Track 3: Neural Medical Concept Normalization with Two-Step Training2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Tsujimura, Noriyuki Mori, Masaki Asada, Makoto Miwa and Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      2019 n2c2/OHNLP Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] データベースの説明文を利用した薬物相互作用抽出2019

    • 著者名/発表者名
      浅田真生, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第25回年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 遠距離教師データを援用した教師有り薬物タンパク質間相互作用抽出2019

    • 著者名/発表者名
      矢島雄樹, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第25回年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Enhancing Drug-Drug Interaction Extraction from Texts by Molecular Structure Information2018

    • 著者名/発表者名
      Masaki Asada, Makoto Miwa and Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      the 56th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics (ACL 2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Extracting Drug-Drug Interactions with Attention CNNs2018

    • 著者名/発表者名
      Masaki Asada, Makoto Miwa and Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      the 2017 Workshop on Biomedical Natural Language Processing (BioNLP 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子構造を用いた文書からの薬物相互作用抽出2018

    • 著者名/発表者名
      浅田真生, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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