• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

MinIONナノポアシークエンサーを用いたHTLV-1関連疾患新規診断法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 17K15044
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 ゲノム医科学
研究機関東京大学

研究代表者

Firouzi Sanaz  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 客員共同研究員 (30793400)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2018年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードHTLV-1 / ATL / Personalized Medicine / Molecular Diagnosis / Nanopore Sequencer / Intratumor Heterogeneity / TCR clonality / Clonality analysis / Integration Site / Nanopore sequencing / MinION sequencer / NGS technology / Clonality / Genomics
研究成果の概要

本研究でマルチオミックスアプローチを用いたHTLV-1感染細胞のクローナリティ解析は主に以下4つの成果を含む①NGSを用いたプロウイルス組込み部位に基づくクローナリティ解析は、ATLの分子診断、HTLV-1感染者のATL発生予測及び予後予測に応用できると示唆した。②MinIonシーケンサを用いた簡便、迅速、安価なクローナリティ解析法を開発した。③NGSエキソーム変異解析に基づきATL患者の腫瘍内不均一性(ITH)を証明した。④RNA-seqによるTCRクローナリティ解析はATL診断の個別化.予後予測および治療の評価に有用であり得ることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

我々は当研究の結果を4つの査読有学術雑誌や国内外の学会に発表することができた。
また得られた研究結果はATL・その他HTLV-1関連疾患における診断、予後予測、治療および個別化医療の実現への道を開いた。これらの研究成果を応じて本研究は世界の学術研究の進展または日本だけではなく世界中のHTLV-1感染患者の命と暮らしに貢献し続けることができる。

報告書

(3件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] University of Muenster(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Institute of Bioinformatics/Faculty of Medicine/University of Muenster(Germany)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] RNA sequencing identifies clonal structure of T-cell repertoires in patients with adult T-cell leukemia/lymphoma2019

    • 著者名/発表者名
      Farmanbar Amir、Kneller Robert、Firouzi Sanaz
    • 雑誌名

      npj Genomic Medicine

      巻: 4 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41525-019-0084-9

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mutational Intratumor Heterogeneity is a Complex and Early Event in the Development of Adult T-cell Leukemia/Lymphoma.2018

    • 著者名/発表者名
      Amir Farmanbar, Sanaz Firouzi, Wojciech Makalowski, Robert Kneller, Masako Iwanaga, Atae Utsunomiya, Kenta Nakai, Toshiki Watanabe.
    • 雑誌名

      Neoplasia

      巻: 9 号: 9 ページ: 883-893

    • DOI

      10.1016/j.neo.2018.07.001

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Clonality of HTLV-1 infected T cells as a risk indicator for development and progression of adult T-cell leukemia2017

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz、Farmanbar Amir、Nakai Kenta、Iwanaga Masako、Uchimaru Kaoru、Utsunomiya Atae、Suzuki Yutaka、Watanabe Toshiki
    • 雑誌名

      Blood Advances

      巻: 1 号: 15 ページ: 1195-1205

    • DOI

      10.1182/bloodadvances.2017005900

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Inferring clonal structure in HTLV-1-infected individuals: towards bridging the gap between analysis and visualization2017

    • 著者名/発表者名
      Farmanbar Amir、Firouzi Sanaz(Equal first author and corresponding author)、Makalowski Wojciech、Iwanaga Masako、Uchimaru Kaoru、Utsunomiya Atae、Watanabe Toshiki、Nakai Kenta
    • 雑誌名

      Human Genomics

      巻: 11 号: 1 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1186/s40246-017-0112-8

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Proviral features of human T cell leukemia virus type 1 in carriers with indeterminate western blot analysis results.2017

    • 著者名/発表者名
      Kuramitsu M, Sekizuka T, Yamochi T, Firouzi S, Sato T, Umeki K, Sasaki D, Hasegawa H, Kubota R, Sobata R, Matsumoto C, Kaneko N, Momose H, Araki K, Saito M, Nosaka K, Utsunomiya A, Koh K, Ogata M, Uchimaru K, Iwanaga M, Sagara Y, Yamano Y, et al.
    • 雑誌名

      J Clin Microbiol.

      巻: 55(9) 号: 9 ページ: 2838-2849

    • DOI

      10.1128/jcm.00659-17

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Multidisciplinary approaches reveal a complex intratumor heterogeneity in adult T-cell leukemia/lymphoma2018

    • 著者名/発表者名
      Sanaz Firouzi, Amir Farmanbar, Robert Kneller, Wojciech Makalowski, Kenta Nakai, Toshiki Watanabe and Sumio Sugano
    • 学会等名
      International Society for Computational Biology And Bioinformatics(ISCB) conference
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis of Intra-Tumor Heterogeneity in Adult T-Cell Leukemia2018

    • 著者名/発表者名
      Amir Farmanbar, Sanaz Firouzi, Kenta Nakai
    • 学会等名
      45th Annual Meeting of IMUSUT
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Monitoring clonality of HTLV-1 infected cells using provirus integration sites by Oxford Nanopore MinIon sequencer2017

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      JSPS Core-to-Core Program "Training Seminar for MinION"
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2020-03-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi