アルツハイマー病マルチオミックスデータベースの構築

• 研究課題/領域番号: 17K15049
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 菊地 正隆 大阪大学, 医学系研究科, 特任講師(常勤) (90722538)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2019年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2019年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: アルツハイマー病 / データベース / 遺伝子ネットワーク / マルチオミックス / 生体生命情報学 / 脳神経疾患

研究成果の概要

これまでアルツハイマー病(AD)患者死後脳で測定された様々なオミックスデータ(一塩基多型(SNP)、コピー数多型(CNV)、mRNA量、マイクロRNA量など)が解析され報告されてきている。そこで本研究では公開されている入手可能なデータを取得しデータベースを整備するとともに、異なるオミックスデータを組み合わせることで新たなADに関連するパスウェイや遺伝子を同定した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

現在ある公開データベースの多くは解析機器から出力された一次データが保管されているリポジトリとしての役割が強く、蓄積されたデータの応用に至っているとは言い難い。そのような観点から、蓄積されたデータを再利用し、解析ができるデータベースを開発することの意義は大きい。さらに患者死後脳で測定された様々なオミックスデータを解析することでADに関連する新たな分子パスウェイを推定することができた。本研究で構築したデータベースを今後さらに強化し、研究者等に幅広く公開することでAD研究の推進に役立つと考えられる。

研究成果

• [雑誌論文] Polygenic Architecture of Human Neuroanatomical Diversity (2020)
  • 著者名/発表者名: Biton Anne, Kikuchi Masataka (13 of 25 authors), Toro Roberto
  • 雑誌名: Cerebral Cortex 巻: 30 号: 4 ページ: 2307-2320
  • DOI: 10.1093/cercor/bhz241
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The genetic architecture of the human cerebral cortex (2020)
  • 著者名/発表者名: Grasby L Katrina, Kikuchi Masataka (79 of 348 authors), Medland E Sarah
  • 雑誌名: Science 巻: 367
  • DOI: 10.1101/399402
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Disruption of a RAC1-centred network is associated with Alzheimer's disease pathology and causes age-dependent neurodegeneration. (2020)
  • 著者名/発表者名: Masataka Kikuchi, Michiko Sekiya, Norikazu Hara, Akinori Miyashita, Ryozo Kuwano, Takeshi Ikeuchi, Koichi M Iijima, Akihiro Nakaya
  • 雑誌名: Human Molecular Genetics 巻: 29 号: 5 ページ: 817-833
  • DOI: 10.1093/hmg/ddz320
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Association of Copy Number Variation of the 15q11.2 BP1-BP2 Region With Cortical and Subcortical Morphology and Cognition (2020)
  • 著者名/発表者名: Writing Committee for the ENIGMA-CNV Working Group、van der Meer Dennis、S?nderby Ida E.、Kaufmann Tobias、Walters G. Bragi、...、Fukunaga Masaki、....、Hashimoto Ryota、...、Dale Anders M.、Djurovic Srdjan、Agartz Ingrid、Westlye Lars T.、Stefansson Hreinn、Stefansson K、Thompson Paul M.、Andreassen Ole A.
  • 雑誌名: JAMA Psychiatry 巻: 77 号: 4 ページ: 420-420
  • DOI: 10.1001/jamapsychiatry.2019.3779
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 特集 認知症と遺伝 アルツハイマー病リスク因子としてのアポリポ蛋白E4 (2019)
  • 著者名/発表者名: 菊地 正隆、中谷 明弘
  • 雑誌名: BRAIN and NERVE 巻: 71 号: 10 ページ: 1053-1060
  • DOI: 10.11477/mf.1416201404
  • ISSN: 1344-8129, 1881-6096
  • 年月日: 2019-10-01
• [雑誌論文] Perturbed development of cranial neural crest cells in association with reduced sonic hedgehog signaling underlies the pathogenesis of retinoic-acid-induced cleft palate (2019)
  • 著者名/発表者名: Wang Qi、Kurosaka Hiroshi、Kikuchi Masataka、Nakaya Akihiro、Trainor Paul A.、Yamashiro Takashi
  • 雑誌名: Disease Models & Mechanisms 巻: 12 号: 10 ページ: 040279-040279
  • DOI: 10.1242/dmm.040279
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Enhancer variants associated with Alzheimer’s disease affect gene expression via chromatin looping (2019)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi Masataka、Hara Norikazu、Hasegawa Mai、Miyashita Akinori、Kuwano Ryozo、Ikeuchi Takeshi、Nakaya Akihiro
  • 雑誌名: BMC Medical Genomics 巻: 12 号: 1 ページ: 128-128
  • DOI: 10.1186/s12920-019-0574-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-wide Association Analysis of Eye Movement Dysfunction in Schizophrenia. (2018)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi M, Miura K, Morita K, Yamamori H, Fujimoto M, Ikeda M, Yasuda Y, Nakaya A, uHashimoto R.
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 8(1) 号: 1 ページ: 12347-12347
  • DOI: 10.1038/s41598-018-30646-9
  • NAID: 120006549303
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 増大特集 あしたのアルツハイマー病治療 アルツハイマー病のバイオインフォマティクス解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 菊地 正隆、中谷 明弘
  • 雑誌名: BRAIN and NERVE 巻: 69 号: 7 ページ: 835-842
  • DOI: 10.11477/mf.1416200828
  • ISSN: 1344-8129, 1881-6096
  • 年月日: 2017-07-01
• [雑誌論文] アルツハイマー病の遺伝学的リスク (2017)
  • 著者名/発表者名: 宮下哲典、原範和、春日健作、菊地正隆、中谷明弘、池内健
  • 雑誌名: 老年精神医学 巻: 28 ページ: 754-764
• [雑誌論文] バイオインフォマティクスを活用したアルツハイマー病病態解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 菊地 正隆、中谷 明弘
  • 雑誌名: 分子精神医学 巻: 17 ページ: 71-77
• [学会発表] Polygenic analysis of Alzheimer’s disease in a Japanese population (2020)
  • 著者名/発表者名: Masataka Kikuchi
  • 学会等名: Asian Forum on Alzheimer's Disease
  • 国際学会
• [学会発表] 日本人集団におけるアルツハイマー病ポリジェニック解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 菊地正隆,宮下哲典,原範和,重水大智,尾崎浩一,新飯田俊平,池内健,中谷明弘
  • 学会等名: 日本認知症学会学術集会
• [学会発表] ヒト死後脳におけるAPP・APOEの遺伝子発現解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: LIU Lixin,宮下哲典,村上涼太,ZHU Bin,原範和,菊地正隆,月江珠緒,樋口陽,春日健作,中谷明弘,赤津裕康,柿田明美,村山繁雄,池内健
  • 学会等名: 日本認知症学会学術集会
• [学会発表] 日本人におけるAPOEのコモン・レアバリアント解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 宮下哲典,原範和,春日健作,LIU Lixin,樋口陽,ZHU Bin,月江珠緒,石黒敬信,村上涼太,菊地正隆,中谷明弘,尾崎浩一,新飯田俊平,赤澤宏平,桑野良三,桑野良三,岩坪威,岩坪威,池内健
  • 学会等名: 日本認知症学会学術集会
• [学会発表] Polygenic analysis of Alzheimer’s disease in a Japanese population (2019)
  • 著者名/発表者名: Masataka Kikuchi, Akinori Miyashita, Norikazu Hara, Daichi Shigemizu, Kouichi Ozaki, Shumpei Niida, Takechi Ikeuchi, Akihiro Nakaya
  • 学会等名: The 13th International Workshop on Advanced Genomics
  • 国際学会
• [学会発表] Polygenic analyses of Alzheimer's disease in Japanese population (2019)
  • 著者名/発表者名: Masataka Kikuchi, Akinori Miyashita, Takechi Ikeuchi, Akihiro Nakaya
  • 学会等名: Alzheimer's Association International Conference
  • 国際学会
• [学会発表] ポリジェニックハザードスコアを用いたアルツハイマー病発症年齢解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 菊地正隆, 宮下哲典, 池内健, 中谷明弘
  • 学会等名: 日本認知症学会学術集会
• [学会発表] APOE遺伝型はAPPの遺伝子発現量に影響を及ぼすか?:ヒト死後脳における検証 (2018)
  • 著者名/発表者名: 村上涼太, 朱斌, 原範和, 菊地正隆, 月江珠緒, 春日健作, 宮下哲典, 中谷明弘, 赤津裕康, 柿田明美, 村山繁雄, 池内健
  • 学会等名: 日本認知症学会学術集会
• [学会発表] アルツハイマー病の原因遺伝子と感受性遺伝子:我々の取り組みと国内外の最新情報 (2018)
  • 著者名/発表者名: 宮下哲典, 原範和, 菊地正隆, 月江珠緒, 春日健作, 中谷明弘, 池内健
  • 学会等名: 日本認知症学会学術集会
• [学会発表] Enhancer variants associated with Alzheimer's disease affect gene expression via chromatin looping (2018)
  • 著者名/発表者名: Masataka Kikuchi
  • 学会等名: The Asian Forum on Alzheimer’s and Dementia
  • 国際学会 / 招待講演
• [備考] ADMIX database
  • URL: http://www.alzdb.org/admix/gene_submit.html