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統計熱力学計算に基づくロドプシンの熱安定化アミノ酸置換体の創出

研究課題

研究課題/領域番号 17K15099
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関千葉大学

研究代表者

安田 賢司  千葉大学, 大学院理学研究院, 特任助教 (40792081)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードサーモフィリックロドプシン / 耐熱化 / アミノ酸置換 / 統計熱力学 / 積分方程式論 / 水素結合 / エントロピー / 共溶媒効果 / 熱安定化 / 自由エネルギー関数 / 溶媒和エントロピー / 膜タンパク質 / ロドプシン / 形態計測学的アプローチ
研究成果の概要

サーモフィリックロドプシン(TR)とキサントロドプシン(XR)は高いアミノ酸相同性と非常に良く似た立体構造を持つ。しかし、その熱安定性はTRの方が遥かに高い。本研究では、膜タンパク質の安定性を的確に評価できる自由エネルギー関数(FEF)を構築し、TRの耐熱化メカニズムを解明した。また、FEFを用いてTRの耐熱化アミノ酸置換を予測し実験的に検証することで、TRの熱安定化置換体の創出を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

膜タンパク質は現在市販されている薬の約6割の標的となっているが、その安定性が低いため立体構造解析や精製標品を用いた機能解析等が非常に困難である。膜タンパク質は水中環境にある細胞内・細胞外領域と無極性環境にある膜内領域からなり、水溶性タンパク質よりも安定性を司る因子の解明が遅れている。本研究成果により解明されたTRが極めて高い耐熱性を有するメカニズムは、他の多くの不安定な膜タンパク質の安定化への有力な指針となる。またTRの耐熱化置換体は光センサー等の高機能材料としての利用が期待される。

報告書

(5件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2021 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学解析2021

    • 著者名/発表者名
      安田賢司、林智彦、村田 武士、木下正弘
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 4 ページ: 61-66

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Elucidation of cosolvent effects thermostabilizing water-soluble and membrane proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Kazama Kazuki、Akiyama Tomoki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 301 ページ: 112403-112403

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2019.112403

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?2020

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Tomohiko、Yasuda Satoshi、Suzuki Kano、Akiyama Tomoki、Kanehara Kanae、Kojima Keiichi、Tanabe Mikio、Kato Ryuichi、Senda Toshiya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 号: 6 ページ: 990-1000

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b10700

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein Using Amino Acid Mutations with Its Original Function Being Retained2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Nemoto Sayaka、Hayashi Tomohiko、Ueta Tetsuya、Kojima Keiichi、Tsukamoto Takashi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 60 号: 3 ページ: 1709-1716

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c00063

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical identification of thermostabilizing amino acid mutations for G-protein-coupled receptors2020

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Murata、Satoshi Yasuda、Tomohiko Hayashi、Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: - 号: 2 ページ: 323-332

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00678-5

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に関する統計熱力学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      安田賢司、林智彦、村田武士、木下正弘
    • 雑誌名

      月刊「細胞」

      巻: 52 ページ: 37-41

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学解析2020

    • 著者名/発表者名
      安田賢司、林智彦、村田武士、木下正弘
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 4 ページ: 61-67

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Hayashi Tomohiko、Kajiwara Yuta、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 150 号: 5 ページ: 055101-055101

    • DOI

      10.1063/1.5082217

    • NAID

      40022492153

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] The influence of cosolvent on thermal stability of membrane proteins2019

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Kazama, Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical Prediction of Thermostabilizing Mutations for GPCR: Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in Class A GPCRs2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuki Takamuku, Nanao Suzuki, Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, So Iwata, Takuya Kobayashi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Further Thermo-Stabilization of Thermophilic Rhodopsin through Engineering in Intramembrane and Extramembrane Regions2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Akiyama, Naoki Kunishima, Masako Hirose, Sayaka Nemoto, Satoshi Yasuda, Yuki Sudo, Takeshi Murata
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Statistical thermodynamics on the large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, and Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      The 79th Okazaki Conference
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Physical origin of exceptionally high thermostability of thermophilic rhodopsin2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Statistical thermodynamics for remarkably high thermal stability of thermophilic rhodopsin2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda
    • 学会等名
      The Second Symposium of Chiral Molecular Science and Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba-
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in G Protein-Coupled Receptors of Class A2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda
    • 学会等名
      Biophysical Society 62nd Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 統計熱力学に基づいたG蛋白質共役型受容体耐熱化アミノ酸変異体の理論的予測2017

    • 著者名/発表者名
      安田賢司
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 置換により多くのClass AのGタンパク質共役型を安定化するアミノ酸残基の理論的決定2017

    • 著者名/発表者名
      安田賢司
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に対する統計熱力学的解析2017

    • 著者名/発表者名
      安田賢司
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第43回討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-01-27  

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