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深層学習と意味解析を組み合わせた臨床研究データを標準化する手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 17K15866
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 病院・医療管理学
研究機関北海道大学 (2018-2022)
香川大学 (2017)

研究代表者

西本 尚樹  北海道大学, 大学病院, 特任准教授 (90599630)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードRPA / 深層学習 / マッピング / 臨床研究 / 標準化 / Deep learning / 自然言語処理 / データベース / 変数 / CDISC SDTM / Semantic integration / SPARQL / RDF / CDISC / 変数mapping / 標準 / Java / Python / 仮想化技術 / 生物統計学 / 機械学習 / SDTM / ADaM / Lua / 電子カルテ / 医療情報学 / 生体生命情報学
研究成果の概要

医療で得られたデータを統計解析に用いるためにはデータの標準化が必須である。そこで、臨床研究で用いられる項目とデータの自由記述から、医療で用いられる標準的なコードに変換する際の変換可能性の調査および既存のデータ標準に変換する際の方法論の研究を行った。研究成果として、単純に機械的な変換を行うよりも20%程度の精度の向上を確認した。得られたプログラムをベースに臨床試験データマネージャに対して業務の自動化を自ら行う手法の教育を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の成果は、機械的な辞書を用いた項目の標準化よりも、深層学習を用いた曖昧な記述に対するコード付与が可能であることを明らかにし、その精度を向上することができた。本研究で得られたプログラミングの知識は、robotic process automationとして北海道大学病院データセンターにてデータマネージャの教育に利用した。データマネージャに還元することで、臨床試験の立ち上げから実施、試験終了の手順を加速化させることが期待される。

報告書

(7件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Status of the Current Treatment Options and Potential Future Targets in Uterine Leiomyosarcoma: A Review2022

    • 著者名/発表者名
      Asano Hiroshi、Isoe Toshiyuki、Ito Yoichi M.、Nishimoto Naoki、Watanabe Yudai、Yokoshiki Saki、Watari Hidemichi
    • 雑誌名

      Cancers

      巻: 14 号: 5 ページ: 1180-1180

    • DOI

      10.3390/cancers14051180

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] リハビリテーション職種が知っておくべき臨床統計 基礎から最新の話題まで 14.診断法の統計的評価(感度・特異度・ROC曲線等)2021

    • 著者名/発表者名
      西本 尚樹
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Rehabilitation

      巻: 30(12) ページ: 1259-1259

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Validation of a two‐step approach combining serum biomarkers and liver stiffness measurement to predict advanced fibrosis2021

    • 著者名/発表者名
      Fujii Hideki、Enomoto Masaru、Fukumoto Shinya、Kimura Tatsuo、Nadatani Yuji、Takashima Shingo、Hagihara Atsushi、Uchida‐Kobayashi Sawako、Tamori Akihiro、Nishimoto Naoki、Kawada Norifumi
    • 雑誌名

      JGH Open

      巻: 5 号: 7 ページ: 801-808

    • DOI

      10.1002/jgh3.12590

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The FibroScan-aspartate aminotransferase score can stratify the disease severity in a Japanese cohort with fatty liver diseases2021

    • 著者名/発表者名
      Fujii Hideki、Fukumoto Shinya、Enomoto Masaru、Uchida-Kobayashi Sawako、Kimura Tatsuo、Tamori Akihiro、Nadatani Yuji、Takashima Shingo、Nishimoto Naoki、Kawada Norifumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 13844-13844

    • DOI

      10.1038/s41598-021-93435-x

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiple system atrophy in Hokkaido, Japan: a prospective registry study of natural history and symptom assessment scales followed for 5 years2021

    • 著者名/発表者名
      Matsushima Masaaki、Yabe Ichiro、Sakushima Ken、Kanatani Yasuhiro、Nishimoto Naoki、Matsuoka Takeshi、Sawada Jun、Uesugi Haruo、Sako Kazuya、Takei Asako、Tamakoshi Akiko、Shimohama Shun、Sato Norihiro、Kikuchi Seiji、Sasaki Hidenao
    • 雑誌名

      BMJ Open

      巻: 11 号: 2 ページ: e045100-e045100

    • DOI

      10.1136/bmjopen-2020-045100

    • NAID

      120006960641

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Improved time in range and postprandial hyperglycemia with canagliflozin in combination with teneligliptin: Secondary analyses of the CALMER study2021

    • 著者名/発表者名
      Cho Kyu Yong、Nomoto Hiroshi、Nakamura Akinobu、Kawata Shinichiro、Sugawara Hajime、Takeuchi Jun、Nagai So、Omori Kazuno、Tsuchida Kazuhisa、Miya Aika、Shigesawa Ikumi、Tsuchida Kenichi、Yanagiya Shingo、Kameda Hiraku、Yokoyama Hiroki、Taneda Shinji、Kurihara Yoshio、Aoki Shin、Nishimoto Naoki, et.al.
    • 雑誌名

      Journal of Diabetes Investigation

      巻: NA 号: 8 ページ: 1417-1424

    • DOI

      10.1111/jdi.13498

    • NAID

      120007160290

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficacy and safety of sodium RISedronate for glucocorticoid-induced OsTeoporosis with rheumaTOid arthritis (RISOTTO study): A multicentre, double-blind, randomized, placebo-controlled trial2020

    • 著者名/発表者名
      Fujieda Yuichiro、Horita Tetsuya、Nishimoto Naoki、Tanimura Kazuhide、Amasaki Yoshiharu、Kasahara Hideki、Furukawa Shin、Takeda Tsuyoshi、Fukaya Shinji、Matsui Kazuo、Tsutsumi Akito、Furusaki Akira、Sagawa Akira、Katayama Kou、Takeuchi Kaoru、Katsumata Kazuaki、Kurita Takashi、Shane Peter、Kato Masaru、Oku Kenji
    • 雑誌名

      Modern Rheumatology

      巻: 1 号: 3 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1080/14397595.2020.1812835

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chest Compression Depth and Rate ― Effect on Instructor Visual Assessment of Chest Compression Quality ―2019

    • 著者名/発表者名
      Nagafuchi Katsuya、Hifumi Toru、Nishimoto Naoki、Kondo Yutaka、Yoshikawa Kei、Iwami Taku、Kuroda Yasuhiro
    • 雑誌名

      Circulation Journal

      巻: 83 号: 2 ページ: 418-423

    • DOI

      10.1253/circj.CJ-18-0952

    • NAID

      130007557086

    • ISSN
      1346-9843, 1347-4820
    • 年月日
      2019-01-25
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 傾斜磁場コイルシステムがdiffusion weighted image の画質に与える影響2019

    • 著者名/発表者名
      山崎達也. 小川和郎. 石森隆司. 西本尚樹
    • 雑誌名

      日本放射線技術学会雑誌

      巻: 75 号: 4 ページ: 314-321

    • DOI

      10.6009/jjrt.2019_JSRT_75.4.314

    • NAID

      130007635224

    • ISSN
      0369-4305, 1881-4883
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Behavior problems and dysfunctional parenting: a cross-sectional study in Japan2019

    • 著者名/発表者名
      Hiromi Suzuki. Yoda, Takeshi. Kanda, Kanae. Nishimoto, Naoki. Miyatake, Nobuyuki. Konishi, Yukihiko. Nishida, Tomoko. Yokoyama, Katsunori. Kusaka, Takashi. Tomohiro, Hirao
    • 雑誌名

      Pediatrics International

      巻: 61(11) 号: 11 ページ: 1096-1102

    • DOI

      10.1111/ped.13980

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HOMA-IR: An independent predictor of advanced liver fibrosis in nondiabetic non-alcoholic fatty liver disease.2019

    • 著者名/発表者名
      Fujii H, Yoneda M, et al.
    • 雑誌名

      J Gastroenterol Hepatol.

      巻: in press 号: 8 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1111/jgh.14595

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mild decrease in heart rate during early phase of targeted temperature management following tachycardia on admission is associated with unfavorable neurological outcomes after severe traumatic brain injury: a post hoc analysis of a multicenter randomized controlled trial2018

    • 著者名/発表者名
      Inoue Akihiko、on behalf of the Brain Hypothermia (B-HYPO) Study Group in Japan、Hifumi Toru、Kuroda Yasuhiro、Nishimoto Naoki、Kawakita Kenya、Yamashita Susumu、Oda Yasutaka、Dohi Kenji、Kobata Hitoshi、Suehiro Eiichi、Maekawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Critical Care

      巻: 22 号: 1 ページ: 352-352

    • DOI

      10.1186/s13054-018-2276-6

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 高度なIT関連およびプログラミングの知識を有さずともDXを推進するためのPower Automate Desktopを用いた試み2023

    • 著者名/発表者名
      深瀧 恭子,西本 尚樹,吉永 和美,齊藤 栄子,北山 香織理,森木 亜希,伊藤 陽一,樋之津 史郎
    • 学会等名
      日本臨床試験学会第14回学術集会総会in金沢
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 臨床試験データセンターにおけるrobotic process automation可能なプロセスの抽出とデータマネージャへの教育2022

    • 著者名/発表者名
      西本 尚樹,吉永 和美, 齊藤 栄子, 北山 香織理, 森木 亜希, 伊藤 陽一
    • 学会等名
      第42回日本医療情報学会学術大会医療情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 臨床試験データセンターにおけるPythonを用いたrobotic process automationの試行2021

    • 著者名/発表者名
      西本 尚樹、吉永 和美、 齊藤 栄子、 北山 香織理、 森木 亜希、 深瀧 恭子、 伊藤 陽一
    • 学会等名
      第13回日本臨床試験学会総会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] サンプルデータを用いた臨床研究の解析用データベース定義書生成の試み2021

    • 著者名/発表者名
      西本 尚樹、伊藤 陽一、吉永 和美 様、齊藤 栄子、北山 香織理、森木 亜希.
    • 学会等名
      第4回北海道支部会オンライン学術大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] EDCに対する臨床検査値転送システムの導入効果を評価する研究デザインの課題2018

    • 著者名/発表者名
      西本尚樹、國方淳、横井英人
    • 学会等名
      第38回日本医療情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Estimating sample size for a feasibility study of computer-assisted input support to EDC2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Nishimoto, Naomi Tamura, Jun Kunikata, Sumiko Akahori, Tomoaki Sogo, Yuma Tani, Hideto Yokoi
    • 学会等名
      MEDINFO2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 電子カルテデータにおいて発現が観察されない有害事象割合の推定2017

    • 著者名/発表者名
      西本尚樹, 田村菜穂美2, 谷川原綾子, 横井英人
    • 学会等名
      第38回中国四国医療情報学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Calculation of statistical power in multi-reader, multi-case ROC analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Nishimoto, Jun Kunikata, Koji Uemura, Sumiko Akahori, Tomoaki Sogo, Yuma Tani, Hideto Yokoi
    • 学会等名
      The 3rd International Conference on Radiological Science and Technology
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] 臨床研究アウトプット術2020

    • 著者名/発表者名
      前田圭介, 室谷健太(編集), 西本 尚樹, 他
    • 総ページ数
      386
    • 出版者
      中外医学社
    • ISBN
      9784498048782
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2024-01-30  

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