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遺伝子変異によるタンパク質立体構造の動態変化検出手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 17K17837
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
生物物理学
研究機関京都大学

研究代表者

鎌田 真由美  京都大学, 医学研究科, 准教授 (70749077)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2018年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードタンパク質立体構造ダイナミクス / 時系列解析 / ゲノム医療 / ゲノムバリアント / タンパク質立体構造 / 構造ダイナミクス / 薬剤感受性 / 分子動力学シミュレーション / ウェーブレット解析 / 生体生命情報学
研究成果の概要

ゲノム解析技術の発展により、数多くの遺伝子変異が報告されるようになった。各遺伝子変異による疾患や薬剤感受性への影響を知るには、タンパク質立体構造での変化を知る必要がある。本研究では、薬剤感受性に影響を与える遺伝子変異によるタンパク質立体構造の動的挙動変化を検出し、変化に関連する構成原子領域を特定する手法の開発を行った。変異と薬剤耐性の関連が多く研究されているタンパク質(EGFR)を対象に手法の検証を行い、その有用性について確認することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

個々人の遺伝的背景の違いに基づき適切な診断・治療・予防を行う「ゲノム医療」が、実臨床において実施され始めた。ゲノム医療において重要となるのは、ゲノム解析の結果得られるバリアント(ゲノムの違い、多様体)に対する、薬剤感受性への影響などを含めた臨床的な意義付けである。膨大な数のバリアントが報告されている一方で、臨床的意義付が困難なバリアント、つまり治療方針決定に役立てることのできないバリアントも多く存在する。本研究で開発した手法は、バリアントによる薬剤感受性の影響を、タンパク質立体構造の動的挙動から解釈するためのものであり、機序不明なバリアントのメカニズム解明への寄与が期待されるものである。

報告書

(3件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2018

すべて 学会発表 (5件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件)

  • [学会発表] Detection of differences in protein dynamics due to genomic mutation using wavelet transform2018

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Mikito Toda
    • 学会等名
      2018 European Conference on Computational Biology (ECCB)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Feature extraction using wavelet transformation to reveal genomic variant effect on binding affinity of EGFR2018

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Mikito Toda
    • 学会等名
      The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC),
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of clinical genome information database to promote precision medicine2018

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Masahiko Nakatsui, Yasushi Okuno
    • 学会等名
      The 63rd Annual Meeting of the Japan Society of Human Genetics
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Developing prediction methods for disease treatment and prevention taking into account individual variability2018

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada
    • 学会等名
      5th RIKEN-KI/SciLifeLab Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Feature extraction using wavelet transformation to reveal genomic variant effects on binding affinity of EGFR2018

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Mikito Toda
    • 学会等名
      The Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC) 2018
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2020-03-30  

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