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抗体変異体バーチャルライブラリの構築と機械学習を用いたスクリーニング系の確立

研究課題

研究課題/領域番号 17K18113
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
生命・健康・医療情報学
研究機関東京大学

研究代表者

黒田 大祐  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 講師 (60756732)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2019年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2017年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード抗体設計 / タンパク質工学 / 分子シミュレーション / 機械学習 / データベース / 熱安定性 / 凝集性 / 物理化学測定
研究成果の概要

本研究では、コンピュータ技術を用いて、合理的に抗体の物理的安定性を制御する手法を開発することを目的とした。(1)コンピュータ上での変異導入実験によって、6000以上の変異体を含む、バーチャルライブラリを作成した。その中に、親和性を維持したまま熱安定性が向上している変異体が存在することを、示差走査熱量計とELISAを用いて実験的に確認した。(2)安定な抗体と不安定な抗体のアミノ酸配列を比較し、安定性向上のための変異を同定した。分子シミュレーションを用いることで、その安定化要因を明らかにすることができた。こうして得られた変異体情報をもとに、機械学習による抗体安定性評価のための予測モデルを構築した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

物質を分子レベルで自在に設計・制御する技術は、多くの研究者にとって「夢の技術」である。蛋白質の物性を自在に制御できるようになれば、基礎研究のみならず、蛋白質医薬品や新規素材開発への応用など、その社会へのインパクトも大きい。代表者が本助成により開発してきた計算・情報科学技術と、蛋白質工学や物理化学測定の実験手法を融合させることで、新たな分子操作技術の開発へ向けた次世代蛋白質工学への展開が期待できる。本研究で開発に取り組んだ、生体分子の物性を自在に制御するコンピュータシステムにより、将来的には抗体の完全人工設計や人工蛋白質の創製など、「夢の技術」の実現につながると考えている。

報告書

(2件)
  • 2019 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] Johns Hopkins university(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Intramolecular H-bonds govern the recognition of a flexible peptide by an antibody2018

    • 著者名/発表者名
      Miyanabe K, Akiba H, Kuroda D, Nakakido M, Kusano-Arai O, Iwanari H, Hamakubo T, Caaveiro JMM, Tsumoto K
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry

      巻: in press

    • NAID

      40021625331

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Repertoire analysis of antibody CDR-H3 loops suggests affinity maturation does not typically result in rigidification2018

    • 著者名/発表者名
      Jeliazkov JR, Sljoka A, Kuroda D, Tsuchimura N, Katoh N, Tsumoto K, Gray JJ
    • 雑誌名

      Frontiers in Immunology

      巻: 9:413 ページ: 1-17

    • DOI

      10.3389/fimmu.2018.00413

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Assessing the Heterogeneity of the Fc-Glycan of a Therapeutic Antibody Using an engineered FcγReceptor IIIa-Immobilized Column2018

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi M, Caaveiro JMM, Tada M, Tamura H, Tanaka T, Terao Y, Morante K, Harazono A, Hashii N, Shibata H, Kuroda D, Nagatoishi S, Oe S, Ide T, Tsumoto K, Ishii-Watabe A
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8:3955 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41598-018-22199-8

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structures of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with inhibitors2018

    • 著者名/発表者名
      Hashiguchi T, Fukuda Y, Matsuoka R, Kuroda D, Kubota M, Shirogane Y, Watanabe S, Tsumoto K, Kohda D, Plemper RK, Yanagi Y
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 115(10) 号: 10 ページ: 2496-2501

    • DOI

      10.1073/pnas.1718957115

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 分子シミュレーションと物理化学解析による抗体の熱安定性に関する研究2018

    • 著者名/発表者名
      河上恵理, 黒田大祐、中木戸誠、津本浩平
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural, physicochemical and computational analysis to reveal the mechanism of recognition of phosphorylated antigen by an antibody2018

    • 著者名/発表者名
      KAWADE, Raiji; AKIBA, Hiroki; NAKAKIDO, Makoto; KURODA, Daisuke; MARUYAMA, Toshiaki; OKUMURA, Shigeru; ENTZMINGER, Kevin; CAAVEIRO, Jose; TSUMOTO, Kouhei
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] コンピュータ技術を用いたタンパク質のモデリング計算とその応用2018

    • 著者名/発表者名
      黒田大祐
    • 学会等名
      東京大学工学部化学生命工学講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる抗HIV中和抗体PG16のCDR-H3の変異における構造への影響2018

    • 著者名/発表者名
      桐林遼, 近藤寛子, 黒田大祐, 齋藤徹, 香田次郎, 釘宮章光, 中野靖久, 津本浩平, 鷹野優
    • 学会等名
      第5回生命分子科学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of the denaturation midpoint to design the VHH with high thermal stability2018

    • 著者名/発表者名
      Emina Ikeuchi, Daisuke Kuroda, Makoto Nakakido, Maiko Yoshida, Narutoshi Tsukahara, Akikazu Murakami, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      62nd Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] アミノ酸電荷交換に関する抗原-抗体相互作用の物理化学解析2017

    • 著者名/発表者名
      吉田浩平, 木吉真人、黒田大祐、中木戸誠、長門石曉、曽我真司、白井宏樹、津本浩平
    • 学会等名
      第45回 構造活性相関シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Physicochemical analysis of antigen-antibody interaction associated with charge exchange of amino acids, Kouhei Yoshida, Masato Kiyoshi2017

    • 著者名/発表者名
      Kouhei Yoshida, Masato Kiyoshi, Daisuke Kuroda, Makoto Nakakido, Satoru Nagatoishi, Shinji Soga, Hiroki Shirai, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MD法による抗HIV抗体PG16のCDR-H3の変異における中和能への影響の解析2017

    • 著者名/発表者名
      桐林遼, 近藤寛子, 黒田大祐, 齋藤徹, 香田次郎, 釘宮章光, 中野靖久, 鷹野優
    • 学会等名
      日本化学会中国四国支部大会鳥取大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of mutation effects on the neutralizing ability in CDR-H3 of an anti-HIV antibody PG162017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kiribayashi,Hiroko X. Kondo, Daisuke Kuroda, Toru Saito, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Yu Takano
    • 学会等名
      Swedish-Japanese Workshop on Nano-Structure Science by Novel Light Sources
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 抗原配列の硫酸化が抗体との相互作用に与える影響の熱力学的解析2017

    • 著者名/発表者名
      宮鍋 一紘、秋葉 宏樹、カアベイロ ホセ、黒田 大祐、中木戸 誠、高松 祐一郎、山下 雄史、津本 浩平
    • 学会等名
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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