Discovery and validation of pan cancer epigenetic biomarkers

• 研究課題/領域番号: 17K18366
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 腫瘍診断学; ゲノム医科学
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: カチコフスキー ボグミル 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 研究員 (50648136)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2019年度)
• 配分額: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円); 2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2017年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: cancer / epi-genome / transcriptome / genome / DNA methylation / gene expression / translational research

研究成果の概要

長年に亘る研究にも関わらず、診療機関で使用されている癌バイオマーカーは殆ど無い。DNAメチル化は安定で長期的な調節に関与している為、異常なDNAメチル化によって引き起こされ通常とは異なって発現する遺伝子がバイオマーカーの有力な候補である事を提案する。我々は公的に利用可能なトランスクリプトームとエピゲノムデータを統合する計算分析を行い、プロモーターの低メチル化の為に肺癌で上方制御されるコアセット遺伝子を発見した。更に詳しく研究する為、正常な細胞を脱メチル化剤とHDAC阻害剤で処理する攪乱実験を行った。攪乱実験後、遺伝子発現解析（CAGE）、DNAメチル化アレイ、シングルセルCAGE実験を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

The results and data generated in the project help us to better understand the link between the aberrant epigenetic changes and the gene expression in cancer. This opens a way to uncover the theragnostic potential of epigenetically regulated genes in clinical cancer research.

研究成果

• [雑誌論文] Integrative CAGE and DNA Methylation Profiling Identify Epigenetically Regulated Genes in NSCLC (2017)
  • 著者名/発表者名: Horie M, Kaczkowski B, Ohshima M, Matsuzaki H, Noguchi S, Mikami Y, Lizio M, Itoh M, Kawaji H, Lassmann T, Carninci P, Hayashizaki Y, Forrest ARR, Takai D, Yamaguchi Y, Micke P, Saito A, Nagase T.
  • 雑誌名: Mol Cancer Res. 巻: 15 号: 10 ページ: 1354-1365
  • DOI: 10.1158/1541-7786.mcr-17-0191
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著