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高速高精度一分子観察による結晶性糖質分解機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K18429
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 環境農学(含ランドスケープ科学)
生物物理学
研究機関分子科学研究所 (2018)
大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設) (2017)

研究代表者

中村 彰彦  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20752968)

研究協力者 岡崎 圭一  
飯野 亮太  
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2018年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2017年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードキチナーゼ / セルラーゼ / バイオマス / 1分子計測 / プロセッシブ運動 / 一分子観察 / キチン / セルロース / 糖質加水分解酵素
研究成果の概要

キチン加水分解酵素は甲殻類や昆虫の外骨格を構成する結晶性キチンを効率的に分解する酵素である。結晶性キチンを効率的に分解する酵素は、結晶表面を運動することが知られていたが運動機構は不明であった。本研究の1分子計測の結果、キチン加水分解酵素はキチン分子鎖を短く切断する事により後退運動を抑制し熱的揺らぎによる運動の方向性を制御していることがわかった。この成果により運動機構ベースの酵素改変が可能となると期待される。

研究成果の学術的意義や社会的意義

多くの運動する酵素は細胞内でATPなどの高エネルギー化学物質をエネルギー源として運動することが知られている。しかし今回の研究で、キチン加水分解酵素は細胞外で長いキチン分子鎖を短い2糖単位に切断し可溶化する際の変化で運動していることが明らかとなった。これは分子の運動メカニズムの解明に非常に有意義な成果である。また運動機構を考慮するとキチン分解酵素での反応で生成物を取り除くことが効率的な分解に重要であると考えられ、分解反応系の効率化にも有意義な結果が得られた。

報告書

(3件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Rate constants, processivity, and productive binding ratio of chitinase A revealed by single- molecule analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura, Tomoyuki Tasaki, Yasuko Okuni, Chihong Song, Kazuyoshi Murata, Toshiya Kozai, Mayu Hara, Hayuki Sugimoto, Kazushi Suzuki, Takeshi Watanabe, Takayuki Uchihashi, Hiroyuki Noji and Ryota Iino
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 20 号: 5 ページ: 3010-3018

    • DOI

      10.1039/c7cp04606e

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Processive chitinase is Brownian monorail operated by fast catalysis after peeling rail from crystalline chitin2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Akihiko、Okazaki Kei-ichi、Furuta Tadaomi、Sakurai Minoru、Iino Ryota
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 号: 1 ページ: 3814-3814

    • DOI

      10.1038/s41467-018-06362-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-molecule imaging and manipulation of biomolecular machines and systems2018

    • 著者名/発表者名
      Iino Ryota、Iida Tatsuya、Nakamura Akihiko、Saita Ei-ichiro、You Huijuan、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1862 号: 2 ページ: 241-252

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.08.008

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualization of functional structure and kinetic dynamics of cellulases2018

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura, Ryota Iino
    • 雑誌名

      Glycobiophysics

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] キチン加水分解酵素は ATP を使わずに運動するブラウニアンラチェットである2018

    • 著者名/発表者名
      中村 彰彦
    • 学会等名
      分子モーター討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] rocessive chitinase is Brownian ratchet moving unidirectionally by fast catalysis2018

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura
    • 学会等名
      Sendai Molecular Motor Meeting 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] キチン加水分解酵素は速い加水分解でブラウン運動を制御する2018

    • 著者名/発表者名
      中村 彰彦
    • 学会等名
      多糖の未来フォーラム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Direct observation of 1 nm steps of a “burnt‐bridge” Brownian ratchet SmChiA on crystalline chitin with gold nanoprobe2018

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura
    • 学会等名
      The 79th Okazaki Conference Synthetic, Biological, and Hybrid Molecular Engines
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Resolving 1 nm steps of a Brownian-ratchet chitinase with gold nano particle2018

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura
    • 学会等名
      International Symposium on Molecular Science - Physical Chemistry / Theoretical Chemistry, Chemoinformatics, Computational Chemistry - Cosponsored by Japan Society for Molecular Science
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 1 分子解析によりセルラーゼ/キチナーゼの何が見えるのか2017

    • 著者名/発表者名
      中村彰彦
    • 学会等名
      セルラーゼ研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Direct Observation of 1 nm Steps of Chitinase A Molecules with Gold Nano Probes2017

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura, Ryota Iino
    • 学会等名
      Gordon Research Conference Cellulases & Other Carbohydrate-Active Enzymes
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 霊菌Serratia marcescens由来キチナーゼSmChiAの運動律速段階の解明2017

    • 著者名/発表者名
      中村彰彦、飯野亮太
    • 学会等名
      日本応用糖質学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] One nanometer steps and the rate-limiting step of Serratia marcescens chitinase A resolved by gold nanoprobe2017

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura, Ryota Iino
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2020-03-30  

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