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ゲノム変動がトランスクリプトーム変動を生み出す根本的メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K19358
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
研究分野 分子生物学およびその関連分野
研究機関京都府立大学

研究代表者

小保方 潤一  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授 (50185667)

研究協力者 佐藤 壮一郎  
松尾 充啓  
畑 貴之  
風間 明  
早川 千明  
西門 航平  
山口 史香  
川口 晃平  
研究期間 (年度) 2017-06-30 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2018年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2017年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワードゲノム変動 / トランスクリプトーム / 転写開始点 / クロマチンリモデリング / DNA修復 / クロマチン修復 / ヒストン修飾 / プロモータートラッピング / トランスクリプトーム変動 / DNA切断 / 新規転写 / ヒストンアセチル化酵素 / ヒストン脱アセチル化酵素 / 遺伝子転移 / 転写活性化 / プロモーター新生 / エピジェネティックス / クロマチン / DNA2本鎖切断
研究成果の概要

ゲノムDNAの構造変動(挿入、重複、欠失、転座など)によって、ゲノム中に新規の転写開始点や転写領域が生じるメカニズムを実験的に検討した。プロモーターを持たないコード配列を植物ゲノムにランダムに挿入すると、受容ゲノム領域の配列や性質とはほぼ無関係に、一定の頻度で偶発的に転写開始点と転写領域が生成された。一方、受容植物のクロマチンリモデリングを撹乱すると、内在遺伝子の発現には大きな影響は無かったが、新規転写領域の転写強度は大きく変化した。これらの知見は、ゲノムの構造変動はその近傍で生じるクロマチンリモデリングを介してトランスクリプトームを変動させていることを強く示唆している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

今回の研究で得られた知見は、真核生物界でみられる進化や遺伝子新生などの背景には、ゲノムDNAの切断修復に伴うクロマチンのリモデリングが関与していることを示唆しており、「DNAの切断修復と転写活性化の関係」という進化分子生物学の根本原理に関わる新しい研究領域に光をあてる研究、言い換えれば、新しい研究領域を切り拓く研究である。また、これらの研究によって得られる一連の知見は、生物進化の原理だけでは無く、ゲノム中に人為的に挿入された外来遺伝子の活性化メカニズムにも強く関係しており、その意味で、遺伝子操作技術の安全性評価の理論面にも今後大きな影響を与える可能性がある。

報告書

(3件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2019 2018 2017 その他

すべて 学会発表 (10件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [学会発表] Characterization of the de novo activated transcription start sites in the Arabidopsis genome2019

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Hata, Soichirou Satoh, Naoto Takda, Chihiro Hayakawa, Mei Kazama, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo, Sergei Kushnir, Junichi Obokata
    • 学会等名
      第61回日本植物生理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] How EGT/HGT occurs from the time scale of molecules to the evolution2019

    • 著者名/発表者名
      Junichi Obokata
    • 学会等名
      The 14th International Colloquium in Endocytobiology and Symbiosis in Lille, France
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Genome-wide analysis of transcriptional activation of foreign DNA in Arabidopsis thaliana2018

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Hata, Soichirou Satoh, Naoto Takda, Chihiro Hayakawa, Mei Kazama, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo, Sergei Kushnir, Junichi Obokata
    • 学会等名
      第51回植物バイテクシンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子の水平転移はどのように生じるのか ー分子の時間から進化の時間までー2018

    • 著者名/発表者名
      小保方潤一
    • 学会等名
      第2回日本共生生物学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内共生進化における転移遺伝子の活性化モデル2018

    • 著者名/発表者名
      畑貴之、佐藤壮一郎、高田直東、風間明、早川千明、立川誠、松尾充啓、Sergei Kushnir, 小保方潤一
    • 学会等名
      第2回日本共生生物学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide analysis of de novo originated transcription start site in the Arabidopsis genome2018

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Hata, Soichirou Satoh, Naoto Takda, Chihiro Hayakawa, Mei Kazama, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo, Sergei Kushnir, Junichi Obokata
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Experimental evolution approach reveals stochastic behavior of transcriptional activation of transgenes in plant genome.2018

    • 著者名/発表者名
      Hata T., Satoh S., Takada N., Hayakawa C., Kazama M., Tachikawa M., Matsuo M,, Kushnir S., Obokata J
    • 学会等名
      第59回日本植物生理学会年会、 2018年3月、札幌
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Lessons from two unique model systems: how horizontal and encosymbiotic gene transfer occurs.2017

    • 著者名/発表者名
      Obokata, J.
    • 学会等名
      XVIII Annual meeting of the International Society of Endocytobiology German section. September 2017, Konstanz, Germany
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular basis of EGT and HGT: How bacterial transgenes express in the eukaryotic genome?2017

    • 著者名/発表者名
      Hata T., Satoh S., Takada N., Hayakawa C., Kazama M., Uchikoba T., Tachikawa M., Matsuo M,, Kushnir S., Obokata J.,
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Plant Biology 2017  2017年11月, 台北(台湾)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular basis of transcriptional activation of transgenes: How the genome fluctuation influences its trasncriptome?2017

    • 著者名/発表者名
      Hata T., Satoh S., Takada N., Uchikoba T., Tachikawa M., Matsuo M,, Kushnir S., Obokata J.
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)2017年12月、神戸
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 京都府立大学・生命環境科学研究科・植物ゲノム情報学研究室

    • URL

      https://www2.kpu.ac.jp/life_environ/plant_genome_bio/Site/Top.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2017-07-21   更新日: 2020-03-30  

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