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ゲノムアノテーションで見過された短鎖ペプチドコードORFの発見と疾患マーカー開発

研究課題

研究課題/領域番号 17K19565
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
研究分野 病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野
研究機関九州工業大学

研究代表者

矢田 哲士  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728)

研究分担者 秋光 信佳  東京大学, アイソトープ総合センター, 教授 (40294962)
研究期間 (年度) 2017-06-30 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2018年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2017年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードショートORF(sORF) / 短鎖ペプチド / ノンコーディングRNA(ncRNA) / ヒトゲノム / 疾患マーカー / ゲノム / 遺伝子 / 癌
研究成果の概要

ヒトゲノムには数多くの長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)遺伝子が同定されているが、その多くの機能は分かっていない。一方、lncRNAだと考えられていた遺伝子が短いペプチドをコードしている例が報告されている。ここでは、分子生物学と生化学を使った実験的アプローチと情報生物学に基づく計算的アプローチを連携させて、lncRNAとして同定されていたヒトのRNAの中から、短いペプチドをコードしているRNAを体系的に発見した。さらに、それらのペプチドのヒト細胞における生理機能を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヒトlncRNAの多くの機能は分かっていないが、それらの幾つかは、特定の疾患組織で過剰に発現することから、疾患マーカーとして利用されている。しかし、それらは、疾患マーカーとしての血中での安定性の低さが指摘されている。一方、lncRNAだと考えられていた遺伝子が短いペプチドをコードしている例が報告されている。ペプチドマーカーは、RNAマーカーに比べて血中での安定性が高く、また、臨床現場への導入も容易であることから、その開発が渇望されている。ここでの研究成果は、ヒトゲノムから網羅的にペプチド疾患マーカーを発見することに寄与すると期待される。

報告書

(3件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] Genome sequence alignment2019

    • 著者名/発表者名
      Yada T
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology (Gaeta B, Nakai K, ed.)

      巻: 2 ページ: 268-283

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Micropeptides Encoded in Transcripts Previously Identified as Long Noncoding RNAs: A New Chapter in Transcriptomics and Proteomics2018

    • 著者名/発表者名
      Yeasmin Fouzia、Yada Tetsushi、Akimitsu Nobuyoshi
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 9

    • DOI

      10.3389/fgene.2018.00144

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

URL: 

公開日: 2017-07-21   更新日: 2020-03-30  

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