| 研究課題/領域番号 |
17K20032
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
応用情報学およびその関連分野
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| 研究機関 | 早稲田大学 |
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研究代表者 |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| 研究分担者 |
岩切 淳一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (40770160)
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| 研究期間 (年度) |
2017-06-30 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2019年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | ノンコーディングRNA / lncRNA / R-loop / 分子間相互作用 / リピート要素 / RNA-DNA相互作用 / オミクスデータ / クロマチン / 長鎖ノンコーディングRNA / トランスポゾン / 相互作用 / ランダムフォレスト / RNAクロマチン相互作用 / RNA |
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| 研究成果の概要 |
我々は、様々な生物種において、Rループ形成に関連する異なる反復要素を発見した。サテライト、LINE、DNAトランスポゾンがそれぞれ、ヒト、ショウジョウバエ、シロイヌナズナでRループに特異的に濃縮されていることが確認された。また、R-loopは、種を超えて、低複雑度または単純な繰り返しの領域で生じる傾向があった。Rループの形成に関連する繰り返し要素は、発生段階によって異なることがわかった。例えば、LINEやロングターミナルリピートレトロトランスポゾン（LTR）は、胚ではRループを含みやすく、発生後のS2細胞では低複雑度や単純な繰り返しであることが判明した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
RNAとクロマチンの相互作用のひとつであるRループ構造と従来はジャンクだと考えられていたリピート要素との関連性を，バイオインフォマティクス的なアプローチにより包括的に解析を行った．Rループは疾患などのさまざまな生命現象に深く寄与していることが考えられるため，われわれの研究結果は今までわかっていなかった生命分子メカニズムの解明に寄与することが期待される．
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