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蛋白質ナノブロック複合体の合理的超四次構造形成による機能性超分子結晶ナノ材料開発

研究課題

研究課題/領域番号 17KK0104
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)

配分区分基金
研究分野 生体関連化学
研究機関信州大学

研究代表者

新井 亮一  信州大学, 学術研究院繊維学系, 准教授 (50344023)

研究期間 (年度) 2018 – 2023
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
キーワードタンパク質ナノブロック / タンパク質複合体 / 人工タンパク質デザイン / タンパク質工学 / タンパク質結晶化 / ナノマテリアル / 機能性超分子複合体 / 計算科学 / 人工タンパク質複合体 / ナノバイオマテリアル / 機能性超分子 / 多孔質ナノマテリアル / タンパク質ナノブロック複合体
研究成果の概要

蛋白質ナノブロック研究の成果を基に、計算科学を取り入れて研究をさらに発展させ、人工蛋白質複合体を対称的に集積させた結晶性ナノバイオ材料を合理的に設計開発することを目的として6か月間渡米し、国際共同研究を実施した。蛋白質デザインプログラムを利用して、2次元シート状結晶性複合体を形成するため、αヘリックスドメインを連結した人工蛋白質ナノブロックを設計した。計算結果から、相互作用面の形状やスコア等の条件により2次元格子状複合体のデザイン構造を絞り込み、実際に実験する人工設計蛋白質配列を選抜した。これらの人工遺伝子を合成し、大腸菌により発現、精製後、電子顕微鏡観察により、ナノスケールの構造を調査した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

以前は実験を基盤とした蛋白質工学及び蛋白質設計改変分野の研究が主体であったが、近年、発展が著しい計算科学を駆使した蛋白質デザイン研究分野を先導するワシントン大学Baker研究室に半年間滞在し、世界トップレベルの環境で国際共同研究を行うことにより、最先端の蛋白質デザイン研究に取り組んだことは、学術的にも意義がある。またその後、この成果や経験を利用して、様々な人工蛋白質の設計開発及び改良等にも継続的に取り組んで一定の成果を上げてきたことにより、将来的にバイオ医薬品等の開発につなげるための基盤となる試みは社会的意義があると考えられる。

報告書

(7件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 2件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] University of Washington(米国)2019

    • 年月日
      2019-04-01
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F42023

    • 著者名/発表者名
      Kurihara Kodai、Umezawa Koji、Donnelly Ann E.、Sperling Brendan、Liao Guanyu、Hecht Michael H.、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 120 号: 38

    • DOI

      10.1073/pnas.2218281120

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks2023

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Naoya、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2671 ページ: 79-94

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3222-2_4

    • ISBN
      9781071632215, 9781071632222
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] One-pot synthesis of fibrillar-shaped functional nanomaterial using microbial transglutaminase2023

    • 著者名/発表者名
      Sakono Masafumi、Nakamura Mitsuki、Ohshima Tatsuki、Miyakoshi Ayano、Arai Ryoichi、Minamihata Kosuke、Kamiya Noriho
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: - 号: 6 ページ: 440-446

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2023.03.015

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enzymatic fabrication of multifunctional amyloid-based protein assembly2023

    • 著者名/発表者名
      Mitsuki Nakamura, Ryoichi Arai, Noriho Kamiya, Masafumi Sakono
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: - 号: 7 ページ: 538-541

    • DOI

      10.1246/cl.230156

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multi-enzyme Machinery for Chitin Degradation in the Chitinolytic Bacterium Chitiniphilus shinanonensis SAY3T2023

    • 著者名/発表者名
      Sato Hiroaki、Sonoda Norie、Nakano Moe、Matsuyama Yuka、Shizume Arisa、Arai Ryoichi、Nogawa Masahiro、Taguchi Goro、Shimosaka Makoto
    • 雑誌名

      Current Microbiology

      巻: 80 号: 11 ページ: 360-360

    • DOI

      10.1007/s00284-023-03489-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reversible Assembly of an Artificial Protein Nanocage Using Alkaline Earth Metal Ions2023

    • 著者名/発表者名
      Ohara Naoya、Kawakami Norifumi、Arai Ryoichi、Adachi Naruhiko、Moriya Toshio、Kawasaki Masato、Miyamoto Kenji
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 1 ページ: 216-223

    • DOI

      10.1021/jacs.2c09537

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Self-Assembling Lectin Nano-Block Oligomers Enhance Binding Avidity to Glycans2022

    • 著者名/発表者名
      Irumagawa Shin、Hiemori Keiko、Saito Sayoko、Tateno Hiroaki、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 号: 2 ページ: 676-676

    • DOI

      10.3390/ijms23020676

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Production of pentaglycine-fused proteins using Escherichia coli expression system without in vitro peptidase treatment2022

    • 著者名/発表者名
      Sakono Masafumi、Oshima Tatsuki、Iwakawa Takako、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      Protein Expression and Purification

      巻: 194 ページ: 106068-106068

    • DOI

      10.1016/j.pep.2022.106068

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rational thermostabilisation of four-helix bundle dimeric de novo proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Irumagawa Shin、Kobayashi Kaito、Saito Yutaka、Miyata Takeshi、Umetsu Mitsuo、Kameda Tomoshi、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 7526-7526

    • DOI

      10.1038/s41598-021-86952-2

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Icosahedral 60-meric porous structure of designed supramolecular protein nanoparticle TIP602021

    • 著者名/発表者名
      Junya Obata, Norifumi Kawakami, Akihisa Tsutsumi, Erika Nasu, Kenji Miyamoto, Masahide Kikkawa, Ryoichi Arai
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 79 号: 79 ページ: 10226-10229

    • DOI

      10.1039/d1cc03114g

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of helical linkers for fusion proteins and protein-based nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Arai
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: 647 ページ: 209-230

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2020.10.003

    • ISBN
      9780128208182
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Hyperstable De Novo Protein with a Dimeric Bisecting Topology2020

    • 著者名/発表者名
      Kimura Naoya、Mochizuki Kenji、Umezawa Koji、Hecht Michael H.、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 9 号: 2 ページ: 254-259

    • DOI

      10.1021/acssynbio.9b00501

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 人工タンパク質ナノブロック複合体の設計開発2019

    • 著者名/発表者名
      小林 直也、川上 了史、新井 亮一
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 91 号: 2 ページ: 255-259

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2019.910255

    • NAID

      40021942521

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2019-04-25
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 蛋白質ナノブロックによるレクチン超分子複合体の創出戦略2019

    • 著者名/発表者名
      入間川 伸,新井 亮一
    • 雑誌名

      医学のあゆみ

      巻: 269 ページ: 690-696

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F42023

    • 著者名/発表者名
      栗原航大, 梅澤公二, Ann E. Donnelly, Michael H. Hecht, 新井亮一
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Structures of de novo proteins from a binary-patterned library and the applications to constructing protein nanobuilding blocks2023

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Arai
    • 学会等名
      Library Design for Protein Engineering 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 人工タンパク質ナノ粒子IP60とレクチンを融合した機能性タンパク質複合体の開発2023

    • 著者名/発表者名
      内田翔汰, 川上了史, 舘野 浩章, 新井亮一
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 新規人工酵素Syn-F4エンテロバクチンエステラーゼのX線結晶構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      栗原航大, 梅澤公二, Ann E. Donnelly, Michael H. Hecht, 新井亮一
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] イソペプチド結合タグを用いた多価抗体タンパク質ナノブロック複合体の開発2022

    • 著者名/発表者名
      髙橋五月, 浅野竜太郎, 山本雷蔵, 迫野昌文, 新井亮一
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 多価レクチンナノブロックWA20-ACG複合体の開発2021

    • 著者名/発表者名
      入間川 伸,舘野 浩章,新井 亮一
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 三量体レクチンを用いた蛋白質ナノブロックの自己組織化超分子複合体の創製2021

    • 著者名/発表者名
      貝川 はるか,舘野 浩章,新井 亮一
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Barium ion responsive reversible assembly of protein supramolecule TIP602021

    • 著者名/発表者名
      大原 直也,川上 了史,新井 亮一,宮本 憲二
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 蛋白質ナノブロックによる機能性人工蛋白質複合体の創製に向けて2021

    • 著者名/発表者名
      新井 亮一
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Icosahedral 60-meric porous structure of designed protein nanoparticle TIP602021

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Arai, Norifumi Kawakami, Junya Obata, Akihisa Tsutsumi, Kenji Miyamoto, Masahide Kikkawa
    • 学会等名
      The Protein Society, the 36th Annual Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Self-assembling lectin nano-building blocks enhance avidity to glycans through polyvalent effect2021

    • 著者名/発表者名
      Shin Irumagawa, Hiroaki Tateno, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      The Protein Society, the 36th Annual Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Self-assembling functional complexes of protein nanobuilding blocks with a trimeric lectin2021

    • 著者名/発表者名
      Haruka Kaigawa, Hiroaki Tateno, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      The Protein Society, the 36th Annual Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural Basis for Quenchbody (Q-body): Crystal Structures of the Fab Fragment of Anti-Osteocalcin Antibody KTM2192020

    • 著者名/発表者名
      Shuma Yazaki, Misaki Komatsu, Jinhua Dong, Hiroshi Ueda, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational Stabilization of Dimeric Four-Helix Bundle De Novo Proteins Using Molecular Dynamics Simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Shin Irumagawa, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito, Takeshi Miyata, Mitsuo Umetsu, Tomoshi Kameda, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子標的蛍光インジケーターとグルタチオンS-トランスフェラーゼ複合体のX結晶構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      矢崎 崇真, 岡島 崇文, 瀧 真清, 新井 亮一
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 新規人工酵素Syn-F4エンテロバクチンエステラーゼのX線結晶構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      栗原 航大, 梅澤 公二, Sha Tao, Ann E Donnelly, Michael H Hecht, 新井 亮一
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 自己組織化レクチンナノブロックWA20-ACG複合体の開発2020

    • 著者名/発表者名
      入間川 伸、 舘野 浩章、新井 亮一
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 人工蛋白質ナノ粒子TIP60の正20面体型60量体多孔質構造2020

    • 著者名/発表者名
      小幡 隼也、川上 了史、包 明久、宮本 憲二、吉川 雅英、新井 亮一
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 三量体レクチンを用いたレクチンナノブロックの自己組織化タンパク質超分子複合体の創製2020

    • 著者名/発表者名
      貝川 はるか、舘野 浩章、新井 亮一
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Thermal Reconstruction of Protein Nanobuilding Block Complexes Using an Ultra-Stable de Novo Protein Domain2019

    • 著者名/発表者名
      Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Michael H. Hecht, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Proteins
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Thermal Reconstruction of Protein Nano-building Block Complexes Using an Ultra-Stable de Novo Protein Domain2019

    • 著者名/発表者名
      Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      The Protein Society, 33rd Annual Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Thermal Reconstruction of Protein Nanobuilding Block Complexes Using an Ultra-Stable de Novo Protein Domain2019

    • 著者名/発表者名
      Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Michael H. Hecht, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      RosettaCON 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Thermal Reconstruction of Protein Nanobuilding Block Complexes Using an Ultra-Stable de Novo Protein Domain2019

    • 著者名/発表者名
      Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Michael H. Hecht, Ryoichi Arai
    • 学会等名
      Innovations in Imaging for the Life Sciences
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] タンパク質ナノブロックによる自己組織化ナノ構造複合体の創製2019

    • 著者名/発表者名
      新井 亮一
    • 学会等名
      第26回ペプチドフォーラム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Self-Assembling Supramolecular Nanostructures Constructed from Protein Nano-Building Blocks2019

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Arai
    • 学会等名
      IPNF 2019 (International Powder and Nanotechnology Forum)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] クライオ電子顕微鏡ハンドブック(第4章第6節人工設計タンパク質ナノ粒子TIP60の立体構造解析)2023

    • 著者名/発表者名
      新井亮一,川上了史,小幡隼也,包明久,那須英里圭,宮本憲二,吉川雅英
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860438043
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 信州大学 新井亮一研究室

    • URL

      http://fiber.shinshu-u.ac.jp/arai/index.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
  • [備考] 信州大学 研究者総覧 新井亮一

    • URL

      http://soar-rd.shinshu-u.ac.jp/profile/ja.OVkUjFkV.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 信州大学新井亮一研究室ホームページ

    • URL

      http://fiber.shinshu-u.ac.jp/arai/index.html

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2018-01-25   更新日: 2025-01-30  

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