ハイスループットシークエンサーによる網羅的ウイルス検出法の確立とその臨床応用

• 研究課題/領域番号: 17KK0170
• 研究種目: 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 疫学・予防医学
• 研究機関: 長崎大学
• 研究代表者: 黒崎 陽平 長崎大学, 感染症共同研究拠点, 准教授 (40415443)
• 研究期間 (年度): 2018 – 2019
• 研究課題ステータス: 完了 (2019年度)
• 配分額: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円)
• キーワード: ウイルス / 出血熱 / 次世代シークエンス / ナノポアシークエンス / メタゲノム / 診断 / 分子疫学 / 疫学 / ウイルス進化

研究成果の概要

次世代およびナノポアシークエンスを含めたハイスループットシークエンス技術を用いた臨床試料からのウイルスメタゲノム解析法を確立し、新たなウイルス感染症のサーベイランス手法として応用を試みた。西アフリカにおけるエボラウイルス病の流行において、エボラ擬似症例とされた試料について、全ゲノム増幅法を利用したメタゲノム解析を行ったところ、麻疹ウイルス遺伝子を検出し、その全長配列を決定した。また、ダニ媒介性の出血熱を起こすクリミア-コンゴ出血熱ウイルスについて、ナノポアシークエンスによる簡易かつ迅速なウイルスゲノム配列決定法を開発し、ウイルス流行地域より採取されたマダニ試料からウイルス配列を決定した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

新たなウイルス感染症のアウトブレイクにおいて、原因ウイルスをいち早く同定し、そのゲノム配列情報からウイルス学的性状を把握し、感染源を推定することは極めて重要である。ウイルス流行時において、個々の分離株のゲノム配列情報は、疫学情報から推定されるウイルス拡散経路を裏付け、より詳細な伝播モデルの推定を可能にする。今回開発したハイスループットシークエンサーによる網羅的なウイルス検出法、並びにナノポアシークエンスを用いたウイルスの迅速ゲノム配列決定法は、現在まさに流行している新型コロナウイルスのような新たなウイルス感染症の発生時にも活用できる技術であり、感染症対策に資することが期待できる。

研究成果

• [国際共同研究] 英国公衆衛生局(英国) (2018)
• [雑誌論文] エボラ診断薬とその現場での役割 (2019)
  • 著者名/発表者名: 黒崎陽平
  • 雑誌名: 最新医学 巻: 74 ページ: 548-554
• [雑誌論文] Development of an RT-LAMP assay for the detection of Lassa viruses in southeast and south-central Nigeria. (2019)
  • 著者名/発表者名: Pemba CM, Kurosaki Y, Yoshikawa R, Oloniniyi OK, Urata S, Sueyoshi M, Zadeh VR, Nwafor I, Iroezindu MO, Ajayi NA, Chukwubike CM, Chika-Igwenyi NM, Ndu AC, Nwidi DU, Maehira Y, Unigwe US, Ojide CK, Onwe EO, Yasuda J.
  • 雑誌名: Journal of Virological Methods 巻: 269 ページ: 30-37
  • DOI: 10.1016/j.jviromet.2019.04.010
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] Nanopore sequencing for genome surveillance of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (2019)
  • 著者名/発表者名: Yohei Kurosaki, Babak Afrough, John Chamberlain, Roger Hewson, Jiro Yasuda
  • 学会等名: 第67回日本ウイルス学会学術集会
• [学会発表] Development of an RT-LAMP assay for the detection of Lassa viruses in southeast and south-central Nigeria (2019)
  • 著者名/発表者名: C. Pemba, Y. Kurosaki, R. Yoshikawa, I. Nwafor, O. K. Oloniniyi, S. Urata, M. Sueyoshi, V. R. Zadeh, M. O. Iroezindu, N. Ajayi, C. M. Chukwubike, N. M. Chika-Igwenyi, A. C. Ndu, D. U. Nwidi, Y. Maehira, U. S. Unigwe, C. K. Ojide, E. O. Onwe, J. Yasuda
  • 学会等名: Lassa fever First International Conference
  • 国際学会
• [学会発表] DIFFERENT EFFECTS OF TWO MUTATIONS ON THE INFECTIVITY OF EBOLA VIRUS GLYCOPROTEIN IN NINE MAMMALIAN SPECIES (2018)
  • 著者名/発表者名: Y. Kurosaki, M. T. Ueda, Y. Nakano, J. Yasuda, Y. Koyanagi, K. Sato, S. Nakagawa
  • 学会等名: The 2018 Negative Strand RNA Virus meeting
  • 国際学会