• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

生物発光における脱CO2酵素反応の遷移状態構造とその制御の計算物質的科学研究

研究課題

研究課題/領域番号 17KT0094
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 遷移状態制御
研究機関群馬大学

研究代表者

樋山 みやび  群馬大学, 大学院理工学府, 准教授 (90399311)

研究期間 (年度) 2017-07-18 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2017年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワード生物発光 / 量子化学計算 / 水和 / 第一原理分子動力学計算 / 反応経路 / オキシルシフェリン / 発光エネルギー / ルシフェラーゼ / ゲンジボタルルシフェラーゼ / 変異体 / 古典分子動力学計算 / 時間依存密度汎関数法 / ONIOM計算 / ルシフェリンールシフェラーゼ反応 / ポテンシャルプロファイル / 振動解析 / 自由エネルギー / 酵素反応 / 生物物理 / 計算物理 / 蛋白質
研究成果の概要

生物発光は、食品検査・遺伝子発現・土壌/水質汚染検査などに利用されているため、発光機構の解明はこれらの検査方法の発展に重要となる。生物発光の本質は、タンパク質酵素内において酸素が反応系に取り込まれ二酸化炭素を脱離する化学反応にある。生物発光を理解するためには、化学反応の問題にタンパク質酵素の影響と溶媒の影響が複雑に絡んでいることを考慮した理論研究が必要である。本研究では、分子動力学計算と量子化学計算を組み合わせた方法により発光体への溶媒とタンパク質酵素の影響について調べた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生物発光は基礎的な化学・生物学的分野だけでなく、工学・医学・薬学等の広い分野に関わっており、我々の生活に深く関係している。生物発光の中でも特に有用なホタル生物発光に着目した本研究成果により、今後の発光機構解明が進めば、食品検査や土壌/水質汚染検査などの応用面での研究も発展すると期待できる。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 6件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Theoretical Study of the Wavelength Selection for the Photocleavage of Coumarin‐caged D‐luciferin2020

    • 著者名/発表者名
      Usukura Junko、Hiyama Miyabi、Kurata Maki、Hazama Yuji、Qiu Xing‐Ping、Winnik Francoise M.、Akiyama Hidefumi、Koga Nobuaki
    • 雑誌名

      Photochemistry and Photobiology

      巻: - 号: 4 ページ: 805-814

    • DOI

      10.1111/php.13212

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Photoabsorption Spectra of Aqueous Oxyluciferin Anions Elucidated by Explicit Quantum Solvent2019

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Yoshifumi、Hiyama Miyabi、Shiga Motoyuki、Akiyama Hidefumi、Sugino Osamu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 15 号: 10 ページ: 5474-5482

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.9b00392

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ホタル生物発光関連分子の電子状態に関する理論的研究2019

    • 著者名/発表者名
      樋山みやび
    • 雑誌名

      原子衝突学会 学会誌 しょうとつ

      巻: 16 ページ: 75-86

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis and quantitative characterization of coumarin-caged D-luciferin2018

    • 著者名/発表者名
      Kurata Maki、Hiyama Miyabi、Narimatsu Takuma、Hazama Yuji、Ito Takashi、Hayamizu Yuhei、Qiu Xingping、Winnik Francoise M.、Akiyama Hidehumi
    • 雑誌名

      Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology

      巻: 189 ページ: 81-86

    • DOI

      10.1016/j.jphotobiol.2018.10.002

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Theoretical study for firefly bioluminescence related molecules in aqueous solutions with first principle molecular dynamics simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Miyabi Hiyama, Yoshifumi Noguchi, Motoyuki Shiga, Osamu Sugino, Hidefumi Akiyama, Nobuaki Koga
    • 学会等名
      The 6th Quantum Science symposium; The Main Symposium of 16th International Conference of Computational Methods in Science and Engineering
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 第一原理による水溶液中のホタルオキシルシフェリン分子の安定性と光吸収スペクトル2019

    • 著者名/発表者名
      野口良史、樋山みやび、志賀基之、秋山英文、杉野修
    • 学会等名
      日本物理学会2019年秋季大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 第一原理による水溶液中のホタルオキシルシフェリン分子の安定性と光吸収スペクトル2019

    • 著者名/発表者名
      野口良史、樋山みやび、志賀基之、秋山英文、杉野修
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ゲンジボタルルシフェラーゼにおける発光スペクトルのQM/MM法による解析2019

    • 著者名/発表者名
      樋山みやび、野口良史、志賀基之、秋山英文、杉野修、古賀伸明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] クマリンケージドルシフェリンの合成と量的特性評価2019

    • 著者名/発表者名
      薄倉 淳子,倉田 麻貴,樋山 みやび,成松 拓馬,挾間 優治,伊藤 隆,早水 裕平, Xingping Qiu,Francoise M. Winnik,古賀 伸明,秋山 英文
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] クマリンケージドルシフェリンの合成と吸収スペクトル2019

    • 著者名/発表者名
      﨑元柊,小野稜平,鈴木千晴,熊谷遼,菅野研一郎,Winnik Francoise,薄倉淳子,板橋英之,樋山みやび
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 生物発光スペクトルにおける有害金属の影響解明2019

    • 著者名/発表者名
      手塚大輔,齋藤啓介,挟間優治,秋山英文,板橋英之,樋山みやび
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ATP過少条件下におけるホタル生物発光の絶対発光量の測定2019

    • 著者名/発表者名
      小野稜平,挾間優治,秋山英文,板橋英之,樋山みやび
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 水溶液中のホタルオキシルシフェリンの基底状態および励起状態の第一原理MD2019

    • 著者名/発表者名
      野口良史、樋山みやび、志賀基之、秋山英文、杉野修
    • 学会等名
      第33回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 水溶液中のクマリン・ケージドルシフェリンの吸収スペクトルの理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      薄倉淳子, 樋山みやび, 倉田麻貴, 挾間優治, Xingping Qiu, Francoise Winnik, 古賀伸明, 秋山英文
    • 学会等名
      第12回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ガードカラムを用いた陰イオンのイオンクロマトグラフィーと同時分離法への応用2018

    • 著者名/発表者名
      吉井咲夢、森勝伸、樋山みやび、板橋英之
    • 学会等名
      日本分析化学会第67年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 発光酵素ルシフェラーゼによるDNA合成反応の検出2018

    • 著者名/発表者名
      栗本雅之、小野稜平、手塚大輔、樋山みやび、板橋英之、大重真彦、桂進司
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Absorption spectra of firefly oxyluciferin from first principle molecular dynamics simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Miyabi Hiyama, Yoshifumi Noguchi, Motoyuki Shiga, Osamu Sugino, Hidefumi Akiyama, Nobuaki Koga
    • 学会等名
      20th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Study on the possible meteorological factors of Japan’s firefly bioluminescence occurrences2018

    • 著者名/発表者名
      Sakura Yoshii, Miyabi Hiyama, Hideyuki Itabashi
    • 学会等名
      20th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 実験と理論計算からのホタル生物発光機構へのアプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      樋山みやび
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 紅色光合成細菌の反応中心における電子移動に対するポルフィリン環側鎖の電子的効果の理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      樋山みやび
    • 学会等名
      NTChemWorkshop2019
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] pH dependence of oxidation reaction pathway of firefly luciferin2017

    • 著者名/発表者名
      Miyabi Hiyama, Hidefumi Akiyama, Nobuaki Koga
    • 学会等名
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] クマリン・ケージドルシフェリンの電子励起状態の理論的研究2017

    • 著者名/発表者名
      薄倉淳子、樋山みやび、倉田麻貴、挾間優治、Xingping Qiu、Francoise Winnik, 古賀伸明、秋山英文
    • 学会等名
      第11回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ホタルオキシルシフェリン吸収スペクトルにおける水分子鎖の構造ゆらぎの影響2017

    • 著者名/発表者名
      樋山みやび、野口良史、志賀基之、杉野修、秋山英文、古賀伸明
    • 学会等名
      第11回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] GRRM 法による水溶液中ケージドルシフェリンの構造探索2017

    • 著者名/発表者名
      薄倉淳子、樋山みやび、倉田麻貴、挾間優治、Xingping Qiu、Francoise Winnik, 古賀伸明、秋山英文
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Instantaneous absorption spectra of firefly oxyluciferin using the first principle molecular dynamics simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Miyabi Hiyama, Yoshifumi Noguchi, Motoyuki Shiga, Osamu Sugino, Hidefumi Akiyama, Nobuaki Koga
    • 学会等名
      11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effects of water solvation on absorption spectra of firefly oxyluciferin2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuaki Koga, Miyabi Hiyama, Yoshifumi Noguchi, Motoyuki Shiga, Osamu Sugino, Hidefumi Akiyama
    • 学会等名
      The 28th International Conference on Photochemistry (ICP 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会

URL: 

公開日: 2017-07-21   更新日: 2021-02-19  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi