ヒト疾患関連コピー数多型解析

• 研究課題/領域番号: 18018007
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 石川 俊平 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教 (50418638)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2007
• 研究課題ステータス: 完了 (2007年度)
• 配分額: 9,800千円 (直接経費: 9,800千円); 2007年度: 4,600千円 (直接経費: 4,600千円); 2006年度: 5,200千円 (直接経費: 5,200千円)
• キーワード: コピー数多型 / マイクロアレイ / ヒトゲノム

研究概要

国際コンソーシアムでのプロジェクトを通じて高頻度なCNV領域については当初の想像以上に500Kアレイのプローブが抜け落ちていることが明らかになった。CNVの領域ではアレル数の不均衡によるcall rateの低下、Mendel InheritanceエラーやH-Wエラーによってアレイの開発段階で多くのプローブが抜け落ちていることがわかった。こうした500K arrayではカバーできないCNV領域が多数見られたという事実を踏まえ、CNVカバーのよいより高密度なアレイプラットフォームの開発が必要とおもわれた。我々がAffymetrixと共同で開発したオリゴヌクレオチドアレイは全ゲノムで130万(1.3M)のデータポイントと従来の500K arrayの倍以上の情報が取得可能である。CNV領域のカバー率も良く、次世代ゲノムアレイ SNP6.0 arrayのプロトタイプとなった。このアレイにGIM/GEMCAアルゴリズムを実装した。先天性腫瘍性疾患Gorlin症候群のゲノムDNAの解析ではPTCHを含む最少165Kbpの欠失が見つかりいずれの症例にもbreak point(切断点)が同定可能であった。

研究成果

• [雑誌論文] High-density oligonucleotide array with sub-kilobase resolution reveals breakpoint information of submicroscopic deletions in nevoid basal cell carcinoma syndrome. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujii K, Ishikawa s, Uchikawa H, Komura D, Shapero MH, Shen F, Hung J, Arai H, Tanaka y, Sasaki K, Kohno y, Yamada m, Jones KW, Aburatani H, Miyashita T.
  • 雑誌名: Human Genetics 122 ページ: 459-466
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global variation in copy number in the human genome (2006)
  • 著者名/発表者名: Richard Rendon, Shumpei Ishikawa, Karen R.Fitch, Lars Feuk, George H.Perry (First authors with equal contribution) et al.
  • 雑誌名: Nature Vol.444 ページ: 444-454
• [雑誌論文] Genome-wide detection of human copy number variations using high-density DNA oligonucleotide arrays (2006)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Komura, Fan Shen, Shumpei Ishikawa (First authors with equal contribution) et al.
  • 雑誌名: Genome Research Vol.16 ページ: 1575-1584
• [学会発表] Copy number variation of the drug-associated genes (2007)
  • 著者名/発表者名: Shumpei Ishikawa, Hiroyuki Aburatani
  • 学会等名: AACR Molecular Diagnostics in Cancer Therapeutic
  • 発表場所: Atlanta, GA
  • 年月日: 2007-09-18
• [図書] ヒトゲノムのコピー数多型 : CNV (2007)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平, 油谷浩幸
  • 総ページ数: 209
  • 出版者: 羊土社