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蛋白質フォールディングの律速のメカニズム

研究課題

研究課題/領域番号 18031043
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

油谷 克英  理化学研究所, タンパク質結晶構造解析研究チーム, 上級研究員 (90089889)

研究分担者 澤野 雅英  独立行政法人理化学研究所, タンパク質結晶構造解析研究チーム, リサーチアソシエイト (10415177)
瀬川 新一  関西学院大学, 理工学部, 教授 (70103132)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
7,000千円 (直接経費: 7,000千円)
2007年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2006年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
キーワード超好熱菌 / ピロリドンカルボキシペプチダーゼ / DSC / NMR / foldingの律速 / 熱安定性 / CutA1 / 蛋白質の変性状態 / フォールディングの律速 / 蛋白質のフォールディング / 蛋白質の安定性 / ピロリドンカルボキシペプチダーセ / リアルタイム観察 / アミノ酸置換
研究概要

超好熱菌Pyrococcus furiosus由来のピロリドンカルボキシペプチダーゼ(PCP))とP.horikoshii由来のCutA1(PhCutA1)の二種類の蛋白質を用いて、表記課題に取り組んだ。(I)PCPのrefolding速度の異常に遅い反応特性を利用すると、生理的条件下で平衡にあるD状態の構造が解明できる。このD状態のどのような構造的因子が鍵となって、foldingの律速となっているかを明らかにすることが本研究の目的である。明らかになった主な結果は(1)NMRのH/D交換実験から、D状態において異常に交換速度の遅い領域があり、その領域は天然構造のα6-helixに対応して、D状態でその部分が構造を取っていることを、野生型とそのα6ヘリックス(S188〜E205)の中間付近のAla199でのPro変異型とを比較することによって明らかにした。更に、ペプチドを用いたNMR研究から、D状態で、既にα6ヘリックスを形成しているのは、そのペプチドの固有の高いヘリックス形成能に起因していることが分かった。(II)PhCutA1は、pH7での変性温度が148.5℃という極めて高い値を示す。至適生育温度95℃のPhCutA1の熱安定化の熱力学的基盤を明らかにするために、生育温度の異なる2種類のCutA1(至適温度が75と28℃のそれぞれT.thermophilus(TtCutA1)とO.sativa(イネ)(OsCutA1))を比較対照として、DSCによる熱変性、CDによる変性剤変性実験を行った。その結果、PhCutA1の異常に高い熱安定性は、エンタルピーとエントロピーの両者の減少に起因して、特に、エントロピーの減少は異常に多く含まれているイオン性残基に原因すると説明できた。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Thermodynamic basis for the stabiities of three CutAls from Pyrococcus horikoshil, Thermus thermophilus, and Oryza sativa, with unusually high denaturation temperatures2008

    • 著者名/発表者名
      Masahide Sawano, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 47

      ページ: 721-730

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The confirmation of the denatured structure of pyrrolidone carboxyl peptidase under non-denaturing conditions: difference in helix propensity of two synthetic peptides with single amino acid substitution2008

    • 著者名/発表者名
      Taro Umezaki, et. al.
    • 雑誌名

      Proteins (in press)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the Denatured Structure of Pyrrolidone Carboxyl Peptidase from a Hyperthermophile under Non-denaturing Conditions: Role of the C-terminal α-helix of the Protein in Folding and Stability.2007

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Iimura, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 3664-3672

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the Denatured Structure of Pyrrolidone Carboxyl Peptidase from a Hyperthermophile under Non-denaturing Conditions : Role of the C-terminal α-helix of the Protein in Folding and Stability.2007

    • 著者名/発表者名
      Iimura, S. et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46(In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of alanyl-tKNA synthetase editing domain homolog (PH0574) from a hyperthermophile, Pyrococcus horikoshii OT3 at 1.45 A resolution.2006

    • 著者名/発表者名
      Ishijima, J. et al.
    • 雑誌名

      Proteins 62

      ページ: 1133-1137

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Completely-buried, non-ion-paired glutamic acid contributes favorably to the conformational stability of pyrrolidone carboxyl peptidases from hyperthermophiles.2006

    • 著者名/発表者名
      Kaushik, J. et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 7100-7112

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Hyper-thermostability of CutA1 protein, with a denaturation temperature of nearly 150℃2006

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, T. et al.
    • 雑誌名

      FEBS Letters 580

      ページ: 4224-4230

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 約150℃まで熱安定な超好熱菌由来のタンパク質2006

    • 著者名/発表者名
      澤野雅英, 油谷克英
    • 雑誌名

      Bionics[バイオニクス] No. 24

      ページ: 68-69

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Structural fluctuations in the folded structure of PCP-OSH at the initialstaee of unfolding2007

    • 著者名/発表者名
      Taro Umezaki, et. al.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-22
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] 生物物理学ハンドブック2007

    • 著者名/発表者名
      油谷克英 (分担)
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2018-03-28  

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