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開口放出で働く繋留因子Exocyst複合体の立体構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 18054009
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学 (2007)
東京工業大学 (2006)

研究代表者

深井 周也  東京大学, 放射光連携研究機構, 准教授 (10361792)

研究分担者 堀内 久徳  京都大学, 大学院・医学研究科, 講師 (90291426)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
6,300千円 (直接経費: 6,300千円)
2007年度: 3,200千円 (直接経費: 3,200千円)
2006年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
キーワードX線結晶構造解析 / 電子顕微鏡 / 超分子複合体 / 小胞輸送 / 低分子量GTPase / 開口放出 / 膜融合
研究概要

生体試料から調製したExocyst複合体やサブ複合体はサブユニット構成が不明であり、現段階では単粒子解析による立体像の決定は難しい。しかし、組み換えタンパク質を用いて再構成した複合体の像との比較によって、生体試料から得られた像の解釈が可能になると考えられる。バキュロウイルスの発現系を用いて複合体の再構成を行うべく、組み換えベクターの構築を進めた。今年度は、ラットの4つのサブユニット、ショウジョウバエの7つのサブユニットをバクミド組換え用のベクターに組込み終えた。Exocystの構造解析を進めると共に、研究分担者の京大医・堀内久徳講師との共同研究によりExocyst複合体とRalとの相互作用が血小板の顆粒放出を制御していることを新たに示した。また、Ralの新規結合タンパク質の同定・解析も進めた。出芽酵母のExocyst複合体は、Sec15pサブユニットを介して、酵母のRab GTPase Sec4pとその活性化タンパク質であるグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)Sec2pと相互作用する。我々は、まず、Sec2pのGEFドメインの結晶構造を3.0Å分解能で決定し、GEF反応が180Åの長さの単純なコイルドコイル構造によって行われることを明らかにした。さらに、欠失変異体や点変異体を使った結合アッセイおよびGEFアッセイにより、Sec4p結合サイトと結合に必要なアミノ酸残基を特定した。GEFドメイン単独の結晶構造と生化学的解析の結果に基づいて発現系を設計し、Sec2pのGEFドメインとSec4pの複合体の結晶構造を2.7Å分解能で決定し、ヌクレオチドの解離を促進させるSec4pのスイッチ領域の大きな構造変化が複合体形成によって引き起こされる仕組みを原子分解能レベルで明らかにした。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (13件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Biochemical characterization of the Rho GTPase-regulated actin assembly by diaphanous-related formins, mDia1 and Daam1, in platelets2008

    • 著者名/発表者名
      Higashi, T. Ikeda, T., Shirakawa, R., Kondo, H., Kawato, M., Horiguchi, M. Okuda, T., Okawa, K., Fukai, S., Nureki, O., Kita, T., Horiuchi, H.
    • 雑誌名

      The Journal of Biological Chemistry 283

      ページ: 8746-8755

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Regulation of platelet dense granule secretion by the Ral GTPase-Exocyst pathway2008

    • 著者名/発表者名
      Kawato, M., Shirakawa, R., Kondo, H., Higashi, T., lkeda, T., Okawa, K., Fukai, S., Kita, T., Horiuchi, H.
    • 雑誌名

      The Journal of Biological Chemistry 283

      ページ: 166-174

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of human DAAM1 formin homology 2 domain2007

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, M., Higashi, T., Suetsugu, S., Sato, Y., Ikeda, T., Shirakawa, R., Kita, T., Takenawa, T., Horiuchi, H., Fukai, S., Nureki, O.
    • 雑誌名

      Genes to Cells 12

      ページ: 1255-1265

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of the Sec2p-Sec4p complex in the intermediate state of the nucleotide exchange reaction2007

    • 著者名/発表者名
      Sato, Y., Fukai, S., Ishitani, R., Nureki, O.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 104

      ページ: 8305-8310

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and crystallographic analysis of yeast Sec2p, aguanine nucleotide-exchange factor for the yeast Rab GTPase Sec4p2007

    • 著者名/発表者名
      Sato, Y., Fukai, S., Nureki, O.
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica F 63

      ページ: 616-619

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] tructural basis for sulfur relay to RNA mediated by heterohexameric TusBCD complex2006

    • 著者名/発表者名
      T.Numata, S.Fukai, Y.Ikeuchi, T.Suzuki, O.Nureki
    • 雑誌名

      Structure 14

      ページ: 357-366

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of the tRNA thiolation enzyme MnmA from Escherichia coli complexed with tRNA^<Glu>2006

    • 著者名/発表者名
      T.Numata, Y.Ikeuchi, S.Fukai, H.Adachi, H.Matsumura, K.Takano, S.Murakami, T.Inoue, Y.Mori, T.Sasaki, T.Suzuki, O.Nureki
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica F 62

      ページ: 368-371

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thermophilus2006

    • 著者名/発表者名
      T.Tsukazaki, H.Mori, S.Fukai, T.Numata, A.Perederina, H.Adachi, H.Matsumura, K.Takano, S.Murakami, T.Inoue, Y.Mori, T.Sasaki, D.G.Vassylyev, O.Nureki, K.Ito
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica F 62

      ページ: 376-380

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural basis of RNA-dependent recruitment of glutamine to the genetic code2006

    • 著者名/発表者名
      H.Oshikane, K.Sheppard, S.Fukai, Y.Nakamura, R.Ishitani, T.Numata, R.L.Sherrer, L.Feng, E.Schmitt, M.Panvert, S.Blanquet, Y.Mechulam, D.Soll, O.Nureki
    • 雑誌名

      Science 3122

      ページ: 1950-1954

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate2006

    • 著者名/発表者名
      T.Numata, Y.Ikeuchi, S.Fukai, T.Suzuki, O.Nureki
    • 雑誌名

      Nature 442

      ページ: 419-424

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA-addition2006

    • 著者名/発表者名
      K.Tomita, R.Ishitani, S.Fukai, O.Nureki
    • 雑誌名

      Nature 443

      ページ: 956-960

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and its complex with an aminoacyl-tRNA analog2006

    • 著者名/発表者名
      K.Suto, Y.Shimizu, K.Watanabe, T.Ueda, S.Fukai, O.Nureki, K.Tomita
    • 雑誌名

      EMBO Journal 25

      ページ: 5942-5950

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Asymmetric coiled-coil structure with guanine nucleotide exchange activity2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Sato, R.Shirakawa, H.Horiuchi, N.Dohmae, S.Fukai, O.Nureki
    • 雑誌名

      Structure 15

      ページ: 245-252

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] 開口放出を制御するRabGTPase Sec4p活性化の構造的基盤2007

    • 著者名/発表者名
      深井 周也
    • 学会等名
      BMB2007
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Rhoによって制御される細胞質中のForminタンパク質によるアクチン重合2007

    • 著者名/発表者名
      東 智仁
    • 学会等名
      BMB2007
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] RalGAPの同定2007

    • 著者名/発表者名
      白川 龍太郎
    • 学会等名
      BMB2007
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2018-03-28  

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