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立体構造を基にしたヒストン修飾酵素の認識機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18055027
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関横浜市立大学

研究代表者

清水 敏之  横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
7,100千円 (直接経費: 7,100千円)
2007年度: 3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2006年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
キーワードPAD4 / アルギニン / シトルリン / ヒストン / βターン
研究概要

PADは,Ca2+依存的にタンパク質中のアルギニン残基を脱イミノ化(シトルリン化)して,シトルリン残基を産出する反応を触媒するタンパク質修飾酵素である。ヒトでは5種類存在するが,その中の一つヒトPADタイプ4(PAD4)は,663アミノ酸残基からなり核内に優先的に局在する。PAD4はヒストン修飾による遺伝子発現の制御,慢性関節リウマチの発症と関連していることが示唆されている。PADは未修飾のアルギニン以外にもモノメチル化アルギニンの脱イミノ化が可能であることが示唆されている。メチル化アルギニンにはモノメチルアルギニン及びベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンなどのメチル化誘導体が存在する。そこで,PAD4がどのメチル化アルギニンを認識するかを明らかにするために,ベンゾイルリグシルモノメチルアルギニン及びベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンとPAD4との複合体結晶を浸漬法で調製してX線結晶構造解析を行を行なった。その結果,ベンゾイルグリシルモノメチルアルギニン電子密度は明瞭に確認できたが,ベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンの電子密度は確認できなかった。以上の結果から,PAD4はモノメチル化アルギニンは認識するが,(非対称&対称)ジメチル化されたアルギニンは認識しないことが明らかとなった。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2007 2006 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structural basis for substrate recognition and dissociation by human transporin 12007

    • 著者名/発表者名
      Imasaki, et. al.
    • 雑誌名

      Molecular Cell 27

      ページ: 57-67

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural and Biochemical Characterization of a Cyanobacterium Circadian Clock-modifier Protein2007

    • 著者名/発表者名
      Imasaki, et. al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem 282

      ページ: 1128-1135

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 創薬を指向した関節リウマチ関連遺伝子PAD4の構造科学研究2007

    • 著者名/発表者名
      清水
    • 雑誌名

      Pharma VISION NEWS 9

      ページ: 21-23

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] X線結晶構造解析?タンパク質の結晶構造解析?2007

    • 著者名/発表者名
      清水
    • 雑誌名

      実験医学(生命科学のための機器分析実験ハンドブック)

      ページ: 198-202

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural basis for histone N-terminal recognition by human peptidylarginine deiminase 42006

    • 著者名/発表者名
      Arita et al.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci., USA 103

      ページ: 5291-5291

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A pentatricopeptide repeat protein is a site-recognition factor in chloroplast RNA editing2006

    • 著者名/発表者名
      Okuda et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 281

      ページ: 37661-37661

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] The common phospholipid binding activity of the N-terminal domains of PEX1 and VCP/p972006

    • 著者名/発表者名
      Shiozawa et al.
    • 雑誌名

      FEBS J. 273

      ページ: 4959-4959

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of transportin 1 in complex with nucleocytoplasmic shuttling and nuclear localization fragments2006

    • 著者名/発表者名
      Imasaki et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F62

      ページ: 785-785

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナ由来AtCBL2とAtCIPK14の複合体構造2007

    • 著者名/発表者名
      清水, et. al.
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] The crystal structure of N-terminal domain of plant NADPH oxidase2007

    • 著者名/発表者名
      Oda, et. al.
    • 学会等名
      The 8th Conference of the Aisian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Howard International House(Taipei)
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Pierisin-1の触媒ドメインのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      平林, et. al.
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] TLSポリメラーゼSPCNAの相互作用に関する構造生物学研究2007

    • 著者名/発表者名
      菱木, et. al.
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal/index.html

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2006-04-01   更新日: 2018-03-28  

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