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分子集団系の自由エネルギー理論計算

研究課題

研究課題/領域番号 18066020
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関名古屋大学 (2008-2009)
分子科学研究所 (2006-2007)

研究代表者

岡崎 進  名古屋大学, 大学院・工学研究科, 教授 (70194339)

研究分担者 山田 篤志  名古屋大学, 大学院・工学研究科, 助教 (10390676)
三浦 伸一  分子科学研究所, 計算分子科学研究系, 助手 (10282865)
研究期間 (年度) 2006 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
16,600千円 (直接経費: 16,600千円)
2009年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
2008年度: 5,100千円 (直接経費: 5,100千円)
2007年度: 5,100千円 (直接経費: 5,100千円)
2006年度: 3,700千円 (直接経費: 3,700千円)
キーワード分子動力学 / 化学反応 / 溶液・コロイド / 理論化学 / 分子動力学法 / 自由エネルギー / 量子ダイナミクス / ミセル / プロトン移動 / (D)分子動力学 / (E)化学反応 / (H)溶液・コロイド / (P)理論化学 / 熱力学積分法 / 球状ミセル / 可溶化反応 / 量子古典混合系近似 / 量子効果 / プロトン移動反応 / マイクロエマルジョン / 付加反応
研究概要

物質は多数の分子が集まってできており、これらの分子の集団は化学反応を引き起こす。本研究では化学反応の分子レベルからの微視的な振る舞いを明らかにする目的で、計算機シミュレーションを用いることにより(1) 可溶化反応(石鹸により汚れ分子を取り除く現象に代表され、分子レベルでは球状のミセルの中心に油などの分子が取り込まれる反応)および(2) プロトン移動反応(水素原子の原子核が移動する基本的な反応の一つ)を検討した。

報告書

(6件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2010 2009 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (13件) (うち査読あり 12件) 学会発表 (21件)

  • [雑誌論文] A quantum equation of motion for chemical reaction systems on an adiabatic double-well potential surface in solution based on the framework of mixed quantum-classical molecular dynamics2008

    • 著者名/発表者名
      A. Yamada, S. Okazaki
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys. 128

    • NAID

      120005510925

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A quantum equation of motion for chemical reaction systems on an adiabatic double-well potential surface in solution based on the framework of mixed quantum-classical molecular dynamics2008

    • 著者名/発表者名
      A.Yamada and S.Okazaki
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 128

    • NAID

      120005510925

    • 関連する報告書
      2008 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and thermal fluctuation of one-dimensional AgO chains on Ag (110) surfaces studied with density functional theory and Monte Carlo simulations2008

    • 著者名/発表者名
      I. Nakai, Y. Matsumoto, N. Takagi and S. Okazaki
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys 129

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum Equation of Motion for Chemical Reaction Systems on an Adiabatic Double-well Potential Surface in Solution based on the Framework of Mixed Quantum-Classical Molecular Dynamics2008

    • 著者名/発表者名
      A. Yamada and S. Okazaki
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys. 128

      ページ: 0445071-8

    • NAID

      120005510925

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free energy of water permeation into hydrophobic core of sodium dodecyl sulfate micelle by molecular dynamics calculation2007

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii, S. Okazaki
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys. 126

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electrostatic potential gap at the interface between triethylamine and water phases studied by molecular dynamics simulation2007

    • 著者名/発表者名
      S. Kajimoto, N. Yoshii, J. Hobley, H. Fukumura, S. Okazaki
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 448

      ページ: 70-74

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A molecular dynamics study of structure and dynamics of surfactant molecules in SDS spherical micelle2007

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii, S. Okazaki
    • 雑誌名

      Condens. Matt. Phys. 4

      ページ: 573-578

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free energy of water permeation into hydrophobic core of sodium dodecyl sulfate micelle by molecular dynamics calculation2007

    • 著者名/発表者名
      N.Yoshii and S.Okazaki
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 126

    • 関連する報告書
      2008 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electrostatic potential gap at the interface between triethylamine and water phases studied by molecular dynamics simulation2007

    • 著者名/発表者名
      S.Kajimoto, N.Yoshii, J.Hobley, H.Fukumura, and S.Okazaki
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 448

      ページ: 70-74

    • 関連する報告書
      2008 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A molecular dynamics study of structure and dynamics of surfactant molecules in SDS spherical micelle2007

    • 著者名/発表者名
      N.Yoshii and S.Okazaki
    • 雑誌名

      Condens.Matt.Phys. 4

      ページ: 573-578

    • 関連する報告書
      2008 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electrostatic potential gap at the interface between triethyla mine and water phases studied by molecular dynamics simulation2007

    • 著者名/発表者名
      S. Kajimoto, N. Yoshii, J. Hobley, H. Fukumura and S. Okazaki
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 448

      ページ: 70-74

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A molecular dynamics study of structure and dynamics of surfactant molecules in SDS spherical micelle2007

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii and S. Okazaki
    • 雑誌名

      Condens. Matt. Phys. 10

      ページ: 573-578

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free energy of water permeation into hydrophobic core of sodium dodecyl sulfate micelle by molecular dynamics calculation2007

    • 著者名/発表者名
      N.Yoshii, S.Okazaki
    • 雑誌名

      J Chem. Phys. 126

      ページ: 0961011-3

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Dynamics Calculation for Biomembrane2010

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki
    • 学会等名
      Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
    • 発表場所
      Nagoya
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Mixed Quantum-Classical Molecular Dynamics Simulation of Intramolecular One-Dimensional Proton Transfer Reaction in Solution2010

    • 著者名/発表者名
      A. Yamada, S. Okazaki
    • 学会等名
      International Symposium on Molecular Theory for Real Systems
    • 発表場所
      Kyoto
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of lipid bilayer modeling plasma membrane of normal/leukemic lymphocytes2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Andoh, S. Okazaki
    • 学会等名
      FOMMS 2009
    • 発表場所
      Blaine, USA
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Free energy based molecular dynamics study of a spherical micelle - structural stability and solubilization by it2009

    • 著者名/発表者名
      K. Fujimoto, M. Kitabata, N. Yoshii, S. Okazaki
    • 学会等名
      FOMMS 2009
    • 発表場所
      Blaine, USA
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 溶液中の分子内プロトン移動反応に対する量子古典混合系分子動力学シミュレーション2009

    • 著者名/発表者名
      山田篤志、岡崎進
    • 学会等名
      第32回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      新潟コンベンションセンター
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 極性分子のSDSミセルへの可溶化自由エネルギー計算2009

    • 著者名/発表者名
      藤本和士、吉井範行、岡崎進
    • 学会等名
      第23回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      名古屋市中小企業振興会館
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Mixed Quantum-Classical Molecular Dynamics Simulation of Intramolecular Proton Transfer Reaction in Solution : One-Dimensional Quantization Model Study2009

    • 著者名/発表者名
      A.Yamada, S.Okazaki
    • 学会等名
      The 69th Okazaki Conference on "New Frontier in Quantum Chemical Dynamics"
    • 発表場所
      Okazaki Conference Center
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Dynamics Calculation for Biomembrane2009

    • 著者名/発表者名
      Susumu Okazaki
    • 学会等名
      Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
    • 発表場所
      Nagoya University
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] A Mixed Quantum-Classical Molecular Dynamics Approach to Proton Transfer Reaction of a Solute Molecule in Solution2008

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki, A. Yamada
    • 学会等名
      15th International Conference on the Properties of Water and Steam (ICPWS)
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 自己評価報告書
  • [学会発表] A Molecular Dynamics Study of Stability of SDS Micelle in Water and Solubilization of Solute Molecule by It2008

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki, N. Yoshii, K. Fujimoto
    • 学会等名
      EMLG/JMLG Annual Meeting 2008
    • 発表場所
      Lisbon, Portugal
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 自己評価報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of micelle formation in water and solubilization of solute molecules by it2008

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki
    • 学会等名
      International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials (MSBSM2008)
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 自己評価報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of micelle formation in water and solubilization of solute molecules by it2008

    • 著者名/発表者名
      Susumu Okazaki
    • 学会等名
      International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials (MSBSM 2008)
    • 発表場所
      Akihabara Convention Hall
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Molecular Dynamics Study of Stability of SDS Micelle in Water and Solubilization of Solute Molecule by2008

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki, N. Yoshii, K. Fujimoto
    • 学会等名
      EMLG/JMLG Annual Meeting 2008
    • 発表場所
      Fundacao Calouste Gulbenkian, Lisbon
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Mixed Quantum-Classical Molecular Dynamics Approach to Proton Transfer Reaction of a Solute Molecule in Solution2008

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki, A. Yamada
    • 学会等名
      15 th International Conference on the Properties of Water and Steam (ICPWS)
    • 発表場所
      Radisson SAS Hotel, Berlin
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] ミセルの構造安定性と可溶化の分子動力学シミュレーション-自由エネルギー計算の立場から2008

    • 著者名/発表者名
      藤太和士、吉井範行、岡崎進
    • 学会等名
      第22回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Molecular Dynamics Study of Free Energy of Micelle Formation in Water2007

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii, S. Okazaki
    • 学会等名
      62nd Calorimetry Conference held jointly with The Japan Society of Calorimetry and Thermal Analysis(Calcon 2007)
    • 発表場所
      Hawaii
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 自己評価報告書
  • [学会発表] A Molecular Dynamics Study of Free Energy of Micelle Formation in Water2007

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii and S. Okazaki
    • 学会等名
      62nd Calorimetry Conference held jointly with The Japan Society of Calorimetry and Thermal Analysis
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] A quantum dynamics simulation for proton transfer reaction in solution based upon a diabatic surface hopping method2006

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki, A. Yamada
    • 学会等名
      12th International Conference on Retinal Proteins (ICRP) Satelite Meeting in Nagoya "Structure, Function & Evolution of Rhodopsins: Meachanisms of Proton Transfer and Color Tuning"
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2006-06-12
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A Quantum Molecular Dynamics Study of Energy Relaxation and Decoherence of Solute Vibration in Solution2006

    • 著者名/発表者名
      S. Okazaki
    • 学会等名
      20th International Conference on Raman Spectroscopy(ICORS 2006)
    • 発表場所
      Yokohama
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 自己評価報告書
  • [学会発表] A Molecular Dynamics Study of the Free Energy of Micelle Formation for SDS in Water and its Size Distribution2006

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii, S. Okazaki
    • 学会等名
      16th Symposium on Thermophysical Properties
    • 発表場所
      Boulder, USA
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 自己評価報告書
  • [学会発表] A quantum dynamics simulation for proton transfer reaction in solution based upon a diabatic surface hopping method2006

    • 著者名/発表者名
      S.Okazaki and A.Yamada
    • 学会等名
      12th International Conference on Retinal Proteins (ICRP) Satelite Meeting in Nagoya "Structure, Function & Evolution of Rhodopsins : Meachanisms of Proton Transfer and Color Tuning"
    • 発表場所
      Nagoya
    • 関連する報告書
      2008 自己評価報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2018-03-28  

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