ダイズ形質遺伝子座領域の物理地図作製と塩基配列解析

• 研究課題/領域番号: 18208001
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 育種学
• 研究機関: 独立行政法人農業生物資源研究所 (2007-2009); 千葉大学 (2006)
• 研究代表者: 原田 久也 独立行政法人農業生物資源研究所, ダイズゲノム研究チーム, チーム長 (70011913)
• 研究分担者: 佐藤 修正 , かずさDNA研究所 植物遺伝子研究部, 主任研究員 (70370921) ; 夏 正俊 千葉大学, 園芸学部, 特任教員 (50422217)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 46,540千円 (直接経費: 35,800千円、間接経費: 10,740千円); 2009年度: 10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円); 2008年度: 11,050千円 (直接経費: 8,500千円、間接経費: 2,550千円); 2007年度: 11,050千円 (直接経費: 8,500千円、間接経費: 2,550千円); 2006年度: 13,780千円 (直接経費: 10,600千円、間接経費: 3,180千円)
• キーワード: ダイズ / 遺伝子座 / QTL解析 / BACクローン / コンティグ / ホモロジー検索 / 遺伝子予測 / マイクロシンテニー / 植物育種・遺伝 / 植物ゲノム

研究概要

本研究ではダイズの重要な形質遺伝子が存在する領域の遺伝子予測をおこなうことを目的とした。根粒着生制御遺伝子Nts1とその同祖遺伝子GmCLV1A、Nodファクター受容体遺伝子のオーソログGmNFR1、開花期関連遺伝子座FT1、FT2、FT3、花成制御遺伝子FTのホモログGmFTs、フィトクロームA遺伝子のホモログGmphyA1、GmphyA2、7Sグロブリン欠失性遺伝子座Scg-1については、その領域に存在する遺伝子を予測することが出来た。FT1、FT2、FT3、Scg-1、伸育性遺伝子座Dt1についてはそれらの責任遺伝子を同定した。

研究成果

• [雑誌論文] The soybean stem growth habit gene Dt1 is an ortholog of Arabidopsis TERMINAL FLOWER1. (2010)
  • 著者名/発表者名: Baohui Liu, Satoshi Watanabe, Tomoo Uchiyama, Fanjiang Kong, Akira Kanazawa, Zhengjun Xia, Atsushi Nagamatsu, Maiko Arai, Tetsuya Yamada, Keisuke Kitamura, Chikara Masuta, Kyuya Harada, Jun Abe
  • 雑誌名: Plant Physiology 153 ページ: 198-210
  • 査読あり
• [雑誌論文] Map-based cloning of the gene associated with the soybean maturity locus E3. (2009)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Watanabe, Rumiko Hideshima, Zhengjun Xia, Yasutaka Tsubokura, Shusei Sato, Yumi Nakamoto, Naoki Yamanaka, Ryoji Takahashi, Masao Ishimoto, Toyoaki Anai, Satoshi Tabata, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Genetics 182 ページ: 1251-1262
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic mapping of Cgdef gene controlling accumulation of 7S globulin (β-conglycinin) subunits in soybean seeds. (2009)
  • 著者名/発表者名: Masaki Hayashi, Keisuke Kitamura, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Journal of Heredity 100 ページ: 802-806
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-density integrated linkage map based on SSR markers in soybean. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tae-Young Hwang, Takashi Sayama, Masakazu Takahashi, Yoshitake Takada, Yumi Nakamoto, Hideyuki Funatsuki, Hiroshi Hisano, Shigemi Sasamoto, Shusei Sato, Satoshi Tabata, Izumi Kono, Masako Hoshi, Masayoshi Hanawa, Chizuru Yano, Zhengjun Xia, Kyuya Harada, Keisuke Kitamura, Masao Ishimoto
  • 雑誌名: DNA Research 16 ページ: 213-225
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel manual pooling system for preparing three-dimensional pools of a deep coverage soybean bacterial artificial chromosome library. (2009)
  • 著者名/発表者名: Zhengjun Xia, Satoshi Watanabe, Qingshan Chen, Shusei Sato, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 9 ページ: 516-524
  • 査読あり
• [雑誌論文] Map-based cloning of the gene associated with the soybean maturity locus E3. (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, S., et al.
  • 雑誌名: Genetics 182 ページ: 1251-1262
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel manual pooling system for preparing three-dimensional pools of a deep coverage soybean bacterial artificial chromosome library. (2009)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z., et al.
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 9 ページ: 516-524
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel manual pooling system for preparing three-dimensional pools of a deep coverage soybean bacterial artificial chromosome library (2009)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z., et al.
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 9 ページ: 516-524
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic redundancy in soybean photoresponces associated with duplication of the phytochrome A gene. (2008)
  • 著者名/発表者名: Baohui Liu, Akira Kanazawa, Hisakazu Matsumura, Ryoji Takahashi, Kyuya Harada, Jun Abe
  • 雑誌名: Genetics 180 ページ: 995-1007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of soybean genome based on synteny analysis with Lotus japonicas. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasutaka Tsubokura, Ryutaku Onda, Shusei Sato, Zhengjun Xia, Masaki Hyashi, Yukie Fukushima, Satoshi Tabata, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Breeding Science 58 ページ: 157-167
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequencing and analysis of approximately 40000 soybean cDNA clones from a full-length-enriched cDNA library. (2008)
  • 著者名/発表者名: Taishi Umezawa, Kyuya Harada (19番目), Shusei Sato (22番目), Kazuo Shinozaki(全32名)
  • 雑誌名: DNA Research 15 ページ: 333-346
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel manual pooling system for preparing three-dimensional pools of a deep coverage soybean bacterial artificial library (2008)
  • 著者名/発表者名: Z. Xia, S. Watanabe, Q. Chen, S. Sato, K.Harada
  • 雑誌名: Molecular Ecology Resources 9 ページ: 516-524
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the soybean genome using EST-derived microsatellite markers. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Hisano, Shusei Sato, Sachiko Isobe, Shigemi Sakamoto, Tsuyuko Wada, Ai Matsuno, Tsunakazu Fujishiro, Manabu Yamada, Shinobu Nakayama, Yasukazu Nakamura, Satoshi Watanabe, Kyuya Harada, Satoshi Tabata
  • 雑誌名: DNA Resaerch 14 ページ: 271-281
  • 査読あり
• [雑誌論文] An integrated high-density linkage map of soybean with RFLP, SSR, STS, and AFLP markers using a single F2 population. (2007)
  • 著者名/発表者名: Zhengjun Xia, Yasutake Tsubokura, Masako Hoshi, Masayoshi Hanawa, Chizuru Yano, Kayo Okamura, Tallat A. Ahmed, Toyoaki Anai, Satoshi Watanabe, Masaki Hayashi, Takashi Kawai, Khwaja G. Hossain, Hirokazu Masaki, Kazumi Asai, Naoki Yamanaka, Nakao Kubo, Koh-ichi Kadowaki, Yoshiaki Nagamura, Masahiro Yano, Takuji Sasaki, Kyuya Harada
  • 雑誌名: DNA Research 14 ページ: 257-269
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the soybean genome using EST-derived microsatellite markers (2007)
  • 著者名/発表者名: H. Hisano, S. Sato, S. Isobe, S. Sasamoto, T. Wada, A. Matsuno, T. Fujishiro, M. Yamada, S. Nakayama, Y. Nakamura, S. Watanabe, K. Harada, S. Tabata
  • 雑誌名: DNA Research 14 ページ: 271-281
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of soybean genome using EST-derived microsatellite markers. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hisano, H., et. al.
  • 雑誌名: DNA Research 14 ページ: 271-281
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular markers associated with β-conglycinin deficiency in soybean. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yasutake Tsubokura, Makita Hajika, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Breeding Science 56 ページ: 113-117
  • NAID: 110004737687
  • 査読あり
• [雑誌論文] QTL analysis of resistance to soybean cyst nematode race 3 in soybean cultivar Toyomusume. (2006)
  • 著者名/発表者名: Shameema Akhter Ferdous, Satoshi Watanabe, Chika Suzuki-Orihara, Yoshinori Tanaka, Motokazu Kamaiya, Naoki Yamanaka, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Breeding Science 56 ページ: 155-163
  • NAID: 110004737693
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular characterization of a β-conglycinin deficient soybean. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yasutaka Tsubokura, Makita Hajika, Kyuya Harada
  • 雑誌名: Euphytica 150 ページ: 249-255
  • 査読あり
• [雑誌論文] QTL analysis of flooding tolerance in soybean at early vegetative growth stage. (2006)
  • 著者名/発表者名: S.M. Githiri, S. Watanabe, K. Harada, R. Takahashi
  • 雑誌名: Plant Breeding 125 ページ: 613-618
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular characterization of a β-conglycinin deficient soybean (2006)
  • 著者名/発表者名: Y. Tsubokura, M. Hajika, K. Harada
  • 雑誌名: Euphytica 150 ページ: 249-255
  • 査読あり
• [雑誌論文] QTL analysis of resistance to soybean cyst nematode race 3 in soybean cultivar Toyomusume (2006)
  • 著者名/発表者名: S.A. Ferdous, S. Watanabe, C. Suzuki-Orihara, Y. Tanaka, M. Kamiya, N. Yamanaka, K.H arada
  • 雑誌名: Breeding Science 56 ページ: 155-163
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular markers associated with β-conglycinin deficiency in soybean (2006)
  • 著者名/発表者名: Y. Tsubokura, M. Hajika, K. Harada
  • 雑誌名: Breeding Science 56 ページ: 113-117
  • NAID: 110004737687
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular markers associated with β-conglycinin deficiency in soybean (2006)
  • 著者名/発表者名: Y.Tsubokura et al.
  • 雑誌名: Breeding Science 56・2 ページ: 113-117
• [雑誌論文] QTL analysis of resistance to soybean cyst nematode race 3 in soybean cultivar Toyomusume. (2006)
  • 著者名/発表者名: S.A.Ferdous et al.
  • 雑誌名: Breeding Science 56・2 ページ: 155-163
• [雑誌論文] Molecular characterization of a β-conglycinin deficient soybean. (2006)
  • 著者名/発表者名: Y.Tsubokura et al.
  • 雑誌名: Euphytica 150 ページ: 249-255
• [雑誌論文] QTL analysis of flooding tolerance in soybean at an early vegetative growth stage. (2006)
  • 著者名/発表者名: S.M.Githiri et al.
  • 雑誌名: Plant Breeding 125 ページ: 613-618
• [学会発表] ダイズ開花期関連遺伝子座FT3のマップベースクローニング (2009)
  • 著者名/発表者名: 渡辺啓史・秀島瑠璃子・夏正俊・坪倉康隆・佐藤修正・山中直樹・石本政男・田畑哲之・穴井豊昭・原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会第114回講演会
  • 発表場所: 滋賀県立大学
  • 年月日: 2009-10-12
• [学会発表] ダイズ開花期関連遺伝子GmphyA3の多様性解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 坪倉康隆・渡辺啓史・金森裕之・山形晴美・秀島瑠美子・夏正俊・佐藤修正・中本有美・山中直樹・高橋良二・石本政男・穴井豊昭・田畑哲之・片寄裕一・原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会第116回講演会
  • 発表場所: 北海道大学農学部
  • 年月日: 2009-09-26
• [学会発表] ダイズ開花期関連遺伝子座FT2のマップベースクローニング (2009)
  • 著者名/発表者名: 渡辺啓史・夏正俊・坪倉康隆・佐藤修正・山中直樹・加賀秋人・片寄裕一・田畑哲之・穴井豊昭・原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会第116回講演会
  • 発表場所: 北海道大学農学部
  • 年月日: 2009-09-26
• [学会発表] Analysis of the variation of the responsible gene for the soybean maturity locus E3. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tsubokura, Y., S. Watanabe, H. Kanamori, H. Yamagata, R. Hideshima, Z.J. Xia, S. Sato, Y. Nakamoto, N. Yamanaka, R. Takahashi, M. Ishimoto, T. Anai, S. Tabata, Y. Katayose, K. Harada
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会議センター
  • 年月日: 2009-08-14
• [学会発表] Analysis of the variation of the responsible gene for the soybean maturity locus E3 (2009)
  • 著者名/発表者名: Tsubokura, Y., et al.
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会議センター
  • 年月日: 2009-08-14
• [学会発表] The effect and variation of the flowering time locus E4 in soybean. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tsubokura, Y., Z.J. Xia, Y. Tanaka, S. Watanabe, A. Kaga, H. Kanamori, Y. Katayose, K. Harada
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会議センター
  • 年月日: 2009-08-12
• [学会発表] Locus specific marker development and high efficient seed genotyping in soybean. (2009)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z., S. Watanabe, Y. Tsubokura, A. Kaga, K. Harada
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会議センター
  • 年月日: 2009-08-12
• [学会発表] Locus specific marker development and high efficient seed genotyping in soybean (2009)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z., et al.
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会センター
  • 年月日: 2009-08-12
• [学会発表] Genetic redundancy in soybean photoresponces associated with duplication of the phytochrome A gene (2009)
  • 著者名/発表者名: Liu, B.H., et al.
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会議センター
  • 年月日: 2009-08-12
• [学会発表] ダイズリソースの現状とその活用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会
  • 発表場所: つくば国際会議場
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] Molecular dissection of photoperiod sensitivity gene, e4, in Japanese soybean landraces. (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsumura, B., et al.
  • 学会等名: World Soybean Research Conference VIII
  • 発表場所: 北京国際会議センター
• [学会発表] ダイズにおけるPCRベースのDNAマーカー開発へ向けたPCR-RF-SSCP法の適用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 林正紀・原田久也
  • 学会等名: 日本DNA多型学会第17回学術集会
  • 発表場所: 日本大学会館
  • 年月日: 2008-11-20
• [学会発表] 7Sグロブリン欠失性遺伝子座領域の構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 坪倉康隆・羽鹿牧太・金森裕之・片寄裕一・原田久也
  • 学会等名: 第29回種子生理生化学研究会年会
  • 発表場所: マリンヒルホテル小樽
  • 年月日: 2008-10-23
• [学会発表] 7Sグロブリン欠失性遺伝子Scg-1座乗領域の構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 坪倉康隆・羽鹿牧太・金森裕之・片寄裕 一・原田久也
  • 学会等名: 種子生理生化学研究会
  • 発表場所: マリンヒルホテル小樽
  • 年月日: 2008-10-23
• [学会発表] ダイズの開花期関連遺伝子座FT3のマップベースクローニング (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡辺啓史・秀島瑠満子・夏 正俊・坪倉康隆・佐藤修正・山中直樹・石本政男・田畑哲之・穴井豊昭・原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会
  • 発表場所: 滋賀県立大学
  • 年月日: 2008-10-12
• [学会発表] ダイズ開花期関連遺伝子座FT3のマップベースクローニング (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡辺啓史, ら
  • 学会等名: 日本育種学会第114回講演会
  • 発表場所: 滋賀県立大学
  • 年月日: 2008-10-12
• [学会発表] ダイズにおけるゲノム解析基盤の構築とその育種的利用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会
  • 発表場所: 明治大学
  • 年月日: 2008-03-28
• [学会発表] Molecular characterization of theβ-conglycinin deficeient soybeans. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kyuya Harada, Masaki Hayashi, Yasutaka Tsubokura, Makita Hajika, Keisuke Kitamura
  • 学会等名: 4th Annual Soybean Biotechnology Symposium
  • 発表場所: Missouri USA
• [学会発表] Fine mapping toward positional cloning of the FT1 gene for soybean flowering time (2007)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z., S. Watanabe, K. Harada
  • 学会等名: 日本育種学会第112回講演会
  • 発表場所: 山形大学
  • 年月日: 2007-09-22
• [学会発表] ミヤコグサとのシンテニー解析によるダイズゲノムの特性解明 (2007)
  • 著者名/発表者名: 坪倉康隆・佐藤修正・恩田隆卓・夏正俊・林正紀・福島有紀恵・西岡美樹・田畑哲之・原田久也
  • 学会等名: 日本育種学会第112回講演会
  • 発表場所: 山形大学
  • 年月日: 2007-09-22
• [学会発表] Fine Mapping toward positional cloning of the FT1 gene for soybean flowering time (2007)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z, S. Watanabe, K. Harada
  • 学会等名: 日本育種学会
  • 発表場所: 山形大学
  • 年月日: 2007-09-22
• [学会発表] Fine mapping toward positional cloning of the FT1 gene for soybean flowering time. (2007)
  • 著者名/発表者名: Xia, Z., et. al.
  • 学会等名: 日本育種学会第112回講演会
  • 発表場所: 山形大学
  • 年月日: 2007-09-22
• [学会発表] 根粒非着生ダイズにおけるGmNFR1遺伝子の変異 (2007)
  • 著者名/発表者名: 林正紀・荒井三千代・梅原洋佐・夏正俊・赤尾勝一郎・坂本一憲・河内宏・原田久也
  • 学会等名: 第17回植物微生物研究会
  • 発表場所: 鹿児島大学稲盛会館
  • 年月日: 2007-09-19
• [学会発表] Toward the identification of responsible genes for trait loci in soybean (2006)
  • 著者名/発表者名: Harada, Kyuya
  • 学会等名: The Kazusa Conference on Legume Genetics and Genomics in Asia
  • 発表場所: かずさアカデミアホ
  • 年月日: 2006-11-27
• [学会発表] Development of molecular markers by PCR-RF-SSCP technique using full-length cDNA sequences in soybean (2006)
  • 著者名/発表者名: Masaki Hayashi, Yukie Fukushima, Talaat A.Ahmed, Yasutake Tsubokura, Ryutaku Onda, Satoshi Watanabe, Taishi Umezawa, Toyoaki Anai, Shusei Sato, Satoshi Tabata, Kazuo Shinozaki, Kyuya Harada
  • 学会等名: 3rd International Conference on Legume Genomics and Genetics
  • 発表場所: Brisbane Convention & Exhibition Center, Brisbane, Australia
• [学会発表] Fine mapping of FT3 locus for soybean flowering time. (2006)
  • 著者名/発表者名: Watanabe S., Zhengjun X., Yamanaka N., Sato S., Ishimoto M., Tabata S., Harada K.
  • 学会等名: 3rd International Conference on Legume Genomics and Genetics
  • 発表場所: Brisbane Convention & Exhibition Center, Brisbane, Australia
• [図書] 種子の科学とバイオテクノロジー (2009)
  • 著者名/発表者名: 種子生理生化学研究会(編)
  • 総ページ数: 396
  • 出版者: 学会出版センター
• [図書] 種子の科学とバイオテクノロジー (2009)
  • 著者名/発表者名: 相田光宏, 原田久也
  • 総ページ数: 379
  • 出版者: 学会出版センター
• [図書] 種子の科学とバイオテクノロジー (2009)
  • 著者名/発表者名: 相田光宏, 等著, 原田久也, 監修
  • 総ページ数: 379
  • 出版者: 学会出版センター