遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術

• 研究課題/領域番号: 18300097
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
• 研究分担者: 井元 清哉 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10345027) ; 長崎 正朗 東京大学, 医科学研究所, 助教 (90396862) ; 日紫喜 光良 東邦大学, 理学部, 准教授 (30324271) ; 山口 類 東京大学, 医科学研究所, 講師 (90380675) ; 吉田 亮 情報・システム研究機構, 統計数理研究所, 助教 (70401263) ; 土井 敦 東京大学, 医科学研究所, 特任助手
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 17,700千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 3,000千円); 2008年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2007年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円); 2006年度: 4,700千円 (直接経費: 4,700千円)
• キーワード: 遺伝子ネットワーク / システム生物学 / シミュレーション / 遺伝子発現マイクロアレイデータ / 創薬ターゲット遺伝子 / Fenofibrate / Gefitinib / 漢方薬 / マイクロアレイ / タンパク質相互作用 / 自己分泌パスウェイ

研究概要

遺伝子ノックダウンや薬剤応答などに基づいた遺伝子発現データから大規模遺伝子ネットワークを推定する方法と統計的解析とシミュレーションによる遺伝子ネットワークの解析方法を用いて, 遺伝子ネットワークに基づく, 創薬ターゲットパスウェイを探索するためのバイオインフォマティクス技術を開発した.この技術を使って, 薬剤Fenofibrate, Gefitinib 並びに漢方薬が影響を与えるパスウェイの解析を実現した.

研究成果

• [雑誌論文] Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks (2009)
  • 著者名/発表者名: Tamada, Y., Araki, H., Imoto, S., Nagasaki, M., Doi, A., Nakanishi, Y., Tomiyasu, Y., Yasuda, K., Dunmore, B., Sanders, D., Humphreys, S., Print, C., Charnock-Jones, D.S., Tashiro, K., Kuhara, S., Miyano, S.
  • 雑誌名: Pacific Symposium on Biocomputing 14 ページ: 251-263
  • 査読あり
• [雑誌論文] Orengedokuto and berberine improve indomethacin-induced small intestinal injury via adenosine (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe-Fukuda, Y., Yamamoto, M., Miura, N., Fukutake, M., Ishige, A., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Saito, A., Imoto, S., Miyano, S., Takeda, J., Watanabe, K.
  • 雑誌名: J.Gastroenterology 44(5) ページ: 380-389
  • NAID: 10025174631
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-esponse transcriptome networks (2009)
  • 著者名/発表者名: Tamada, Y., Araki, H., Imoto, S., Nagasaki, M., Doi, A., Nakanishi, Y. Tomiyasu, Y., Yasuda, K., Dunmore, B., Sanders, D., Humphreys, S., Print, C., Charnock-Jones, D. S., Tashiro, K., Kuhara, S., Miyano, S.
  • 雑誌名: Pacific Symposium on Biocomputing 14 ページ: 251-263
  • 査読あり
• [雑誌論文] Orengedokuto and berberine improve indomethacin-induced small intestinal injury via adenosine (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, Y., Yamamoto, M., Miura, N., Fukutake, M., Ishige, A., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Saito, A., Imoto, S., Miyano, S., Takeda, J., Watanabe, K.
  • 雑誌名: J. Gastroenterology (印刷中)
  • NAID: 10025174631
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene-L' EXPO : a tool to extract knowledge from transcriptomes and find' literature-sparse' relationships between genes and tissues (2008)
  • 著者名/発表者名: Hishiki, T., Tamada, I., Okubo, K.
  • 雑誌名: Proc. AMIA Annual Symposium 2008 ページ: 313-317
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predicting differences in gene regulatory systems by state space models (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, R., Imoto, S., Yamauchi, M., Nagasaki, M., Yoshida, R., Shimamura, T., Hatanaka, Y., Ueno, K., Higuchi, T., Gotoh, N., Miyano, S.
  • 雑誌名: Genome Informatics 21 ページ: 101-113
  • NAID: 130003997534
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene-L'EXPO: a Tool to Extract Knowledge From Transcriptomes and Find 'Literature-Sparse' Relationships Between Genes and Tissues (2008)
  • 著者名/発表者名: Hishiki, T., Tamada, I., Okubo, K.
  • 雑誌名: Proc. AMIA Annual Symposium 2008 ページ: 313-317
  • 査読あり
• [雑誌論文] Understanding endothelial cell apoptosis : What can the transcriptome glycome and proteome reveal (2007)
  • 著者名/発表者名: Affara, M., Dunmore, B., Savoie, C.J., Imoto, S., Tamada, Y., Araki, H., Charnock-Jones, D.S., Miyano, S., Print, C.
  • 雑誌名: Philosophical Transactions of Royal Society 362(1484) ページ: 1469-1487
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical absolute evaluation of gene ontology terms with gene expression data (2007)
  • 著者名/発表者名: Gupta, P.K., Yoshida, R., Imoto, S., Yamaguchi, R., Miyano, S.
  • 雑誌名: Lecture Notes in Bioinformatics 4463 ページ: 146-157
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of gene networks for drug target discovery and validation (2007)
  • 著者名/発表者名: Imoto, S., Tamada, Y., Savoie, C.J., Miyano, S.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 360 ページ: 33-56
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo-medicine treated mice (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, R., Yamamoto, M., Imoto, S., Nagasaki, M., Yoshida, R., Tsujii, K., Ishiga, A., Asou, H., Watanabe, K., Miyano, S.
  • 雑誌名: Genome Informatics 18 ページ: 119-129
  • NAID: 130003812136
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo-medicine treated mice (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, R., Yamamoto, M., Imoto, S., Nagasaki, M. Ybshida, R., Tsujii, K., Ishiga, A., Asou, H., Watanabe, K., Miano, S.
  • 雑誌名: Genome Informatics 18 ページ: 119-129
  • NAID: 130003812136
  • 査読あり
• [雑誌論文] Understanding endothelial cell apoptosis:What can the transcriptome glycome and proteome reveal? (2007)
  • 著者名/発表者名: Affara, M., Dunmore, B., Savoie, CJ., Imoto, S., Tamada, Y., Araki, H., Charnock-Jones, D.S., Miano, S., Print, C.
  • 雑誌名: Philosophical Transactions of Royal Society B 362(1484) ページ: 1469-1487
  • 査読あり
• [雑誌論文] Estimating gene networks from gene expression data utilizing biological information (2006)
  • 著者名/発表者名: Tamada, Y., Imoto, S., Miyano, S.
  • 雑誌名: Proceedings of The Institute of Statistical Mathematics 54(2) ページ: 333-356
  • 査読あり
• [雑誌論文] Utilizing heterogeneous genomic data to estimate gene networks (2006)
  • 著者名/発表者名: Tamada, Y., Imoto, S., Miyano, S.
  • 雑誌名: Proceedings of The Institute of Statistical Mathematics 54・2 ページ: 315-332
  • NAID: 120006019063
• [学会発表] Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks, The 14^<th> Pacific Symposium on Biocomputing (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮野悟
  • 学会等名: Fairmont Orchid
  • 発表場所: Big Island of Hawaii, USA
  • 年月日: 2009-01-06
• [学会発表] Predicting differences in gene regulatory systems by state space models, The 19^<th> International Conference on Genome Informatics (2008)
  • 著者名/発表者名: 宮野悟
  • 学会等名: Coast
  • 発表場所: Australia
  • 年月日: 2008-12-02
• [学会発表] Gene-L' EXPO : a Tool to Extract Knowledge From Transcriptomes and Find ' Literature-Sparse' Relationships Between Genes and Tissues (2008)
  • 著者名/発表者名: 日紫喜光良
  • 学会等名: AMIA Annual Symposium
  • 発表場所: Washington D.C., USA
  • 年月日: 2008-11-10
• [学会発表] Gene-L'EXPO: a Tool to Extract Knowledge From Transcriptomes and Find 'Literature-Sparse' Relationships Between Genes and Tissues (2008)
  • 著者名/発表者名: Hishiki, T.
  • 学会等名: AMIA Annual Symposium 2008
  • 発表場所: Washington D. C., USA
  • 年月日: 2008-11-10
• [学会発表] Computational Systems Biology 2007 (2007)
  • 著者名/発表者名: 宮野悟
  • 学会等名: INDY Bioinformatics Conference
  • 発表場所: Indiana University Medical School, Indianapolis, USA.
  • 年月日: 2007-06-01
• [学会発表] Computational Systems Biology (2007)
  • 著者名/発表者名: Miyano, S.
  • 学会等名: 2007INDY Bioinformatics Conference
  • 発表場所: Indiana University Medical School,Indianapolis,USA
  • 年月日: 2007-06-01
• [学会発表] Computational Challenges for Top-Down Modeling and Simulation of Biological Pathways (2006)
  • 著者名/発表者名: 宮野悟
  • 学会等名: The 3^<rd> International E. Coli Alliance Conference on Systems Biology(International Convention Center Jeju)
  • 発表場所: Republic of Korea
  • 年月日: 2006-11-01
• [学会発表] Computational Systems Biology and Its Applications to Drug Target Gene Discovery (2006)
  • 著者名/発表者名: 宮野悟
  • 学会等名: INTERNATIONAL CONGRESS OF IMMUNOGENOMICS AND IMMUNOMICS 2006(Budapest Congress & World Trade Center, Budapest)
  • 発表場所: Hungary
  • 年月日: 2006-10-11
• [学会発表] Gene Networks for Drug Target Pathway Discover (2006)
  • 著者名/発表者名: 宮野悟
  • 学会等名: The First Toxicomics Forum
  • 発表場所: 名古屋国際会議場 センチュリーホール
  • 年月日: 2006-07-05
• [備考] MetaGeneProfiler による解析サービスサイト
  • URL: http://metagp.ism.ac.jp/