• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

大規模代謝・遺伝子ネットワークのダイナミックシミュレーションとシステム解析

研究課題

研究課題/領域番号 18300098
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関九州工業大学

研究代表者

倉田 博之  九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 教授 (90251371)

研究分担者 清水 和幸  九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 教授 (00150318)
研究期間 (年度) 2006 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
17,910千円 (直接経費: 15,000千円、間接経費: 2,910千円)
2008年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2007年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2006年度: 5,300千円 (直接経費: 5,300千円)
キーワードシミュレーション工学 / 生体生命情報学 / ゲノム / 微生物 / ロバストネス / バイオインフォマティク / アンモニア同化 / シミュレーション / システムバイオロジ / ネットワーク / 大腸菌 / バイオインフォマティクス
研究概要

大腸菌アンモニア同化システムの動的モデルをシステム解析することにより環境中のアンモニア濃度の変化に対してシステムがヒステリシスを示すことを予測して, 生物実験を用いて証明した。ヒステリシスがポジティブフィードバック制御に起因することを、理論解析により明らかにした。また、システムのロバストネス解析によって, 窒素同化システムは、ロバストな部分とファインチューンの部分明確に分かれていることわかった.

報告書

(4件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2009 2008 2007 2006 その他

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (9件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] A gradual update method for simulating the steady-state solution of stiff differential equations in metabolic circuits2009

    • 著者名/発表者名
      Emi Shiraishi Kazuhiro Maeda Hiroyuki Kurata
    • 雑誌名

      Bioprocess Biosyst. Eng 32

      ページ: 283-288

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A gradual update method for simulating the steady-state solution of stiff differential equations in metabolic circuits2009

    • 著者名/発表者名
      Emi Shiraishi Kazuhiro Maed a Hiroyuki Kurata
    • 雑誌名

      Bioprocess Biosyst. Eng. 32

      ページ: 283-288

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Visualizing Global Properties of Large Complex Networks2008

    • 著者名/発表者名
      Li W., Kurata H.
    • 雑誌名

      PLoS ONE 3

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computer-aided rational design of the phosphotransferase system for enhanced glucose uptake in Escherichia coli2008

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Nishio, Yoshihiro Usuda, Kazuhiko Matsui, Hiroyuki Kurata
    • 雑誌名

      Molecular Systems Biology 4

      ページ: 160-160

    • NAID

      120006366982

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computer-aided rational design of the phosphotransferase system for enhanced glucose uptake in Escherichia coli2008

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Nishio, Yoshihiro U suda, Kazuhiko Matsui, Hiro yuki Kurata
    • 雑誌名

      Molecular Systems Biology 4

      ページ: 140-150

    • NAID

      120006366982

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extended CADLIVE : a novel graphical notation for designing a biochemical network map that enables computational pathway analysis2007

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata, Kentaro Inoue, Kazuhiro Maeda, Koichi Masaki, Yuki Shimokawa, Quanyu Zhao
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mathematical identification of critical reactions in the interlocked feedback model2007

    • 著者名/発表者名
      H. Kurata, T. Tanaka, F. Ohnishi
    • 雑誌名

      PLoS One 2

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A simple model of positive feedback of the nitrogen assimilation system in E. coli2007

    • 著者名/発表者名
      Kouichi Masaki, Hiroyuki Kurata
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Mathematical Modeling and Its Applications 48

      ページ: 104-109

    • NAID

      110006242974

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2006 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extended CADLIVE: a novel graphical notation for designing a biochemical network map that enables computational pathway analysis2007

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata, Kentaro Inoue, Kazuhiro Maeda, Koichi Masaki, Yuki Shimokawa, Quanyu Zhao
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 35

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mathematical identification of critical reactions in the interlocked feedback model2007

    • 著者名/発表者名
      H.Kurata, T.Tanaka, F.Ohnishi
    • 雑誌名

      PLoS One 2

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Module-Based Analysis of Robustness Tradeoffs in the Heat Shock Response System2006

    • 著者名/発表者名
      H. Kurata, H. El Samad, R. Iwasaki, H. Othake, J.C. Doyle, I. Grigorova, C. Gross, and M. Khammash
    • 雑誌名

      PLoS Computational Biology 2

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Effective and fast optimization for a dynamic model of the Drosophila circadian oscillator2006

    • 著者名/発表者名
      Shin Tanaka, Hiroyuki Kurata, Takeshi Ohashi
    • 雑誌名

      IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics(Taipei, Taiwan)

      ページ: 3596-3601

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Module-Based Analysis of Robustness Tradeoffs in the Heat Shock Response System2006

    • 著者名/発表者名
      H.Kurata, H.El Samad, R.Iwasaki, H.Othake, J.C.Doyle, I.Grigorova, C.Gross, M.Khammash
    • 雑誌名

      PLoS Computational Biology 2

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Effective and fast optimization for a dynamic model of the Drosophila circadian oscillator2006

    • 著者名/発表者名
      Shin Tanaka, Hiroyuki Kurata, akeshi Ohashi
    • 雑誌名

      IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics

      ページ: 3596-3601

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 大腸菌窒素同化システムのポジティブフィードバック制御シンプルモデル2006

    • 著者名/発表者名
      真崎浩一, 倉田博之
    • 雑誌名

      数理モデル化と問題解決研究報告 MPS-59

      ページ: 61-64

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Sensitivity analysis for the E. coli nitrogen assimilation system2006

    • 著者名/発表者名
      Koichi Masaki, Hiroyuki Kurata
    • 雑誌名

      The 16th International Conference on Genome Informatics 16

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Extended CADLIVE : Computer-aided rational design of living systems(S02-1-2)2008

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Inoue, Tetsuya Shimabara, Toshikazu Onaka, Erika Fujiura, Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      The proceedings of the 2th annual conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Searching multiple sets of kinetic parameters values reproducing target experimental data in dynamic biochemical models(S063-1-2)2008

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      The proceedings of the 2008th annual conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] CADLIVE : Computer aided design of biochemical systems(Oral Presentation)2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      Supplement of Journal of Biotechnology : 13 th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2008)
    • 発表場所
      Dailen, China
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of flux distribution of mutants by enzyme control fluxes with maximum entropy principal(Oral Presentation)2008

    • 著者名/発表者名
      Quanyu Zhao, Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      Supplement of Journal of Biotechnology : 13 th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2008)
    • 発表場所
      Dailen, China
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Computer-aided rational design of the phosphotransferase system for enhanced glucose uptake in Escherichia coli(Oral Presentation)2008

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Nishio, Yoshihiro Usuda, Kazuhiko Matsui, Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      Supplement of Journal of Biotechnology : 13 th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2008)
    • 発表場所
      Dailen, China
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] CADLIVE : Computer aided design of biochemical systems. Supp lement of Journal of Biotechnology2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      13 th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2008)
    • 発表場所
      Dailen, China
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] CADLIVE for Construction and Dynamic Simulation of Biochemical Networks2007

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Maeda, Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      Proceedings of Asia Pacific Biochemical Engineering Conference
    • 発表場所
      Taipei
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌窒素同化システムのポジティブフィードバック制御シンプルモデル2006

    • 著者名/発表者名
      真崎浩一, 倉田博之
    • 学会等名
      数理モデル化と問題解決研究報告
    • 発表場所
      名古屋大学(MPS-59 : 61-64)
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Sensitivity analysis for the E. coli nitrogen assimilation system(16 : P010-1-2)2006

    • 著者名/発表者名
      Koichi Masaki, Hiroyuki Kurata
    • 学会等名
      The 16th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      Yokohama
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.cadlive.jp

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.cadlive.jp

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi