大腸菌の全ての機能未知転写因子の支配下遺伝子群の同定と制御様式の解明

• 研究課題/領域番号: 18310133
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 法政大学
• 研究代表者: 石浜 明 法政大学, 生命科学部, 教授 (80019869)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 18,240千円 (直接経費: 15,300千円、間接経費: 2,940千円); 2008年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2007年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円); 2006年度: 5,500千円 (直接経費: 5,500千円)
• キーワード: ゲノム調節 / 転写 / 遺伝子 / 細菌 / 発現制御 / 転写因子 / 転写包括制御 / RNAポリメラーゼ / プロモーター / 転写制御ネットワーク / GENOMIC SELEX / 大腸菌 / 環境応答 / 転写制御 / 転写調節ネットワーク / GENONIC SELEX

研究概要

転写酵素RNAポリメラーゼの転写対象遺伝子群の選択は、転写因子との相互作用によって決定される。約300種類の大腸菌転写因子のうち、約100種は制御機能未知である。本研究では、機能未知転写因子が認識する配列から制御機能を同定するGenomic SELEX法を開発した。純化転写因子を利用した解析から、各転写因子の制御対象遺伝子群の同定に成功したことで、ゲノム転写包括制御の全貌解明の展望が開けた。

研究成果

• [雑誌論文] Involvement of leucine-reponse transcription factor LeuO in regulation of the genes for sulfa-drug efflux (2009)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacterlol 191(in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of CitA-CitB signal transduction activating genes involved in anaerobic citrate catabolism in Escherichia coli. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Matsumoto, F., Minagawa, S., Oshima, T., Fujita, N., Ogasawara, N., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Biosci. Biotechnol. Biochem. 133 ページ: 6080-6084
  • NAID: 10027537345
  • 査読あり
• [雑誌論文] A11R is the Allantoin/Glyoxylate-Sensing Master Regulator of the Genes for Degradation and Reutilization of Purines (2008)
  • 著者名/発表者名: Hasegawa, A., Ogasawara, H., Kori, A. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Microbiology 154 ページ: 3366-3378
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of RNA binding protein Hfq in the post-tanscriptional regulation of invE gene expression in Shigella sonnei (2008)
  • 著者名/発表者名: Mitobe, J., Ishihara, T., Ishihama, A. and Watanabe, H.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem 283 ページ: 5738-5747
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Escherichia coli RutR transcription factor binds at targets within genes as well as intergenic regions (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Ishihama, A., Busby, S.J.W. and Grainger, D.C.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: 3950-3955
  • 査読あり
• [雑誌論文] The uncharacterized YdhM is the regulator of the nemA gene, coding for N-ethylmaleimide reductase (2008)
  • 著者名/発表者名: Umezawa, Y., Ogasawara, H., Shimada, T., Kori, A. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 190 ページ: 5890-5897
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of multiple transcription factors for metal-induced spy gene expression in Escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ogasawara, H. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Biotechnol 133(16) ページ: 6080-6084
  • 査読あり
• [雑誌論文] AIIR is the allantoin/glyoxylate-sensing master regulator of the genes for degradation and reutilization of purines. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hasegawa, A., Ogasawara, H., Kori, A., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Microbiology 154 ページ: 3366-3378
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of RNA binding protein Hfq in the post-tanscriptional regulation of invE gene expression in Shigella sonnei. (2008)
  • 著者名/発表者名: Mitobe, J., Ishihara, T., Ishihama, A., Watanabe, H.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 283 ページ: 5738-5747
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Escherichia coli RutR transcription factor binds at targets within genes as well as intergenic regions. (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Ishihama, A., Busby, S. J. W, Grainger, D. C.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: 3950-3955
  • 査読あり
• [雑誌論文] Single live-bacterial cell assay of promoter activity and regulation. (2008)
  • 著者名/発表者名: Teramoto, J., Hasegawa, A., Kori, A., Magdy, E-S., Nakajima, M., Lin, Y-C., Yamanshi, Y., Arai, F., Fukuda, T., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Micro-Nano Mechatronics and Human Science 2008 ページ: 301-306
  • 査読あり
• [雑誌論文] The uncharacterized YdhM is the regulator of the nemA gene, coding for N-ethylmaleimide reductase. (2008)
  • 著者名/発表者名: Umezawa, Y., Ogasawara, H., Shimada, T., Kori, A., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 190 ページ: 5890-5897
  • 査読あり
• [雑誌論文] Anaerobic regulation of citrate fermentation by CitAB in Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Matsumoto, F, Oshima, T., Fujita, N., Ogasawara, N., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Biosci. Biotechnol. Biochem. 72 ページ: 3011-3014
  • NAID: 10027534304
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of multiple transcription factors for metal-induced spygene expression in Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ogasawara, H., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Biotechnol. 133 ページ: 6080-6084
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of the recognition sequences of DNA-binding transcription factors within the Esherichia coli genome using a newly developed‘Promoter Chip" (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Shimada, T., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Micro-Nano Mechatronics and Human Science 2008 ページ: 307-310
  • 査読あり
• [雑誌論文] On-chip temperature sensing and control for cell immobilization and culture system (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Chow, E., Teramoto, J., Magariyama, Y., Ishihama, A., Fukuda, T., Arai, F
  • 雑誌名: Micro-Nano Mechatronics and Human Science 2008 ページ: 295-300
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of RNA binding protein Hfq in the post-tanscriptional regulation of invE gene expressio in Shigella sonnei (2008)
  • 著者名/発表者名: Mitobe, J., Ishihara, T., Ishihama, A. and Watanbe, H.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 283 ページ: 5738-5747
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Escherishia coli RutR transcription factor binds at targets within genes as well as intergenic regions (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Ishihama, A., Busby, S.J.W. and Grainger, D.C
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic SELEX search for target genes under the control of PhoQP-RstBA signal relay cascade (2007)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Hasegawa, A., Kanda, E., Miki, T., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 189 ページ: 4791-4799
  • 査読あり
• [雑誌論文] PdhR(pyruvate dehydrogenase complex regulator) controls the respiratory electron transport system in Escherichia coll (2007)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Ishida, Y., Yamada, K., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 189 ページ: 5534-5541
  • 査読あり
• [雑誌論文] RutR is the uracil/thymine-sensing master regulator of a set of genes for synthesis and degradation of pyrimdines (2007)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Hirao, K., Kori, A., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol. Microbic 66 ページ: 744-779
  • 査読あり
• [雑誌論文] The role of omega subunit of RNA polymerase in expression of the relA gene in Escherichia coli (2007)
  • 著者名/発表者名: Chatterji, D., Ozoline, O., Ogawa, Y. Shimada, T. and Ishiama, A.
  • 雑誌名: REMS Microbiol. Lett. 267 ページ: 51-55
  • 査読あり
• [雑誌論文] Host tactor Ebp1: Selective inhibitor of influenza virus RNA polymerase (2007)
  • 著者名/発表者名: Honda, A., Okamoto, T. and Ishihama, A
  • 雑誌名: Genes Cells 12 ページ: 133-142
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-scale genetics towards understanding the ragulatory reles of all 300 transcription tactors from a single organism Escherichia coli (2007)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.,Ogasawara, H., Teramoto, J., Shimada, T., Hasegawa, A., Umezawa, Y., Yabuki, K., Ishida, Y., Inaba, T., Kori, A., Yamada, K., Kitai, Y., Kobayashi, N., Kato, D. and Yamamoto, K
  • 雑誌名: Micro-Nano Mechatronics and Human Science 2007 ページ: 35-37
• [雑誌論文] Genomic SELEX search for target genes under the control of PhoQP-RstBA signal realy cascade (2007)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Hasegawa, A., Kanda, E., Miki, T., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Beacteriol. 189 ページ: 4791-4799
  • 査読あり
• [雑誌論文] PdhR (pyuvate dehydrogenase complex regulator) controls the respiratory electron transport system in Eschrichia coli (2007)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Ishida, Y., Yamada, K., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 189 ページ: 5534-5541
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prepartion and preliminary X-ray diffraction anaiysis of crytals of bacterial flagellar sigma factor o^<28> in complex with the o^<28>-binding region of its anti-sigma factor FlgM (2007)
  • 著者名/発表者名: Okuda, K., Ichihara, H., Takahashi, H., Fujita, N., Ishihama, A. and Hakoshima, T.
  • 雑誌名: Acta Crystallgr F63 ページ: 196-199
  • 査読あり
• [雑誌論文] RutR is the uracil/thymine-sensing master regulator of a set of genes for synthesis and degradation of pyrimdines (2007)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Hirao, K., Kori, A., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol. Microbiol. 66 ページ: 744-749
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhancement of the synthesis of RpoN, Cra and H-NS by polyamines at the level of tranlastion Escherichia coΛ cultured with glucose and glutamate (2007)
  • 著者名/発表者名: Terui, Y., Higashi, K., Taniguchi, S., Shigemasa, A., Nishimura, K., Kashiwagi, K., Yamamoto, K., Ishihama, A. and lgarashi, K.
  • 雑誌名: J. Bactereiol. 189 ページ: 2359-2368
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of 'Promoter Chip' for microarrary analysis of regulation tragets of transcription factors (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Micro-Nano Mechatroics and Human Science 2007 ページ: 35-40
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of multiple transcriptio factors for metal-induced spygene expressio in Esherichia coll (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ogaswara, H. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Biotechnol. 133 ページ: 6080-6084
  • 査読あり
• [雑誌論文] folA a new member of the TyrR regulon in Escherichia coli K-12 (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang, J., Ogawa, Y., Camakaris, H., Shimada, T., Ishihama, A. and Pittard, A.J.,
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 189 ページ: 6080-8084
  • NAID: 120000993292
  • 査読あり
• [雑誌論文] 代謝系を統合的に制御する包括転写因子-ひとつの生物の全ての転写因子の調節機能同定を目指して- (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: 遺伝 21 ページ: 322-332
• [雑誌論文] 大腸菌ゲノム発現カスケード-「細胞個性学」事始め- (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: 日本ロボット学会誌 25 ページ: 32-35
  • NAID: 10018869516
• [雑誌論文] 大腸菌ゲノムの転写包括制御-ひとつの生物の全ての転写因子の調節機能同定をめざして- (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: 実験医学 25 ページ: 1531-1538
• [雑誌論文] The role of omega subunit of RNA Polymerase in expression of the relA gene in Escherichia coil. (2007)
  • 著者名/発表者名: Chatterji, D, Ozoline, O, Ogawa, Y, Shimada, T, Ishihama,A.
  • 雑誌名: FEMS Microbiol.Lett. 267 ページ: 51-55
• [雑誌論文] Host factor Ebql : Selective inhibitor ob influenza virus RNA polymerase. (2007)
  • 著者名/発表者名: Honda, A, Okamoto, T, Ishihama, A.
  • 雑誌名: Genes Cells 12 ページ: 132-142
• [雑誌論文] Enhancement of the synthesis of RpoN, Cra and H-NS by polyamines at the level of translation Escherichia coil cultures with glucose and glutamate. (2007)
  • 著者名/発表者名: Terui, Y, Higashi, K, Taniguchi, S, Shigemasa, A, Nishimura, K, Kashiwagi, K, Yamamoto, K, Ishihara, A, Igarashi,K.
  • 雑誌名: J.Bacteriol., 189 ページ: 2359-2368
• [雑誌論文] Genomic SELEX search for target genes under the control of PhoQP-RstBA signal relay cascade. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H, Hasegawa, A, Kanda, E, Miki, T, Yamamoto, K, Ishihama,A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 189(in press)
• [雑誌論文] PdhR (pyruvate dehydrogenase complex regulator) controls the respiratory electron transport system in Escherichia coli. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H, Ishida, Y, Yamada, K, Yamamoto, K, Ishihama,A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 189(in press)
• [雑誌論文] Anaerobic regulation of citrate metabolism by CitAB two-components signal transduction in Escherichia coli. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K, Matsumoto, F, Oshima, T, Fujita, N, Ogasawara, N, Ishihama,A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 130(in press)
• [雑誌論文] 大腸菌における金属ホメオスタシス (2007)
  • 著者名/発表者名: 山本兼由, 石浜 明
  • 雑誌名: バイオサイエンスとバイオインダストリー 64 ページ: 151-154
  • NAID: 10017315807
• [雑誌論文] 代謝系を統合的に制御する包括転写因子-ひとつの生物に全ての転写因子の調節機能同定を目指して- (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: 生物の科学 遺伝 別冊21
• [雑誌論文] 大腸菌ゲノムの転写包括制御-ひとつの生物の全ての転写因子の調節機能同定をめざして- (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: 実験医学 増刊号「転写因子をモデルとしたグローバル制御へのアプローチ」 (印刷中)
• [雑誌論文] The dynamic state of DNA topology is essential for genome condensation in bacteria (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa, R. L. , Mirikawa, K., Kim, J., Ohta, T., Ishihama, A., Wada, C. and Takeyasu, K.
  • 雑誌名: EMBO J. 25 ページ: 5591-5602
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhancement of +1 frameshift by polyamines during translation of polypeptide release factor 2 in Escherichia coli. (2006)
  • 著者名/発表者名: Higashi, K, Kashiwagi, K, Taniguchi, S, Terui, Y, Yamamoto, K, Ishihama, A, Igarashi,K.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 281 ページ: 9527-9537
• [雑誌論文] The dynamic state of DNA topology is essential of genome condensation in bacteria. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa, R.L, Mirikawa, K, Kim, J, Ohta, T, Ishihama, A, Wada, C, Takeyasu,K.
  • 雑誌名: EMBO J. 25 ページ: 5591-5602
• [雑誌論文] Characterization of copper-inducible promoters regulated by CpxA/CpxR in Escherichia coil. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K, Ishihama, A.
  • 雑誌名: Biosci.Biotechnol.Biochem. 70 ページ: 1688-1695
• [雑誌論文] Multi-scale genetics towards understanding the hierarchy of transcription factor network in genome regulation. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A, Ogasawara, H, Shimada, T, Teramoto, J, Hasegawa, A, Umezawa, Y, Yabuki, K, Ishida, Y, Inaba, T, Matsui, M, Kori, A, Yamada, K, Hirao, K, Yamamoto,K.
  • 雑誌名: Micro-Nano Mechatronics Human Sci. 2006(in press)
• [雑誌論文] 大腸菌細胞文化の遺伝子発現カスケード : 「細胞個性学」の幕開け (2006)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 51 ページ: 958-965
• [学会発表] Genomic SELEX search for regulation targets by 100 species of uncharacterized transcription factors from E. coll. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 12^<th> Transcription Assembly
  • 発表場所: Chandigarh, India
• [学会発表] 大腸菌ゲノム転写の包括制御 (2009)
  • 著者名/発表者名: 石浜明
  • 学会等名: 2008年度「べん毛研究交流会」
  • 発表場所: 仙台、宮城
• [学会発表] Genomic SELEX search for regulation targets by 100 species of uncharacterized transcription factors from E. coli (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 12^<th> Transcription Assembly
  • 発表場所: Chandigarh, India
• [学会発表] Comprehensive analysis for the recognition sequences of DNA-binding transcription factors within the E. coli genome using the newly developed‘Promoter Chip' (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Shimada, T., Ishlhama, A.
  • 学会等名: 21st RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: Bristol, UK
• [学会発表] 嫌気条件で誘導される大腸菌新規核様体タンパク質 (2009)
  • 著者名/発表者名: 寺本 潤, 吉村成弘, 竹安邦夫, 石浜 明
  • 学会等名: 定領域研究「バイオ操作」第7回公開シンポジウム
  • 発表場所: エレクトローンホール宮城・仙台
• [学会発表] 大腸菌転写因子YpdB支配下制御遺伝子群の同定と制御機構の解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 稲葉 達也, 山田佳代子, 郡 彩子, 石浜 明
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会第3回年会
  • 発表場所: 中央大学・東京
• [学会発表] Quorum Sensing転写因子QseAの調節機能の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小林尚貴, 寺本 潤, 石浜 明
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会第3回年会
  • 発表場所: 中央大学・東京
• [学会発表] Genomic SELEXを用いた大腸菌転写因子LeuOの転写制御機構解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕, 山本兼由, 石浜明
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会第3回年会
  • 発表場所: 中央大学・東京
• [学会発表] 大腸菌ゲノム転写の包括制御 (2009)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 学会等名: 定領域研究「バイオ操作」第7回公開シンポジウム
  • 発表場所: エレクトローンホール宮城・仙台
• [学会発表] 多因子が関与する大腸菌Curli線毛発現制御機構の解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小笠原寛 郡彩子 山田佳代子山本兼由石浜明
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 国際会議場・福岡
• [学会発表] ウラシル/チミンを感知する転写因子RutRによるピリミジン合成/分解経路に関与する遺伝子群の制御機構の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕, 平尾貴世, 郡彩子, 山本兼由, 石浜 明
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 国際会議場・福岡
• [学会発表] 新規ゲノム研究資材を用いたゲノム機能解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本兼由, 石浜 明
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年関東支部大会
  • 発表場所: 山梨大学・甲府
  • 年月日: 2008-10-11
• [学会発表] 大腸菌における全リボソーム蛋白質遺伝子の発現解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 梅林 章, 片寄純也, 石浜明, 前田理久
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年関東支部大会
  • 発表場所: 山梨大学・甲府
  • 年月日: 2008-10-11
• [学会発表] Multi-Scale Genetics towards Understanding the Regulatory Roles of All Transcription Factors from a Single Organism Escherichia coll. Asian Conference on Transcription (ACT) (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 10^<th> Meeting
  • 発表場所: Bangalore, India
• [学会発表] 20 years of progress with RNA polymerase (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 20^<th> RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: York, UK
• [学会発表] Multi-factor promoters and multi-factor networks (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A. et.al.
  • 学会等名: 20^<th> RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: York, UK
• [学会発表] 細菌の金属ストレスに対する転写応答の包括的な制御機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本兼由、石浜明
  • 学会等名: 日本農芸化学会大会
  • 発表場所: 名城大学・名古屋
• [学会発表] Multi-factor promoters and multi-factor networks. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A., Ogasawara, H., Shimada, T., Teramoto, J., Hasegawa, A., Umezawa, Y., Kori, A., Yamada, K., Yamamoto, K.
  • 学会等名: 20^<th> RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: York, UK
• [学会発表] Single live-cell assay of promoter activity and regulation. (2008)
  • 著者名/発表者名: Teramoto, J., Hasegawa, A., Shohata, E., Kori, A., Magdy, E-S. H. Nakajima, M., Lin, Y-C., Yamanishi, Y., Magariyama, Y., Arai, F., Fukuda, T., Ishihama, A.
  • 学会等名: Micro-Nano Mechatronics Human Sci. Symp.
  • 発表場所: Nagoya, Japan
• [学会発表] Distribution of a DNA-binding Protein using the Novel‘Promoter Chip' (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 学会等名: Micro-Nano Mechatronics Human Sci. Symp.
  • 発表場所: Nagoya, Japan
• [学会発表] On-chip temperature sensing and control for cell immobilization and culture system (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Chow, E., Teramoto, J., Magariyama, Y., Ishihama, A., Fukuda, T., Arai, F.
  • 学会等名: Micro-Nano Mechatronics Human Sci. Symp.
  • 発表場所: Nagoya, Japan
• [学会発表] Global regulation of genome transcription : Multi-factor promoters and multi-factor networks (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 2008 Asian Academic Seminar(AAS)
  • 発表場所: Bangalore, India
• [学会発表] 単一細胞観測系による大腸菌遺伝子プロモーター強度測定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 寺本 潤, 長谷川明子, E-S. H. Magdy, 郡 彩子, 中島正博, 林育菁, 小笠原 寛, 曲山幸生, 新井史人, 福田敏男, 石浜 明
  • 学会等名: 特定領域研究「バイオ操作」第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: キャンパスプラザ・京都
• [学会発表] 大腸菌転写因子AscGの制御機能の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 石田雄士, 郡 彩子, 石浜 明
  • 学会等名: 2008年日本ゲノム微生物学会若手の会
  • 発表場所: 大学セミナーハウス・八王子
• [学会発表] 大腸菌csgDプロモーターの制御 : 原核生物の多因子支配プロモーター (2008)
  • 著者名/発表者名: 小笠原寛, 郡 彩子, 山田佳代子, 山本兼由, 石浜 明
  • 学会等名: 2008年日本ゲノム微生物学会若手の会
  • 発表場所: 大学セミナーハウス・八王子
• [学会発表] Genomic SELEXとChIP-chip法による大腸菌機能未知転写因子YcdCのゲノム上結合領域の同定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕, Grainger, D., Busby, S. J. W., 山本兼由, 石浜 明
  • 学会等名: 2008年日本ゲノム微生物学会若手の会
  • 発表場所: 大学セミナーハウス・八王子
• [学会発表] ポリマー製マイクロブリッジを用いた細胞固定培養システム (2008)
  • 著者名/発表者名: 山西陽子, 寺本 潤, 曲山幸生, 石浜 明, 福田敏男, 新井史人
  • 学会等名: 第18回化学とマイクロ・ナノシステム研究会
  • 発表場所: 京都大学・京都
• [学会発表] 植物由来の配糖体取り込み系を制御する大腸菌転写因子AscGの機能解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 石田雄士, 郡 彩子, 石浜明
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] 大腸菌転写因子YpdBによる制御遺伝子の同定と制御機構の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 稲葉達也, 山田佳代子, 郡 彩子, 石浜 明
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] 多因子が関与するCurii織毛発現調節の分子機構の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小笠原寛, 山田佳代子, 郡 彩子, 山本兼由, 石浜 明
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] Quorum Sensing転写因子QseAの調節機能の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小林尚貴, 寺本 潤, 山田佳代子, 石浜 明
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] ChIP-chip法による大腸菌転写因子RutRのゲノム上結合領域の同定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕, 石浜 明, Busby, S. J. W., Grainger, D.
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] 大腸菌の嫌気条件下発現新規核様体蛋白質の同定と特性解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 寺本潤, 吉村成弘, 郡 彩子, 竹安邦夫, 石浜 明
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] 定常期におけるポリアミンの大腸菌の生存率維持に果たす役割 (2008)
  • 著者名/発表者名: 照井祐介, 東恭平, 田部井譲, 秋山真律子. 富取秀行, 山本兼由, 石浜明, 五十嵐一衛, 柏木敬子
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国際展示場・神戸
• [学会発表] Multi-Scale Genetics towards Understanding the Regulatory Roles of All Ttansoription Factors from a Single Organism Escherchia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: A, Ishihama
  • 学会等名: 10th Asian Conference on Transcription
  • 発表場所: Bangalore,Indla
• [学会発表] Identification of a Novei Nucleoid Proteh(NNP)with Enhancing Actvity of Nucease Sensitivty in Escherichia coli Growm under Anaerobic Conditions (2008)
  • 著者名/発表者名: J.Teramoto, N.Kobayashi, A.Kori and A.Ishihama
  • 学会等名: 10th Asian Conference on Transcription
  • 発表場所: Bangalore,India
• [学会発表] RutR is the Uracil/Thymine Sensing Master Regulator of a Set of Genes for Snthesis and Deradation of Primidines (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T.,Hirao, K.,Kori, A.,Yamamoto, K.and Ishihama,A.
  • 学会等名: 10th Asian Conference on Transcription
  • 発表場所: Bangalore,India
• [学会発表] Transcriptionai Response of Escherichia coli to Extemal Metais (2008)
  • 著者名/発表者名: K.Yamamoto and A, ishihama
  • 学会等名: 10th Asian Conference on Transcription
  • 発表場所: Bangalore,India
• [学会発表] 20 years of prgress with RNA polymerase (2008)
  • 著者名/発表者名: A.Ishihama
  • 学会等名: 20th RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: York,UK
• [学会発表] Multi-factor promoters and multi-factor networks (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A., Ogasawara, H., Shimada, T., Teramto, J., Hasegawa, A., Umezawa, Y., Yabuki, K., Ishida, Y., Inaba, T., Kori, A., Yamada, K.and Yamamoto,K
  • 学会等名: 20th RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: York,UK
• [学会発表] 大腸菌金属感知転写因子群のGenomic SELEX法による機能解折 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小笠原 寛、渡邊 智行、跡部 裕之、片山 泰徳、出田 佳代子、郡 彩子、山本 兼由、石浜 明
  • 学会等名: 第二回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 大阪大学、大阪
• [学会発表] ウラシル/チミンを感知する転写因子RutRによるピリミジン合成/分解経路に関与する遺伝子群の制御機構の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 島田 友裕、平尾 貴世、郡 彩子、山本 兼由、石浜 明
  • 学会等名: 第二回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 大阪大学、大阪
• [学会発表] 細菌の金属ストレスに対する転写応答の包括的な制御機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本 兼由、石浜 明
  • 学会等名: 日本農芸化学会大会
  • 発表場所: 名城大学、名古屋
• [学会発表] RutR is the uracil/thymine sensing regulator of a set of genes for synthesis and degradation of pyrimidines (2007)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Hirao, K., Kori, A., Yamamoto, K., Grainger, D. C. , Busby, S.J.W. and Ishihama, A.
  • 学会等名: RNA Polymerase Workshop
  • 発表場所: London, UK
• [学会発表] Multi-Scale Genetics of Transcription Network : Understanding the Regulatory Roles of All 300 Transcription Factors from a Single Organism (2007)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A., et.al.
  • 学会等名: Escherichia coll
  • 発表場所: Nagoya, Japan
• [学会発表] ゲノムの転写制禦 : ひとつの生物のすべての転写因子の調節機能同定の試み (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会マスターズレクチャー
  • 発表場所: パシフィコ横浜、横浜
• [学会発表] 細菌の環境金属応答の転写包括制御 (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜明・山本兼由・小笠原寛・島田友裕・寺本潤
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会ワークショップ「金属イオンのChemical Bio10gy」
  • 発表場所: パシフィコ横浜、横浜
• [学会発表] Involvement of RNA binding protein Hfq in the post-transcriptional regulation of invE gene expression in Shigella sonnei (2007)
  • 著者名/発表者名: J.Mitobe, T.Morita-Ishihara, A.Ishihama and H.Watanabe
  • 学会等名: US-Japan Conference on Pathogenic Bacteria
  • 発表場所: Washington,USA
• [学会発表] Multi-Scale Genetics of Transcription Netwoek:Understanding the Regulatory Roles of All 300 Transcription Factors from a Single Organism Escherichia coll (2007)
  • 著者名/発表者名: A.Ishihama, H.Ogasaawra, J.Teramoto, T.Shimada, A.Hasegawa, Y.Umezawa, K.Yabuki, Y.Ishida, T.Inaba, A.Kori, K.Yamada, Y.Kitai, N.Kobayashi, D.Kato and K.Yamamoto
  • 学会等名: 2007Micro-Nano Mechatroncs and Human Science Symp
  • 発表場所: Nagoya,Japan
• [学会発表] Construction of a Novei 'Promoter Chip 'for DNA Microarray (2007)
  • 著者名/発表者名: K.Yamamoto and A.ishihama
  • 学会等名: 2007Micro-Nano Mechatronics and Human Science Symp
  • 発表場所: Nagoya,Japan
• [学会発表] ビルヒン酸応答転写制御因子PdhRの転写抱括制御機能 (2007)
  • 著者名/発表者名: 小笠原 寛, 石田 雄司, 山田 佳代子, 山本 兼由, 石浜 明
  • 学会等名: 第4回大腸菌研究会
  • 発表場所: 藤枝エミナース、静岡
• [学会発表] ウラシルノチミンを感知する転写因子RUtRによるピリミジン合成/分解経路に関与する遺伝子群の制御機構の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 島田 友裕・平尾 貴世・郡 彩子・山本 兼由・石浜 明
  • 学会等名: 第4回大腸菌研究会
  • 発表場所: 藤枝エミナース、静岡
• [学会発表] 大腸菌革一細胞観測系の構築とプロモーター強度測定 (2007)
  • 著者名/発表者名: 長谷川 明子、寺本 潤、曲山 幸生、新井 史人、福田 敏男、石浜 明
  • 学会等名: 特定領域研究「バイオ操作」女性シンポジウム
  • 発表場所: 法政大学、東京
• [学会発表] Genomic SELEX法による大腸菌転写因子標的プロモーターの探索 (2007)
  • 著者名/発表者名: 小笠原 寛、島田 友祐、寺本 潤、長谷川 明子、梅澤 喜正、矢吹 光史郎、石田 雄士、稲葉 達也、鍛代 悠一、加藤 大策、小林 尚貴、山田 佳代子、郡 彩子、山本 兼由、石浜 明
  • 学会等名: 2007年日本ゲノム微生物生物学会若手の会
  • 発表場所: 八王子セミナーハウス・東京
• [学会発表] ゲノムの転写制禦:ひとつの生物のすべての転写因子の調節機能同定の試み (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第89回日本生化学会マスターズレクチャー
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] 細菌の環境金属応答の転写包括制御 (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明、山本 兼由、小笠原 寛、島田 友裕、寺本 潤
  • 学会等名: 第30回日本生物学会・第80回日本生化学会ワークショップ「金属イオンのChermical Biology」
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] 大腸菌転写因子TorRの新規標的遺伝子群の探索と制御機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 稲葉 達也、寺本 潤、三本 健良、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] 大腸菌機能未知転写因子YdhMの転写調節機能の解明 (2007)
  • 著者名/発表者名: 梅澤 喜正、小笠原 寛、山田 佳代子、三木 健良、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] 大腸菌核様体構造蛋白質H-NSのゲノム包括制御における役割 (2007)
  • 著者名/発表者名: 矢吹 光史郎、島田 友裕、三木 健良、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] 大腸菌新規核様体タンパク質の同定 (2007)
  • 著者名/発表者名: 寺本 潤、吉村 成弘、郡 彩子、竹安 邦夫、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生物学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] Curli織毛発現調節の分子機構の解明 (2007)
  • 著者名/発表者名: 小笠原 寛、山田 佳代子、郡 彩子、山本 兼由、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] 大腸菌単一細胞観測系の構築とプロモーター強度測定 (2007)
  • 著者名/発表者名: 長谷川 明子、寺本 潤、郡 彩子、曲山 幸生、Ei-Shimy H.Magciy, 、中島 正博、林 青菁、新井 史人、福田 敏男、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] ウラシル/チミンを感知する転写因子RutRによるピリミジン合成/分解経路に関与する遺伝子群の制御機構の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 島田 友裕、平尾 貴世、郡 彩子、山本 兼由、石浜 明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会
  • 発表場所: みなとみらい、横浜
• [学会発表] RNAポリメラーゼ : ゲノム転写の包括制御機構 (2006)
  • 著者名/発表者名: 石浜明
  • 学会等名: シンポジウム"The Origins of Trendy RNAs"
  • 発表場所: 北里大学、東京
  • 年月日: 2006-07-15
• [学会発表] マルチスケール遺伝学 : 大腸菌全転写因子の機能同定 (2006)
  • 著者名/発表者名: 石浜明、小笠原寛、島田友裕、寺本潤、郡彩子、山田佳代子、平尾貴世、長谷川明子、梅澤喜正、矢吹光史郎、石田雄司、稲葉達也、松井勝、鍛代悠一、加藤大策
  • 学会等名: シンポジウム「マルチスケール操作によるシステム細胞工学」
  • 発表場所: 名古屋大学野依学術交流館、名古屋
  • 年月日: 2006-06-30
• [学会発表] The bacterial nucleoid (2006)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: The 1^<st> Symp Nuclear Architecture : Chromosome-Chromatin Dynamics
  • 発表場所: Bangalrore, India
• [学会発表] Systemacic search for regulatory roles of putative transcription factors with unidentified functions (2006)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: The 10^<th> Transcription Assembly
  • 発表場所: Kolkata, India
• [学会発表] 大腸菌機能未知転写因子の機能解析 : 制御標的遺伝子の探索 (2006)
  • 著者名/発表者名: 石浜明、小笠原寛、島田友裕、寺本潤、郡彩子、山田佳代子、平尾貴世、長谷川明子、梅澤喜正、矢吹光史郎、成瀬みなみ、石田雄司、稲葉達也、松井勝、鍛代悠一、田中邦貴
  • 学会等名: 第6回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 京都
• [図書] The nucleoid : an overview. In : Escherichia coil and Salmonella (Neidhardt, F.C., eds.) (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 出版者: American Society of Microbiology Washington, USA
• [図書] Escherichia coli and Salmonella (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 総ページ数: 1050
  • 出版者: American Society for Microbiology (ASM), Washington, USA
• [図書] Escherichia coli and Salmonella (2008)
  • 著者名/発表者名: A.Ishihama and S.Adhya
  • 総ページ数: 1561
  • 出版者: American Society of Microbiology
• [図書] Multi-scale genetics towards understanding the regulatory roles of all 300 transcription factors from a single organism Escherichia coli (2007)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A. et.al
  • 出版者: In : Micro Uano Mechatronics and Human Science (Fukuda, T. eds.)
• [図書] Escherichia coil and Salmonella Cellular and Molecular Biology (2007)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 出版者: American Society for Microbiology Press, Washington,DC (in press)
• [図書] バイオインフォマティクス事典 (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 出版者: 共立出版 東京
• [図書] タンパク質の事典 (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] タンパク質化学 (2007)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 出版者: 広川書店、東京
• [備考]
  • URL: http://www.k.hosei.ac.jp/ceng/fb/teacher/ishihama.html