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電気化学活性人工DNAを用いる実用的SNPsタイピング法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 18350082
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体関連化学
研究機関富山大学

研究代表者

井上 将彦  富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 教授 (60211752)

研究分担者 藤本 和久  富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 助教 (40334718)
阿部 肇  富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 助教 (10324055)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
16,830千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 2,130千円)
2007年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
2006年度: 7,600千円 (直接経費: 7,600千円)
キーワードDNAプローブ / SNP / フェロセン / 金電極 / 電気化学
研究概要

本申請者らはすでに,電気化学活性な有機金属分子(フェロセン)をDNAに連結させた新規な"人工DNA"を合成した.この人工DNAを,電極上に固定化させて電気化学センサーとして用いるという新たな方法によって,正常遺伝子とSNP遺伝子を判別することに成功した.本申請課題においては,コスト上,最もネックとなる化学合成を徹底的に簡素化した「実用的なSNP検出システムの創製」を目指した.
平成18〜19年度において実施した本研究課題の成果を,以下に箇条書きに記す.
1.計算機化学を用いて新規電気化学活性ヌクレオシドの分子設計を行った.
2.新規電気化学活性ヌクレオシドの合成ルートを検索し,それを確立した.
3.新規電気化学活性ヌクレオシドのDNAへの組み込み条件を検討した.
4.新規電気化学活性DNAプローブの電極への固定化を検討した.
5.新規電気化学活性DNAプローブを用いるSNP検出条件の最適化を行った.
6.最良の結果が得られた新規ヌクレオシドの合成スキームの最適化と大量合成を行った.
7.長鎖のターゲットDNA(90-mer)を用いてSNP検出を行った.
8.応答電位の異なる2種のプローブを用いてSNPタイピングを行った.
9.電極表面上のAFM観察を行い,本検出系の伝導機構について考察した.
10.本研究課題を総括した.
昨年度と本年度と本年度の成果を基に本法の実用レベルでの実力を総合的に判断した結果,改良の余地は残されているものの,十分なポテンシャルを有しているものと総括した.

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (56件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (19件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (37件)

  • [雑誌論文] Artificial DNAs Based on Alkynyl C-Nucleosides as a Superior Scaffold for Homo-and Heteroexcimer Emissions2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J.
    • 雑誌名

      Chem. -Eur. J. 13

      ページ: 8124-8130

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photooxygenation of Alkynylperylenes. Fomlation of Dibenzo[jk, mn]phenanthrene-4,5-diones2007

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H.
    • 雑誌名

      J. Org. Chem. 72

      ページ: 8990-8993

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In Situ, Digital-Like, and Reagentless Discrimination of Label-Free SNPs of 90-mer Length with Easily Synthesized Electrochemical DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R.
    • 雑誌名

      Chem. Bio. Chem 8

      ページ: 2219-2222

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Artificial DNAs Based on Alkynyl C-Nucleosides as a Superior Scaffold for Homo- and Heteroexcimer Emissions2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J., et. al.
    • 雑誌名

      Chem.-Eur 13

      ページ: 8124-8130

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Photooxygenation of Alkynylperylenes. Formation of DibenzoUk,mniphenanthrene-4,5-diones2007

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H., et. al.
    • 雑誌名

      J. Org. Chem 72

      ページ: 8990-8993

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] In Situ, Digital-Like, and Reagentless Discrimination of Label-Free SNPs of 90-mer Length with Easily Synthesized Electrochemical DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R., et. al.
    • 雑誌名

      Chem Bio Chem 8

      ページ: 2219-2222

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Artificial DNAs Based no Alkynyl C-Nucleosides as a Superior Scaffold for Homo- and Heteroexcimer Emissions2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J.
    • 雑誌名

      Chem.-Eur. J 13

      ページ: 8124-8130

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] photooxygenation of Alkynylperylenes. Formation of dibenzo[jk,mn]phenanthrene-4,5-diones2007

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H.
    • 雑誌名

      J.Org.Chem 72

      ページ: 8990-8993

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In Situ, Digital-Like, and Reagentless Discrimination of label-Free SNPs of 90-mer Length with Syntyesezed Electrochemical DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R.
    • 雑誌名

      ChemBioChem 8

      ページ: 2219-2222

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alkynylpyrenes as Improved Pyrene-Based Biomolecular Probes with the Advantages of High Fluorescence Quantum Yields and Long Absorption/Emission Wavelengths2006

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H.
    • 雑誌名

      Chem. -Eur. J. 12

      ページ: 824-831

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reversible Photoregulation of Helical Structures in Short Peptides under Indoor Lighting/Dark Conditions2006

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto, K.
    • 雑誌名

      Org. Lett. 8

      ページ: 285-287

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alkynylpyrenes as Improved Pyrene-Based Biomolecular Probes with the Advantages of High Fluorescence Quantum Yields and Long Absorption/Emission Wavelengths2006

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H., et. al.
    • 雑誌名

      Chem.-Eur 12

      ページ: 824-831

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Reversible Photoregulation of Helical Structures in Short Peptides under Indoor Lighting/Dark Conditions2006

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto, K., et. al.
    • 雑誌名

      Org. Lett 8

      ページ: 285-287

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Alkymylpyrenes as Improved Pyrene-Based Biomolecular Probes with the Advantages of High Fluorescemce Quantum Yields and Long Absorption/Emission Wavelengths2006

    • 著者名/発表者名
      Hajime Maeda
    • 雑誌名

      Chemistry a European Journal 12

      ページ: 824-831

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Reversible Photoregulation of Helical Structures in Short Peptides under Indoor Lighting/Dark Conditions2006

    • 著者名/発表者名
      Kazuhisa Fujimoto
    • 雑誌名

      Organic Letters 8

      ページ: 285-287

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] SNPを高精度に検出する新手法2006

    • 著者名/発表者名
      千葉 順哉
    • 雑誌名

      化学 61・3

      ページ: 12-16

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] フェロセンを導入した人工DNAによる高精度な電気化学的SNP検出2006

    • 著者名/発表者名
      千葉 順哉
    • 雑誌名

      日本化学会生体機能関連科学部会NEWS LETTER 20・4

      ページ: 6-9

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 電気化学活性人工DNAによる高精度名電気化学的SNP検出2006

    • 著者名/発表者名
      千葉 順哉
    • 雑誌名

      BIO INDUSTRY 23・5

      ページ: 46-53

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Helix Formation in Synthetic Polymers by Hydrogen Bonding with Native Saccharides in Protic Media2006

    • 著者名/発表者名
      Minoru Waki
    • 雑誌名

      Chemistry a European Journal 12

      ページ: 7869-7847

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] 電気化学活性DNAプローブを用いるデジタル的遺伝子多型検出2008

    • 著者名/発表者名
      井上将彦
    • 学会等名
      第2回愛媛大学研究開発支援プロジェクト
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      2008-03-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Digital-Like SNPs Detection with Electro-Active DNA Probes2008

    • 著者名/発表者名
      Inouye, M., et. al.
    • 学会等名
      The Second Research Development Project of Ehime University
    • 発表場所
      Matsuyama, Japan
    • 年月日
      2008-03-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 異なる応答電位を有する2種の電気化学プローブを用いるバイアレル性SNPs遺伝子多型検出2008

    • 著者名/発表者名
      北川 哲
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 金電極上に固定したフェロセン修飾オリゴヌクレオチドにおける電荷移動機構の検証2008

    • 著者名/発表者名
      池田怜男奈
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 四種類の人工核酸からなるDNA様人工二重らせんの開発2008

    • 著者名/発表者名
      土井康広
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Biallelic SNPs Detection by use of Two Types of Electrochemical Probes Possessing Different Potentials2008

    • 著者名/発表者名
      Kitagawa, S, et. al.
    • 学会等名
      88th Annual Meeting of Chemical Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Study on Charge Transport Mechanism of Ferrocene-Modified Oligonucleotides on Au Electrodes2008

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R., et. al.
    • 学会等名
      88th Annual Meeting of Chemical Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of DNA-Like Duplexes with Four Types of Artificial Bases2008

    • 著者名/発表者名
      Doi, Y., et. al.
    • 学会等名
      88th Annual Meeting of Chemical Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] アルキニルC-ヌクレオチドを基本骨格とする人工DNAの開発2007

    • 著者名/発表者名
      千葉順哉
    • 学会等名
      日本薬学会北陸支部第117回例会
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2007-11-11
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of Artificial DNAs Based on Alkynyl C-Nucleotides2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J., et. al.
    • 学会等名
      117th Hokuriku Branch Meeting for Ph armaceutical Society of Japan
    • 発表場所
      Kanazawa, Japan
    • 年月日
      2007-11-11
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Electrochemical Detection of Single-Base Mismatches in DNA with Ferrocene-π-Conjugated DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R.
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Machines and Sensors
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Mismatch Detection Based on Hole Transport with Easily Available, Ferrocene-π-Conjugated DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J.
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Machines and Sensors
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Intramolecular Homo-and Heteroexcimer Emissions of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons in Aqueous Media2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J.
    • 学会等名
      12th International Symposium on Novel Aromatic Compounds
    • 発表場所
      Awaji, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Photooxygenation of Alkynylperylenes. Formation of Dibenzo [jk, mn]phenanthrene-4, 5-diones2007

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H.
    • 学会等名
      2007 Korea-Japan Symposium on Frontier Photoscience
    • 発表場所
      Gyeongju, Korea
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] DNA Probes Relied on Charge Transport through the π-Stack of Duplexes2007

    • 著者名/発表者名
      井上将彦
    • 学会等名
      分子系の構造と電子状態-「生物物質科学」を目指して
    • 発表場所
      和光
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] デジタル応答を有する電気化学的SNPs検出プローブの開発2007

    • 著者名/発表者名
      井上将彦
    • 学会等名
      第6回国際バイオフォーラム
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 金電極上でのDNA媒介電荷輸送メカニズムの解明2007

    • 著者名/発表者名
      小林沙希絵
    • 学会等名
      第19回生体機能関連化学若手の会サマースクール
    • 発表場所
      八王子
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] デジタル応答を有するSNPs検出プローブの開発2007

    • 著者名/発表者名
      井上将彦
    • 学会等名
      イノベーションジャパン2007
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 四種類の人工核酸を導入したアルキニルC-オリゴヌクレオチドの開発2007

    • 著者名/発表者名
      土井康広
    • 学会等名
      第22回生体機能関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      仙台
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] デジタル的な2電位応答を利用したSNPsタイピング法の開発2007

    • 著者名/発表者名
      北川 哲
    • 学会等名
      第22回生体機能関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      仙台
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] イソキノリンを導入したフェロセン修飾DNAプローブによる電気化学的SNPs検出および遺伝子型判定2007

    • 著者名/発表者名
      赤石あゆみ
    • 学会等名
      第22回生体機能関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      仙台
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] バイアレルのSNPs検出を指向したフェロセン修飾DNAプローブの開発2007

    • 著者名/発表者名
      北川 哲
    • 学会等名
      平成19年度有機合成化学北陸セミナー
    • 発表場所
      金沢
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Electrochemical Detection of Single-Base Mismatches in DNA with Ferrocene-n-Conjugated DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R., et. al.
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Machines and Sensors
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Mismatch Detection Based on Hole Transport with Easily Available, Ferrocene-n-Conjugated DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J., et. al.
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Machines and Sensors
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Intramolecular Homo- and Heteroexcimer Emissions of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons in Aqueous Media2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J., et. al.
    • 学会等名
      12th Internatinal Symposium on Novel Aromatic Compounds
    • 発表場所
      Awaji, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Photooxygenation of Alkynylperylenes. Formation of Dibenzopc,mn]phenanthrene-4,5-diones2007

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H., et. al.
    • 学会等名
      2007 Korea-Japan Symposium on Frontier Photoscience
    • 発表場所
      Gyeongju, Korea
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] DNA Probes Relied on Charge Transport through the n-Stack of Duplexes2007

    • 著者名/発表者名
      Inouye, M., et. al.
    • 学会等名
      Structure and Electronic Characteristics of Molecular Systems
    • 発表場所
      Wako, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of Electrochemical SNPs Probes with a Digital Action2007

    • 著者名/発表者名
      Inouye, M., et. al.
    • 学会等名
      6th International Bio-Forum
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Study on DNA-Mediated Charge Transport on Au Electrode2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, S., et. al.
    • 学会等名
      19th Summer School on Bioorganic Chemistry
    • 発表場所
      Hachjoji, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of SNPs Detection Probe Possessing a Digital Action2007

    • 著者名/発表者名
      Inouye, M., et. al.
    • 学会等名
      Innovation Japan
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of C-Nucleotides Bearing Four Types of Artificial Bases2007

    • 著者名/発表者名
      Doi, Y., et. al.
    • 学会等名
      22th Symposium on Bioorganic Chemistry
    • 発表場所
      Sendai. Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of SNPs-Typing Method with Digital-Like Two Potential Responses2007

    • 著者名/発表者名
      Kitagawa, S., et. al.
    • 学会等名
      22th Symposium on Bioorganic Chemistry
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Electrochemical SNPs and Genotype Detection with Ferrocene-Modified DNA Probes Possessing an Isoquinoline Base2007

    • 著者名/発表者名
      Akaishi, A. et. al.
    • 学会等名
      22th Symposium on Bioorganic Chemistry
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Development of Ferrocene-Modified DNA Probes Directed toward Biallelic SNPs Detection2007

    • 著者名/発表者名
      Kitagawa, S., et. al.
    • 学会等名
      19th Hokuriku Seminar on Organic Chemistry
    • 発表場所
      Kanazawa, Japan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Mismatch Detection Based on Hole Transport with Easily Available, Ferrocene-π-Conjugated DNA Probes2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J.
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Machines and Sensors
    • 発表場所
      Shanghai,China
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Intramolecular Homo- and Heteroexcimer Emissions of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons in Aqueous Media2007

    • 著者名/発表者名
      Chiba, J.
    • 学会等名
      12th International Symposium on Novel Aromatic Compounds
    • 発表場所
      Awaji, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Phtooxygenation of Alkynylperylenes. Formation of Dibenzo[jk,mn]phenantherne-4,5-diones2007

    • 著者名/発表者名
      Maeda, H.
    • 学会等名
      2007 Korea-Japan Symposium on Frontier Photoscience
    • 発表場所
      Gyeongju, Korea
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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