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新規なpH温度ジャンプトリガーを利用したNdxファミリー酵素の4次元構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 18370047
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪市立大学

研究代表者

神谷 信夫  大阪市立大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60152865)

研究分担者 宮原 郁子  大阪市立大学, 大学院・理学研究科, 准教授 (40271176)
中川 紀子  大阪大学, 大学院・理学研究科, 助教 (50379278)
倉光 成紀  大阪大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60153368)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
15,790千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 990千円)
2007年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2006年度: 11,500千円 (直接経費: 11,500千円)
キーワード4次元構造解析 / pHジャンプ / 温度ジャンプ / Ndxファミリー / 機能ゲノム
研究概要

Ndx酵素ファミリーに属するADPリボースピロリン酸分解酵素(ADPRase)の結晶相反応過程を追跡するための反応開始トリガーを開発し,その4次元構造解析を行って以下の研究成果を得た.
(1)ADPRaseの結晶に,その基質であるADPリボース(ADPR)をソーキングし,1.1Å分解能を越える良質な複合体結晶を調製することに成功した.
(2)上記の結晶にZn(II)イオンをソーキングすると,反応キャビディ中のADPRの分解が開始されることを見いだし,3分から60分までの間で9種類の反応時間におけるX線結晶構造解析から,それぞれのスナップショット構造を得た.
(3)一連のスナップショット構造を連続して眺めると,まず,反応キャビティに導入されたZn(II)イオンの働きでADPRのコンフォメーションが変化し,続いて,Zn(II)イオンに配位したグルタミン酸82が,同じくZn(II)イオンに配位した水から水素イオンを引き抜いて水酸化物イオンへと活性化し,最後に,活性化された水酸化物イオンがADPRのαリン原子をインライン配置で攻撃してADPRを生成物に変化させるという,一連の反応過程をその場観察することに成功した.
(4)得られた結果は,従来,基質類似体との複合体の3次元構造解析のみから推定されていたADPRaseの反応機構とは大きく異なっており,酵素の反応過程を明らかにするためには4次元構造解析によるその場観察が必須であることを示すことができた.

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2009 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Crystal structure of a homolog of mammalian serine racemase from Schizosaccharomyces pombe2009

    • 著者名/発表者名
      Goto,M., Yamauchi,T., Miyahara,I., Kamiya,N., Yoshimura,T., Hihara,H., Kurihara,T., Hirotsu,K., Esaki,N.
    • 雑誌名

      J.Biol. Chem. 284

      ページ: 25944-25952

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of a homolog of mammalian serine racemase from Schizosaccharomyces pombe2009

    • 著者名/発表者名
      Goto, M., Yamauchi, T., Miyahara, I., Kamiya, N., Yoshimura, T., Hihara, H., Kurihara, T., Hirotsu, K., Esaki, N.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 284

      ページ: 25944-25952

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structural Basis for Different Substrate Specificities of Two A DP-Ribose Pyrophosphatases from Thermus thermophilus HB82008

    • 著者名/発表者名
      Wakamatsu,T., Nakagawa,N., Kuramitsu,S., Masui,R.
    • 雑誌名

      J.Bacteriol. 190

      ページ: 1108-1117

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for Different Substrate Specificities of Two ADP-Ribose Pyrophosphatases from Thermus thermophilus HB82008

    • 著者名/発表者名
      Wakamatsu, T., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
    • 雑誌名

      J.Bacteriol. 190

      ページ: 1108-1117

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structure of Thiocyanate Hydrolasa:A New Nitrile Hydratase Family Protein with a Novel Five-Coordinate Cobalt(III) Center2007

    • 著者名/発表者名
      Takatoshi Arakawa, Yoshiaki Kawano, Shingo Kataoka, Yoko Katayama, Nobuo Kamiya, Masafumi Yohda, and Masafumi Odaka.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 336

      ページ: 1497-1509

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression,purification and preliminary X-ray characterization of DL-2-haloacid dehalogenase from Methylobacterium sp.CPA12007

    • 著者名/発表者名
      Rie Omi, Keiji Jitsumori, Takahiro Yamauchi, Susumu Ichiyama, Tatsuo Kurihara, Nobuyoshi Esaki, Nobuo Kamiya, Ken Hirotsu and Ikuko Miyahara
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. F63

      ページ: 586-589

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Location of PsbY in oxygen-evolving photosystem II revealed by mutagenesis and X-ray crystallography2007

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Kawakami, Masako Iwai, Masahiko Ikeuchi, Nobuo Kamiya, Jian-Ran Shen.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 581

      ページ: 4983-4987

    • NAID

      130006994394

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutational study on aGln90 of Fe-type nitrile hydratase from Rgidiciccys sp. N7712006

    • 著者名/発表者名
      Takarada,H., Kawano,Y., Hashimoto,K., Nakayama,H., Ueda,S., Yohda,M., Kamiya,N., Dohnae,N., Maeda,M., Odaka,M.
    • 雑誌名

      Biosci. Biotech. and Biochem. 70

      ページ: 881-889

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutational study on aGln90 of Fe-type nitrile hydratase from Rgidiciccys sp.N7712006

    • 著者名/発表者名
      Takarada, H., Kawano, Y., Hashimoto, K., Nakayama, H., Ueda, S., Yohda, M., Kamiya, N., Dohnae, N., Maeda, M., Odaka, M.
    • 雑誌名

      Biosci.Biotech.and Biochem. 70

      ページ: 881-889

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mutational study on aGln90 of Fe-type nitrile hydratase from Rgidiciccys so. N7712006

    • 著者名/発表者名
      Takarada, H., Kawano, Y., Hashimoto, K., Nakayama, H., Ueda, S., Yohda, M., Kamiya, N., Dohnae, N., Maeda, M., Odaka, M.
    • 雑誌名

      Biosci. Biotech. & Biochem. 70

      ページ: 881-889

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Kinetic and Structural Studies on the Catalytic Role of the Aspartic Acid Residue Conserved in Copper Amine Oxidase2006

    • 著者名/発表者名
      Chiu, Y-C., Okajima, T., Murakawa, T., Kamiya, N., Kuroda, S., Hayashi, H., Yamamoto, Y., Tanizawa, K.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 4105-4120

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Mutational Designing of the Active-Site Architecture of Porcine Kidney D-Amino Acid Oxidase toward Novel Function : Directed Evolution of the "Active-Site Lid" for Substrate Specificity2006

    • 著者名/発表者名
      Setoyama, S., Nishina, Y., Mizutani, H., Miyahara, I., Hirotsu, K., Kamiya, N., Shiga, K., Miura, R.
    • 雑誌名

      J. Biochem. 139

      ページ: 873-879

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Reaction pathway of ADP-ribose pyrophosphatase, revealed by time-resolved X-ray crystallography2008

    • 著者名/発表者名
      Kamiya,N., Kai,K., Nakagawa,N., Kuramitsu,S., Miyahara,I
    • 学会等名
      XXI Congress of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2008-08-28
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] クライオトラップ法により追跡したMPリボースピロリン酸分解酵素の結晶相反応経路2007

    • 著者名/発表者名
      神谷 信夫
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2007-12-01
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] 「分子認識と超分子」(早下隆士,築部弘 編著)に「時間分割X線解析」のタイトルで執筆(9ページ)2007

    • 著者名/発表者名
      神谷信夫
    • 総ページ数
      237
    • 出版者
      三共出版
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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