電子状態計算と分子構造探索計算の連成による生体高分子の自由エネルギーの理論的研究

• 研究課題/領域番号: 18370063
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 中村 春木 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (80134485)
• 研究分担者: 米澤 康滋 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 (40248753) ; 鷹野 優 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (30403017) ; 大島 勘二 大阪大学, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任助教 (40437330)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2007
• 研究課題ステータス: 完了 (2007年度)
• 配分額: 5,420千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 720千円); 2007年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円); 2006年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
• キーワード: 生物物理 / 酵素反応 / 生体分子 / 量子化学 / 分子動力学 / 分子シミュレーション / 電子状態 / 反応自由エネルギー

研究概要

1.QM/MM連成計法の開発
QM/MM連成シミュレーションは分子力学と量子力学の欠点を克服しそれぞれの長所を利用する方法であり、蛋白質研究に対する分子力学シミュレーションの有用性を飛躍的に高める手法である。QM/MMでは、精度を必要とする蛋白質の重要部分に量子力学を適用し、同時に残りの部分は分子力学で取り扱う。我々は蛋白質の研究に適したQM/MMシミュレーションプログラムを開発した。
2.QM/MMシミュレーションによるPin1酵素のプロリン異性化反応構の研究
Pin1はヒトのプロリンのcis-trans異性化酵素(PPIase)の一つであり、細胞の癌化やアポトーシス機構に深く関わることが知られており、さらにアルツハイマー病との密接な関連も報告されている。我々はQM/MM連成計算手法で電子状態の計算を行いながら、その周囲のタンパク質および溶媒の分子構造をサンプリングし、エントロピー効果を含んだ反応や構造の自由エネルギーを計算することで、この異性化反応を研究した。
3.分子軌道法・分子動力学法を用いた酵素の加水分解反応における反応構の解析
分子動力学法を用いてリパーゼのカルボン酸エステル加水分解反応における四面体中間体の選択性を調べたところ、ホスホン酸エステルの構造は、密度汎関数法によって得られた酢酸メチルのエステル交換反応での中間体に類似していた。また、RNaseHのリン酸エステル加水分解反応機構では、活性部位におけるMg^<2+>に配位しているAspやGluがMg^<2+>に近づいていた。一方、分子軌道法を用いてエステル加水分解反応の置換基効果を調べた結果、シクロプロピオン酸エステルが他のエステルと比較して中間体からのアルコールとカルボン酸イオンに分解する反応において高い活性化エネルギーを示すことが明らかとなった。

研究成果

• [雑誌論文] Protein-inhibitor flexible docking by a multicanonical sampling: Native complex structure with the lowest free energy and a free-energy barrier distrinsuishing the native complex from the others. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kamiya, Narutoshi
  • 雑誌名: PROTEINS 70 ページ: 41-53
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cyclopropanecarboxylic Acid Esters as Porential Prodrugs with Enhanced Hydrolytic Stability. (2008)
  • 著者名/発表者名: Bender, David M.
  • 雑誌名: Organic Letters 10 ページ: 509-511
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of MDGRAPE-3, a special purpose board for molecular dynamics simulations, to periodic biomolecular systems. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kikugawa, Gota
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 29(印刷中)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein-inhibitor flexible docking by a multicanonical sampling : Native complex structure with the lowest free energy and a free-energy barrier distrinsuishing the native complex from the others (2008)
  • 著者名/発表者名: N., Kamiya, Y., Yonezawa, H., Nakamura, J., Higo
  • 雑誌名: PROTEINS 70 (1) ページ: 41-53
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Cyclopropanecarboxylic Acid Esters as Porential Prodrugs with Enhanced Hydrolytic Stability (2008)
  • 著者名/発表者名: D. M., Bender, J. A., Peterson, J. R., McCarthy, H., Gunaydin, Y., Takano, K. N., Houk
  • 雑誌名: Organic Letters 10 (3) ページ: 509-511
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Application of MDGRAPE-3, a special purpose board for molecular dynamics simulations, to periodic biomolecular systems (2008)
  • 著者名/発表者名: G., Kikugawa, R., Apostolov, N., Kamiya, M., Taiji, R., Himeno, H., Nakamura, Y., Yonezawa
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 29 (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Protein-inhibitor flexible docking by a multicanonical sampling: Nativecomplex structure with the lowest free energy and a free-energy barrierdistrinsuishing the native complex from the others. (2008)
  • 著者名/発表者名: Narutoshi Kamiya
  • 雑誌名: PROTEINS 70 ページ: 41-53
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cyclopropanecarboxylic Acid Esters as Porential Prodrugs with Enhanced Hydrolytic Stability. (2008)
  • 著者名/発表者名: David M. Bender
  • 雑誌名: Organic Letters 10 ページ: 509-511
  • 査読あり
• [雑誌論文] The role of charged surface residues in the binding ability of small hubs in protein-protein interaction networks. (2007)
  • 著者名/発表者名: Patil, Ashwini
  • 雑誌名: Biophysics 3 ページ: 27-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational sampling of a 40-residue protein consisting of α and β secondary-structure elements in explicit solvent. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ikebe, Jinzen
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 443 ページ: 364-368
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical analysis of the electronic asymmetry of the special pair in the photosynthetic reaction center: Effect of the protein environment and structural asymmetry. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki, Hideki
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 447 ページ: 324-329
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The role of charged surface residues in the binding ability of small hubs in protein-protein interaction networks (2007)
  • 著者名/発表者名: A., Patil, H., Nakamura
  • 雑誌名: Biophysics 3 (1) ページ: 27-35
  • NAID: 130000091817
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Conformational sampling of a 40-residue protein consisting of α and β secondary-structure elements in explicit solvent (2007)
  • 著者名/発表者名: J., Ikebe, N., Kamiya, H., Shindo, H., Nakamura, J., Higo
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 443 (4-6) ページ: 364-368
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Theoretical analysis of the electronic asymmetry of the special pair in the photosynthetic reaction center : Effect of the protein environment and structural asymmetry (2007)
  • 著者名/発表者名: H., Yamasaki, H., Nakamura, Y., Takano
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 447 (4-6) ページ: 324-329
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The role of charged surface residues in the binding ability of small hubs in protein-protein interaction networks. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ashwini Patil
  • 雑誌名: BIOPHYSICS 3 ページ: 27-35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational sampling of a 40-residue protein consisting of α and βsecondary-structure elements in explicit solvent. (2007)
  • 著者名/発表者名: Jinzen Ikebe
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 443 ページ: 364-368
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical analysis of the electronic asymmetry of the special pair in the photosynthetic reaction center: Effect of the protein environment and structural asymmetry. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hideki Yamasaki
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 447 ページ: 324-329
  • 査読あり
• [雑誌論文] Utilization of methyl proton resonances in cross-saturation measurement for determining the interfaces of large protein-protein complexes (2006)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, Hideo
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular NMR 34 ページ: 167-177
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] PreBI: Prediction of biological interfaces of proteins in crystals (2006)
  • 著者名/発表者名: Tsuchiya, Yuko
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analyses of homo-oligomer interfaces of proteins from the complementarity of molecular surface, electrostatic potential and hydrophobicity (2006)
  • 著者名/発表者名: Tsuchiya, Yuko
  • 雑誌名: Protein Engineering, Design and Screening 19 ページ: 421-429
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation Study on Water Associated with π-electrons of Benzene by using QM/MM Potential. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yonezawa, Yasushige
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 428 ページ: 73-77
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel proton translocation pathway of cytochrome c oxidase. (2006)
  • 著者名/発表者名: Takano, Yu
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 430 ページ: 149-155
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of Hunter Disease mutations on molecular phenotypes of iduronate-2-sulfonate: Enzymatic activity, protein processing and structural analysis. (2006)
  • 著者名/発表者名: Sukegawa-Hayasaka, Kazuko
  • 雑誌名: Journal of Inherited Metabolic Disease 29 ページ: 755-761
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Utilization of methyl proton resonances in cross-saturation measurement for determining the interfaces of large protein-protein complexes (2006)
  • 著者名/発表者名: H., Takahashi, M., Miyazawa, Y., Ina, Y., Fukunishi, Y., MIzukoshi, H., Nakamura, I., Shimada
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular NMR 34 (12) ページ: 167-177
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] PreBI : Prediction of biological interfaces of proteins in crystals (2006)
  • 著者名/発表者名: Y., Tsuchiya, K., Kinoshita, N., Ito, H., Nakamura
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research, 34 (Web Service issue)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Analyses of homo-oligomer interfaces of proteins from the complementarity of molecular surface, electrostatic potential and hydrophobicity (2006)
  • 著者名/発表者名: Y., Tsuchiya, K., Kinoshita, H., Nakamura
  • 雑誌名: Protein Engineering, Design and Screening 19 (9) ページ: 421-429
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation Study on Water Associated with π-electrons of Benzene by using QM/MM Potential (2006)
  • 著者名/発表者名: Y., Yonezawa, K, Nakata, T., Takada, H., Nakamura
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 428 (1-3) ページ: 73-77
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel proton translocation pathway of cytochrome c oxidase (2006)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 430 (1-3) ページ: 149-155
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Effect of Hunter Disease mutations on molecular phenotypes of iduronate-2-sulfonate : Enzymatic activity, protein processing and structural analysis (2006)
  • 著者名/発表者名: K., Sukegawa-Hayasaka, Z., Kato, H., Nakamura, S., Tomatsu, T., Fukao, K., Kawata, T., Orii, N., Kondo
  • 雑誌名: Journal of Inherited Metabolic Disease 29 (6) ページ: 755-761
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Utilization of methyl proton resonances in cross-saturation measurement for determining the interfaces of large protein-protein complexes. (2006)
  • 著者名/発表者名: H.Takahashi, M.Miyazawa, Y.Ina, Y.Fukunishi, Y.MIzukoshi, H.Nakamura, I.Shimada
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular NMR Vol. 34, No. 3 ページ: 167-177
• [雑誌論文] PreBI : Prediction of biological interfaces of proteins in crystals. (2006)
  • 著者名/発表者名: Y.Tsuchiya, K.Kinoshita, N.Ito, H.Nakamura
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research Vol. 34, Web Service issue
• [雑誌論文] Analyses of homo-oligomer interfaces of proteins from the complementarity of molecular surface, electrostatic potential and hydrophobicity. (2006)
  • 著者名/発表者名: Y.Tsuchiya, K.Kinoshita, H.Nakamura
  • 雑誌名: Protein Engineering, Design and Screening Vol. 19, No. 9 ページ: 421-429
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation Study on Water Associated with π-electrons of Benzene by using QM/MM Potential. (2006)
  • 著者名/発表者名: Y.Yonezawa, K, Nakata, T.Takada, H.Nakamura
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters Vol. 428, No. 1-3 ページ: 73-77
• [雑誌論文] Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel proton translocation pathway of cytochrome c oxidase. (2006)
  • 著者名/発表者名: Y.Takano, H.Nakamura
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters Vol. 430, No. 1-3 ページ: 149-155
• [雑誌論文] Effect of Hunter Disease mutations on molecular phenotypes of iduronate-2-sulfonate : Enzymatic activity, protein processing and structural analysis. (2006)
  • 著者名/発表者名: K.Sukegawa-Hayasaka, Z.Kato, H.Nakamura, S.Tomatsu, T.Fukao, K.Kawata, T.Orii, N.Knodo
  • 雑誌名: Journal of Inherited Metabolic Disease Vol. 29 ページ: 755-761
• [学会発表] ウシシトクロムc酸化酵素のヘムaの酸化還元状態における電子構造 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本化学会第88回春期年会
  • 発表場所: 立教大学,東京
  • 年月日: 2008-03-29
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Electronic structure of heme a in bovine cytochrome c oxidase in the redox state (2008)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: 88'th Spring Meeting of The Chemical Society of Japan
  • 発表場所: Rikkyo University, Tokyo
  • 年月日: 2008-03-29
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] ウシシトクロムc酸化酵素のヘムαの酸化還元状態における電子構造 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本化学会第88回春期年会
  • 発表場所: 立教大学(東京)
  • 年月日: 2008-03-29
• [学会発表] Dynamical Aspects of MAOA funcfion: Membrane Attachment Facilitates Ligand Access, (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: Perspective in Structural Biology of Membrane Proteins and Biological Macromolecules
  • 発表場所: 大阪大学蛋白質研究所,大阪
  • 年月日: 2008-03-22
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Dynamical Aspects of MAOA function: Membrane Attachment Facilitates Ligand Access (2008)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: Perspective in Structural Biology of Membrane Proteins and Biological Macromolecules
  • 発表場所: 大阪大学蛋白質研究所(大阪)
  • 年月日: 2008-03-22
• [学会発表] Theoretical study of the roles of heme side chains and axial ligands (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: 48th Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and Prince Golf & Beach Resort, Georgia,米国
  • 年月日: 2008-02-26
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Theoretical study of the roles of heme side chains and axial ligands (2008)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: 48'th Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and Prince Golf & Beach Resort, Georgia, U.S.A
  • 年月日: 2008-02-26
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Theoretical study of the roles of heme side chains and axial ligands (2008)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: 48th Sanibel Symposium
  • 発表場所: The King and Prince Golf& Beach Resort, Georgia, USA
  • 年月日: 2008-02-26
• [学会発表] ウシシトクロムc酸化酵素のヘムaの酸化還元状態における電子構造 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ2008「大規模計算と分子のダイナミクス」
  • 発表場所: 分子科学研究所,岡崎
  • 年月日: 2008-02-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] 光合成反応中心スペシャルペアの電子非対称性の理論解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ2008「大規模計算と分子のダイナミクス」
  • 発表場所: 分子科学研究所,岡崎
  • 年月日: 2008-02-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Electronic structure of heme a in bovine cytochrome c oxidase in the redox state (2008)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: Supercomputer Workshop 2008 : Large-scale computation and molecular dynamics
  • 発表場所: Institute for Molecular Science, Okazaki
  • 年月日: 2008-02-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] A theoretical analysis of electronic asymmetry of the special pari in photosynthetic reaction center (2008)
  • 著者名/発表者名: H., Yamasaki, Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: Supercomputer Workshop 2008 : Large-scale computation and molecular dynamics
  • 発表場所: Institute for Molecular Science, Okazaki
  • 年月日: 2008-02-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] ウシシトクロムc酸化の酵素のヘムαの酸化還元状態における電子構造 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ2008 「大規模計算と分子のダイナミクス」
  • 発表場所: 分子科学研究所(岡崎)
  • 年月日: 2008-02-18
• [学会発表] 光合成反応中心スペシャルペアの電子非対称性の理論解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ2008「大規模計算と分子のダイナミクス」
  • 発表場所: 分子科学研究所(岡崎)
  • 年月日: 2008-02-18
• [学会発表] Quantum chemical study of the spin density distribution of the special pair cation radical in the photosynthetic reaction center (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: The lst International Global COE Symposium on Bio-Environmental Chemistry
  • 発表場所: ホテル阪急EXPOパーク,大阪
  • 年月日: 2008-01-28
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Quantum chemical study of the spin density distribution of the special pair cation radical in the photosynthetic reaction center (2008)
  • 著者名/発表者名: H., Yamasaki, Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: The 1st International Global COE Symposium on Bio-Environmental Chemistry
  • 発表場所: Hotel Hankyu EXPO park, Osaka
  • 年月日: 2008-01-28
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Quantum chemical study of the spin density distribution of the special paircation radical in the photosynthetic reaction center (2008)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: The 1st International Global COE Symposium on Bio-Environmental Chemistry
  • 発表場所: Hotel Hankyu EXPO Park, Osaka
  • 年月日: 2008-01-28
• [学会発表] チトクロムc酸化酵素の新しいプロトン輸送機構への理論的アプローチ-heme αの酸化還元における電子構造とペプチドを介したプロトン移動の関係- (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-23
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] A theoretical approach to a novel proton transfer pathway of cytochrome c oxidase (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: 45'th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-23
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] チトクロムc酸化酵素の新しいプロトン輸送機構への理論的アプローチ -heme αの酸化還元における電子構造とペプチドを介したプロトン移動の関係- (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-23
• [学会発表] アルファとベータの二次構造を含む40残基の蛋白質H-NSのfolding simulation (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-22
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] 光合成活性中心スペシャルペアカチオンラジカルのスピン密度分布に関する理論的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-22
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Folding simulation of a 40-residue protein, H-NS, involving alpha and beta secondary structures in explicit water (2007)
  • 著者名/発表者名: J., Higo, J., Ikebe, N., Kamiya, H., Nakamura, H., Shindo
  • 学会等名: 45'th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-22
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Quantum chemical study of the spin density distribution of the special pair cation radical in the bacterial photosynthetic reaction center (2007)
  • 著者名/発表者名: H., Yamasaki, Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: 45'th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-22
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] アルファとベータの二次構造を含む40残基の蛋白質H-NSのfolding simulation (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-22
• [学会発表] 光合成活性中心スペシャルペアカチオンラジカルのスピン密度分布に関する理論的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-22
• [学会発表] タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] QM/MMシミュレーションによるPinl蛋白質のCis-Trans異性化酵素活性研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Molecular simulations of protein-ligand structures constructed by computational doking (2007)
  • 著者名/発表者名: A., Oda, Y., Takano, H., Nakamura, N., Yamaotsu, S., Hirono, O., Takahashi, H., Matsuzaki
  • 学会等名: 45'th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] QM/MM simulation study on the mechanism of cis-trans isomerization of human Pinl protein (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Yonezwa, N., Kamiya, H., Nakamura
  • 学会等名: 45'th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: R., Apostolov, Y., Yonezawa, H., Nakamura
  • 学会等名: 45'th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] QM/MMシミュレーションによるPinl蛋白質のCis-Trans異性化酵素活性研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 大腸菌エンドヌクレアーゼ の基質認識機構の計算化学的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜,横浜
  • 年月日: 2007-12-13
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Computational studies of the substrate recognition mechanism of Escherichia coil endonuclease III (2007)
  • 著者名/発表者名: K., Manabe, Y., Takano, K., Hitomi, J.A., Tainer, H., Nakamura, N., Iwai
  • 学会等名: BMB 2007
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2007-12-13
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] 大腸菌エンドヌクレアーゼIIIの基質認識機構の計算化学的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 分子生物学会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2007-12-13
• [学会発表] Molecular orbital study of the proton transfer through a peptide bond-A theoretical approach to a novel pathway of proton translocation of cytochrome coxidase- (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: ICCMSE2007
  • 発表場所: Marbella Corfu Hotel,ギリシャ
  • 年月日: 2007-09-26
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Molecular orbital study of the proton transfer through a peptide bond-A theoretical approach to a novel pathway of proton translocation of cytochrome c oxidase- (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: ICCMSE2007
  • 発表場所: Marbella Corfu Hotel, Greece
  • 年月日: 2007-09-26
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] チトクロムc酸化酵素のheme αの酸化還元における電子構造変化とプロトン移動との関係 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第1回分子科学討論会2007仙台
  • 発表場所: 東北大学川内北キャンパス,仙台
  • 年月日: 2007-09-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Relationship between electronic structural change and proton transfer of heme a in cytochrome c oxidase in the redox state (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: 1'st meeting of Japan Society of Molecular Science 2007 at Sendai
  • 発表場所: Tohoku University
  • 年月日: 2007-09-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] チトクロムc酸化酵素のheme aの酸化還元における電子構造変化とプロトン移動との関係 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第1回分子科学討論会2007仙台
  • 発表場所: 東北大学川内北キャンパス
  • 年月日: 2007-09-18
• [学会発表] A theoretical approach to a novel proton transfer pathway of cytochromc coxidase (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: International Symposium on Molecular Theory for Real Systems
  • 発表場所: 京都大学桂キャンパス,京都
  • 年月日: 2007-07-28
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] A theoretical approach to a novel proton transfer pathway of cytochrome c oxidase (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: International Symposium on Molecular Theory for Real Systems
  • 発表場所: Kyoto University
  • 年月日: 2007-07-28
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] A theoretical approach to a novel proton transfer pathway of cytochrome coxidase (2007)
  • 著者名/発表者名: Haruki Nakamura
  • 学会等名: International Symposium on Molecular Theory for Real Systems
  • 発表場所: Kyoto University (Katsuracampus)
  • 年月日: 2007-07-28
• [学会発表] チトクロムc酸化酵素のheme αの酸化還元状態における電子構造 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター,仙台
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] プロリン異性化酵素Pin1のQM/MM錬成計算シミュレーション研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター,仙台
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター,仙台
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] マルチカノニカル分子動力学法による酵素-阻害剤間のフレキシブルドッキング (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター,仙台
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Electronic structure of heme a in cytochrome c oxidase in the redox state (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: 7'th Annual Meeting of Protein Science Society of Japan
  • 発表場所: Sendai International Center, Sendai
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] A QM/MM molecular dynamics study on peptidyl-prolyl isomerase Pinl (2007)
  • 著者名/発表者名: Y., Yonezawa, N., Kamiya, T., Takada, H., Nakamura
  • 学会等名: 7'th Annual Meeting of Protein Science Society of Japan
  • 発表場所: Sendai International Center, Sendai
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: R., Apostolov, Y., Yonezawa, H., Nakamura
  • 学会等名: 7'th Annual Meeting of Protein Science Society of Japan
  • 発表場所: Sendai International Center, Sendai
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Flexible docking between enzyme and inhibitor by multicanonical molecular dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: N., Kamiya, Y., Yonezawa, H., Nakamura, J., Higo
  • 学会等名: 7'th Annual Meeting of Protein Science Society of Japan
  • 発表場所: Sendai International Center, Sendai
  • 年月日: 2007-05-25
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] プロリン異性化酵素PinlのQM/MM錬成計算シミュレーション研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター(仙台)
  • 年月日: 2007-05-25
• [学会発表] チトクロムc酸化酵素のheme aの酸化還元状態における電子構造 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター(仙台)
  • 年月日: 2007-05-25
• [学会発表] A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター(仙台)
  • 年月日: 2007-05-25
• [学会発表] マルチカノニカル分子動力学法による酵素-阻害剤間のフレキシブルドッキング (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村春木
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台国際センター(仙台)
  • 年月日: 2007-05-25
• [学会発表] Structural Features of Hubs in Protein-Protein Interaction Networks (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: 上海大学セミナー
  • 発表場所: 上海大学 Institute of Systems Biology,上海
  • 年月日: 2007-03-29
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Structural Features of Hubs in Protein-Protein Interaction Networks (2007)
  • 著者名/発表者名: H., Nakamura
  • 学会等名: Shanghai University Seminar
  • 発表場所: Institute of Systems Biology, Shanghai University, Shanghai
  • 年月日: 2007-03-29
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Structural Features of Hubs in Protein-Protein Interaction Networks (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: PROTEIN ASSEMBLY, DYNAMICS AND FUNCTION
  • 発表場所: Institut des Haute Etudes Scientifiques,パリ
  • 年月日: 2007-01-11
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Structural Features of Hubs in Protein-Protein Interaction Networks (2007)
  • 著者名/発表者名: H., Nakamura
  • 学会等名: PROTEIN ASSEMBLY, DYNAMICS AND FUNCTION
  • 発表場所: Institut des Haute Etudes Scientifiques, Paris
  • 年月日: 2007-01-11
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Protein fhnction analyses from structural bioinformatics approach (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: EABS & BSJ 2006
  • 発表場所: 沖縄コンベンションセンター沖縄県宜野湾市
  • 年月日: 2006-11-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Protein function analyses from structural bioinformatics approach (2006)
  • 著者名/発表者名: H., Nakamura
  • 学会等名: EABS &BSJ
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Ginowan, Okinawa
  • 年月日: 2006-11-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] QM/MM study on catalytic mechanism of PPIase protein Pin1 (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: EABS & BSJ 2006
  • 発表場所: 沖縄コンベンションセンター沖縄県宜野湾市
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Large-scale molecular dynamics simulations with the pariwise electrostatic interaction method for protein-solvent systems (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: EABS & BSJ 2006
  • 発表場所: 沖縄コンベンションセンター沖縄県宜野湾市
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel pathway of proton translocation of cytochrome c oxidase (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: EABS & BSJ 2006
  • 発表場所: 沖縄コンベンションセンター沖縄県宜野湾市
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Theoretical analysis of electronic asymmetry of the special pair in the photosynthetic reaction center: Effect of protein environment (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Haruki
  • 学会等名: EABS & BSJ 2006
  • 発表場所: 沖縄コンベンションセンター沖縄県宜野湾市
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] QM/MM study on catalytic mechanism of PPIase protein Pinl (2006)
  • 著者名/発表者名: Y., Yonezawa, N., Kamiya, H., Nakamura
  • 学会等名: EABS &BSJ
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Ginowan, Okinawa
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Large-scale molecular dynamics simulations with the pariwise electrostatic interaction method for protein-solvent systems (2006)
  • 著者名/発表者名: G., Kikugwa, Y., Yonezawa, H., Nakamura, R., Himeno
  • 学会等名: EABS &BSJ
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Ginowan, Okinawa
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel pathway of proton translocation of cytochrome c oxidase (2006)
  • 著者名/発表者名: Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: EABS &BSJ
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Ginowan, Okinawa
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Theoretical analysis of electronic asymmetry of the special pair in the photosynthetic reaction center : Effect of protein environment (2006)
  • 著者名/発表者名: H., Yamasaki, Y., Takano, H., Nakamura
  • 学会等名: EABS &BSJ
  • 発表場所: Okinawa Convention Center, Ginowan, Okinawa
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Dynamical Aspects of MAOA function : Membrane Attachment Facilitates Ligand Access
  • 著者名/発表者名: R., Apostolov, Y., Yonezawa, H., Nakamura
  • 学会等名: Perspective in Structural Biology of Membrane Proteins and Biological Macromolecules
  • 発表場所: Osaka University, Osaka
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より