細菌が持つ環境汚染物質分解酵素遺伝子の水平伝播

• 研究課題/領域番号: 18380189
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 環境農学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 津田 雅孝 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90172022)
• 研究分担者: 永田 裕二 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 准教授 (30237531) ; 大坪 嘉行 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 17,060千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 2,160千円); 2008年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2007年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2006年度: 7,700千円 (直接経費: 7,700千円)
• キーワード: 環境浄化 / 環境細菌 / 可動性遺伝因子 / 遺伝子水平伝播 / プラスミド / ゲノミックアイランド / 可動遺伝因子 / 遺伝子資源 / グノミックアイランド / 遺伝子治療

研究概要

各種汚染物質の分解者である環境細菌は、新規環境汚染物質化合物に対する分解能を極めて短時間で獲得するが、このような汚染環境への適応・進化に、分解酵素遺伝子群を担うプラスミドやゲノミックアイランドなどの可動性遺伝因子の種を超えた水平伝播が関与する。本研究では、これら可動性遺伝因子の水平伝播の分子機構、水平伝播能を制御する生物的要因、そして水平伝播可能な受容菌株宿主域規定要因を明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性 -難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合-. (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: 化学と生物 47 ページ: 35-42
  • NAID: 10026434544
• [雑誌論文] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性-難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合- (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 雑誌名: 化学と生物 47 ページ: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimoda, Y., H. Mitsui, H. Kamimatsuse, K. Minamisawa, E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Tsuda, S. Shinpo, A. Watanabe, M. Kohara, M. Yamada, Y. Nakamura, S. Tabata,and S. Sato
  • 雑誌名: DNA Res 15 ページ: 297-308
  • 査読あり
• [雑誌論文] 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 湯原悟志, 永田裕二, 大坪嘉行
  • 雑誌名: 土と微生物 62 ページ: 93-97
  • 査読あり
• [雑誌論文] Revised nomenclature for transposable genetic elements (2008)
  • 著者名/発表者名: Roberts, A. P., M. Chandler, P. Courvalin, G. Guedon, P. Mullany, T. Pembroke, J. I. Rood, C. J. Smith, A. O. Summers, M. Tsuda, and D. E. Berg
  • 雑誌名: Plasmid 60 ページ: 167-173
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, R., Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: a host-range modifier in conjugative transfer. J. Bacteriol 190 ページ: 6281-6289
  • 査読あり
• [雑誌論文] GenomeMatcher : a graphical user interface for DNA sequence comparison (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., W. Ikeda-Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9 ページ: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA (2008)
  • 著者名/発表者名: Fuchu, G., Y. Ohtsubo, M. Ito, R. Miyazaki, A. Ono, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol 79 ページ: 627-632
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuhara, S., H. Komatsu, H. Goto, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Microbiology 154 ページ: 1763-1774
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Yuhara
  • 雑誌名: Microbiology 154 ページ: 1763-1774
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohcxane-degrading genes from soil DNA (2008)
  • 著者名/発表者名: G. Fuchu
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol. 79 ページ: 627-632
  • 査読あり
• [雑誌論文] GenomeMatcher : A graphical user interface for DNA sequence comparison (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Ohtsubo
  • 雑誌名: BMC Miyazaki 9 ページ: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • 著者名/発表者名: R. Miyazaki
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 190 ページ: 6281-6289
  • 査読あり
• [雑誌論文] Revised nomenclature for transposable genetic elements (2008)
  • 著者名/発表者名: A. P. Roberts
  • 雑誌名: Plasmid 60 ページ: 167-173
  • 査読あり
• [雑誌論文] 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 雑誌名: 土と微生物 62 ページ: 93-97
  • 査読あり
• [雑誌論文] 土壌生態系での環境細菌ゲノム情報発現 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行
  • 雑誌名: 極限環境微生物学会誌 6 ページ: 59-62
  • NAID: 130004486982
  • 査読あり
• [雑誌論文] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 永田裕二
  • 雑誌名: J. Environ. Biotechnol. 7 ページ: 75-78
  • 査読あり
• [雑誌論文] Degradation of β-hexachlorocyclohexane by haloalkane dehalogenase LinB from γ-hexachlorocyclohexane-utilizing bacterium Sphingobium sp (2007)
  • 著者名/発表者名: Ito, M., Z. Prokop, M. Klvana, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, J. Damborsky, and Y. Nagata
  • 雑誌名: Arch. Microbiol 188 ページ: 313-325
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aerobic degradation of lindane(γ-hexachlorocyclohexane)in bacteria and its biochemical and molecular basis (2007)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., R. Endo, M. Ito, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol 74 ページ: 741-752
  • 査読あり
• [雑誌論文] 自然環境で実際に機能する微生物遺伝子の遺伝学的手法による検索と解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 西山依里, 永田裕二, 大坪嘉行
  • 雑誌名: 化学と生物 45 ページ: 557-563
  • NAID: 10019578182
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of genes encoding a putative ABC-type transporter essential for the utilization of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26 (2007)
  • 著者名/発表者名: Endo, R., Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 189 ページ: 3712-3720
  • 査読あり
• [雑誌論文] G. J. Zylstra, P. A. Williams, and M. Tsuda : Complete sequence determination combined with analysis of transposition/site-specific recombination events to explain genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and related mobile genetic elements (2007)
  • 著者名/発表者名: Yano, H., C. E. Garruto, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 369 ページ: 11-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of a haloalkane dehalogenase DbjA from Bradyrhizobium japonicum USDA110 (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., R. Natsume, M. Tsuda, J. Damborsky, Y. Nagata, and T. Senda
  • 雑誌名: Acta Cryst. F63 ページ: 294-296
  • 査読あり
• [雑誌論文] Region-specific insertion of transposons in combination with selection for high plasmid transferability and stability accounts for the structural similarity of IncP-1 plasmids (2007)
  • 著者名/発表者名: Sota, M., M. Tsuda, H. Yano, L. J. Forney, and E. M.Top
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 189 ページ: 3091-3098
  • 査読あり
• [雑誌論文] The identification of catalytic pentad in the haloalkane dehalogenase DhmA from Mycobacterium avium N85 : reaction mechanism and molecular evolution (2007)
  • 著者名/発表者名: Pavlova, M., M. Klvana, A. Jesenska, Z. Prokop, H. Konecna, T. Sato, M. Tsuda, Y. Nagata, and J. Damborsky
  • 雑誌名: J. Struct. Biol 157 ページ: 384-392
  • 査読あり
• [雑誌論文] Isolation and characterization of naphthalene-catabolic genes and plasmids from oil-contaminated soil by using two cultivation-independent approaches. Appl (2007)
  • 著者名/発表者名: Ono, A., R. Miyazaki, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Microbiol. Biotechnol 74 ページ: 501-510
  • 査読あり
• [雑誌論文] Region-specific insertion of transposons in combination with selection for high plasmid transferability and stability accounts for the structural similarity of IncP-1 plasmids (2007)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Sota
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 189 ページ: 3091-3098
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of a haloalkane dehalogenase DbjA from Bradyrhizobium japonicum USDA110 (2007)
  • 著者名/発表者名: Yukari Sato
  • 雑誌名: Acta Crystallographia Section F 63 ページ: 294-296
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete sequence determination combined with analysis of transposition/site-specific recombination events to explain genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and related mobile genetic elements (2007)
  • 著者名/発表者名: Hirokazu Yano
  • 雑誌名: Journal of Molecular Biology 369 ページ: 11-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of genes encoding a putative ABC-type transporter essential for the utilzation of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26 (2007)
  • 著者名/発表者名: Ryo Endo
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 189 ページ: 3712-3720
  • 査読あり
• [雑誌論文] Degradation of β-hexachlorocyclohexane by haloalkane dehalogenase LinB from γ-hexachlor ocyclohexane-utilizing bacterium Sphingobium sp. MI1205 (2007)
  • 著者名/発表者名: Michihiro Ito
  • 雑誌名: Archives Microbiology 188 ページ: 313-325
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aerobic degradation of lindane(γ-hexachlorocyclohexane)in bacteria and its biochemical and molecular basis (2007)
  • 著者名/発表者名: Yuji Nagata
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology 76 ページ: 741-752
  • 査読あり
• [雑誌論文] 自然環境で実際に機能する微生物遺伝子の遺伝学的手法による検索と解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 雑誌名: 化学と生物 45 ページ: 557-563
  • NAID: 10019578182
  • 査読あり
• [雑誌論文] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 雑誌名: Journal of Environmental Biotechnology. 7 ページ: 75-78
  • 査読あり
• [雑誌論文] Isolation and characterization of naphthalene-catabolic genes and plasmids from oil-contaminated soil by using two cultivation-independent approaches (2007)
  • 著者名/発表者名: Akira Ono
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology 74 ページ: 501-510
• [雑誌論文] The identification of catalytic pentad in the haloalkane dehalogenase DhmA from Mycobacterium avium N85 : Reaction mechanism and molecular evolution (2007)
  • 著者名/発表者名: Martina Pavlova
  • 雑誌名: Journal of Strutural Biology 157 ページ: 384-392
• [雑誌論文] Global gene expression in Bradyrhizobium japonicum cultured with vanillin, vanillate (2006)
  • 著者名/発表者名: Ito, N., M. Itakura, S. Eda, K. Saeki, H. Oomori, T. Yokoyama, T. Kaneko, S. Tabata, T. Oowada, S. Tajima, T. Uchiumi, E. Masai, M. Tsuda, H. Mitsui, and K. Minamisawa
  • 雑誌名: 4-hydroxybenzoate, and protocatechuate. Microbes Environ 21 ページ: 240-250
  • 査読あり
• [雑誌論文] ハロアルカンデハロゲナーゼの構造と機能 (2006)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: J. Environ. Biotechnol. 6 ページ: 87-92
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of an exogenously isolated plasmid pLB1 involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane (2006)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, R. Y. Sato, M. Ito, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Appl. Environ. Microbiol 72 ページ: 6923-6933
  • 査読あり
• [雑誌論文] 環境汚染物質を分解する酵素遺伝子の土壌からの直接的取得と解析 (2006)
  • 著者名/発表者名: 小野玲, 宮崎亮, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: バイオインダストリ- 23 ページ: 44-49
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of argK-tox clusters and their flanking regions in phaseolotoxin-producing Pseudomonas syringae pathovars (2006)
  • 著者名/発表者名: Genka, H., T. Baba, M. Tsuda, S. Kanaya, H. Mori, T. Yoshida, M. Tsujimoto-Noguchi, K. Tsuchiya, amd H. Sawada
  • 雑誌名: J. Mol. Evol. 63 ページ: 401-414
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading β-proteobacteria, Acidovorax sp (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., H. Goto, Y. Nagata, T. Kudo, and M. Tsuda
  • 雑誌名: KKS102. Mol. Microbiol 60 ページ: 1563-1575
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and its transposon Tn4655 suggests catabolic gene spread by a tyrosine recombinase (2006)
  • 著者名/発表者名: Sota, M., H. Yano, A. Ono, R. Miyazaki, H. Ishii, H. Genka, E. M. Top, and M. Tsuda
  • 雑誌名: J. Bacteriol 188 ページ: 4057-4067
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the replication, maintenance, and transfer features of the IncP-7 plasmid pCAR1 that carries carbazole/dioxin degradative genes (2006)
  • 著者名/発表者名: Shintani, M., H. Yano, H. Habe, T. Omori, H. Yamane, M. Tsuda, and H. Nojiri
  • 雑誌名: Appl. Environ. Microbiol 72 ページ: 3206-3216
  • 査読あり
• [雑誌論文] Growth inhibition by metabolites of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26 (2006)
  • 著者名/発表者名: Endo, R., Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
  • 雑誌名: Biosci. Biotechnol. Biochem 70 ページ: 1029-1032
  • NAID: 10018532907
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the replication, maintenance, and transfer features of the IncP-7 plasmid pCAR1 that carries carbazole/dioxin degradative genes (2006)
  • 著者名/発表者名: Masaki Shintani
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 72 ページ: 3206-3216
• [雑誌論文] Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and its transponson Tn4655 suggests catabolic gene spread by tyrosine recombinase (2006)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Sota
  • 雑誌名: Journal of Bateriology 188 ページ: 4057-4067
• [雑誌論文] Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading β-proteobacteria, Acidovorax sp. KKS102 (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Ohtsubo
  • 雑誌名: Molecular Microbiology 60 ページ: 1563-1575
• [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of an exogenously isolated plasmid pLB1 involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane (2006)
  • 著者名/発表者名: Ryo Miyazaki
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 72 ページ: 6923-5933
• [学会発表] 機能性メタゲノム解析により明らかにされた環境中の芳香環分解遺伝子の実態 (2009)
  • 著者名/発表者名: 末永光
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・中央大学
• [学会発表] 自己伝達性プラスミドの接合伝達過程における転写誘導 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・中央大学
• [学会発表] GenomeMatcher : 比較ゲノムソフトウエアとその付属機能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・中央大学
• [学会発表] 原核生物由来の可動性遺伝因子の命名法 (2009)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・中央大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与する受容菌側因子の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 井上慧
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616の愛媛土壌特異的発現遺伝子の鹿島台土壌における発現誘導性の検討 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本泰弘
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] IncP-7群プラスミドの分配機構による宿主特異性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHモデル汚染土壌由来のHCH分解菌の単離と解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 府中玄樹
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 芳香族化合物による土壌の汚染化に対する土壌細菌集団の応答 (2009)
  • 著者名/発表者名: 遠藤諒
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Sphingomonas sp. MM-1株のgamma-HCH分解関連プラスミドの構造解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil (2008)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • 学会等名: ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 2008-11-15
• [学会発表] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Nagata
  • 学会等名: ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
  • 発表場所: 東京・中央大学
  • 年月日: 2008-11-15
• [学会発表] Adaptation and evolution of bacteria in natural environments (2008)
  • 著者名/発表者名: Nagata,Y., Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • 学会等名: Memorial Symposium of the 24th International Prize for Biology -Ecology for the Changing World
  • 発表場所: Sendai
• [学会発表] Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids. (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyakoshi, M., H. Nojiri, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp (2008)
  • 著者名/発表者名: Tabata, M, R. Endo, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: MM-1. International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Characterization of the traD operon in IncP-9 plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, R., Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 西山衣里, 宮腰昌利, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 2008年度日本生物工学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 第59回日本土壌微生物学会2008年度大会シンポジウム
  • 発表場所: 静岡
• [学会発表] A. P. Roberts, M. Chandler, P. Courvalin, G. Guedon, P. Mullany, T. Pembroke, J. I. Rood, C. J. Smith, A. O. Summers, and D. E. Berg (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 原核生物由来の可動性遺伝因子の命名法. 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 日本土壌微生物学会2008年度大会
  • 発表場所: 静岡・静岡大学
• [学会発表] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 第60回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1 (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Tabata
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Miyakoshi
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Pseudomonas putida KT2440株のゲノミックアイランドに存在するparAホモログのIncP-7群プラスミドによる転写誘導 (2008)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利
  • 学会等名: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 吹田・大阪大学
• [学会発表] プラスミドの接合伝達に関与する受容菌側因子の同定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 宮崎亮
  • 学会等名: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 吹田・大阪大学
• [学会発表] gamma-HCH分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株のgamma-HCH分解関連プラスミドの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋・名城大学
• [学会発表] モデル土壌の有機塩素系殺虫剤gamma-HCHによる人工的汚染化に関する研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 府中玄樹
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋・名城大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与する受容菌側因子の同定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 宮崎亮
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋・名城大学
• [学会発表] 比較ゲノム解析用ソフトウエアGenomeMatcherの開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋・名城大学
• [学会発表] Pseudomonas putida mt-2由来のTn3型トランスポゾンTn4651のcointegrate-resolutionに関与するシス・エレメントの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 矢野大和
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋・名城大学
• [学会発表] Pseudomonas putida HS1株由来のトルエン分解プラスミドpDK1のゲノム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 長田和也
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋・名城大学
• [学会発表] 土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得-機能発現を指標にした直接的取得- (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: ジオバイオテクノロジー振興会議第7回研究会
  • 発表場所: 大阪・大阪科学技術センター
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 生態系での細菌ゲノム情報発現 -遺伝学的手法を用いた発現遺伝子群の探索- (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行
  • 学会等名: 極限環境微生物学会第8回シンポジウム
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-07-03
• [学会発表] 生態系での細菌ゲノム情報発現-遺伝学的手法を用いた発現遺伝子群の探索- (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 極限環境微生物学会第8回シンポジウム
  • 発表場所: 横浜・東京工業大学
  • 年月日: 2007-07-03
• [学会発表] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 永田裕二
  • 学会等名: 第59回日本生物工学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 東広島
• [学会発表] 培養非依存的手法による土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得 (2007)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 大坪嘉行, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本微生物生態学会第23回大会シンポジウム.
  • 発表場所: 松山
• [学会発表] 環境での微生物ゲノム情報発現 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 2007年度日本農芸化学会中四国・西日本支部合同大会シンポジウム
  • 発表場所: 山口
• [学会発表] Characterization of the traD gene cluster involved in the conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 (2007)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, R., Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: ASM Conference on Pseudomonas 2007
  • 発表場所: Seattle, Washington, USA.
• [学会発表] Functional screening of genes for aromatic ring-hydroxylating oxygenases from soil metagenomic libraries (2007)
  • 著者名/発表者名: Ono, A., Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: Metagenomics2007
  • 発表場所: San Diego, California, USA
• [学会発表] Haloalkane dehalogenases possess two different structural bases for their enantioselectivity (2007)
  • 著者名/発表者名: Prokop, Z., Y. Sato, T. Mozga, P. Jerabek, R. Natsume, J. Florian, M. Tsuda, Y. Nagata, T. Senda, and J. Damborsky
  • 学会等名: BIOTRANS 2007 - 8th International Symposium on Biocatalysis and Biotransformations
  • 発表場所: Oviedo, Spain
• [学会発表] Functional screening of genes for aromatic ring-hydroxylating oxygenases from soil metagenomic libraries (2007)
  • 著者名/発表者名: A. Ono
  • 学会等名: Metagenomics 2007
  • 発表場所: San Diego, USA
• [学会発表] Characterization of the traD gene cluster involved in the conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 (2007)
  • 著者名/発表者名: R. Miyazaki
  • 学会等名: ASM Conference on Pseudomonas 2007
  • 発表場所: Seattle, USA
• [学会発表] 環境での微生物ゲノム情報発現 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 2007年度日本農芸化学会中四国・西日本支部合同大会
  • 発表場所: 山口・山口大学
• [学会発表] 培養非依存的手法による土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得 (2007)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 学会等名: 日本微生物生態学会第23回大会
  • 発表場所: 松山・愛媛大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHによる土壌の試験的汚染化に関する研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 府中玄樹
  • 学会等名: 日本微生物生態学会第23回大会
  • 発表場所: 松山・愛媛大学
• [学会発表] カイメン共在細菌メタゲノム中のハロアルカン脱ハロゲン酵素遺伝子相同配列の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 荒井保亮
  • 学会等名: 第59回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 東広島・広島大学
• [学会発表] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 学会等名: 第59回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 東広島・広島大学
• [学会発表] インドの高濃度HCH汚染根圏土壌から取得されたγ-HCH分解資化細菌Sphingomonas sp. MM-1株のγ-HCH分解関与遺伝子群に関する研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗
  • 学会等名: 第59回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 東広島・広島大学
• [学会発表] Genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and the movement of its residing transposons (2006)
  • 著者名/発表者名: Yano, H., C. Garruto, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, P. A. Williams, G. J. Zylsra, and M. Tsuda
  • 学会等名: Plasmid Biology
  • 発表場所: South Lake Tahoe, California, USA
• [学会発表] Exogenous isolation of a plasmid involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane from its contaminated soil (2006)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, R., Y. Sato, M. Ito, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: Plasmid Biology 2006
  • 発表場所: South Lake Tahoe, California, USA
• [学会発表] Genomic and functional analysis of catabolic plasmids and transposons (2006)
  • 著者名/発表者名: Sota, M., E. M. Top, and M. Tsuda
  • 学会等名: Plasmid Biology
  • 発表場所: South Lake Tahoe, California, USA
• [学会発表] Direct isolation of genes and a plasmid for the degradation of γ-hexachlorocyclohexane from contaminated soil (2006)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., M. Ito, R. Miyazaki, G. Fuchu, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • 学会等名: International Symposium on Environmental Biotechnology
  • 発表場所: Leipzig, Germany
• [学会発表] Novel ABC-type transporter genes essential for the γ-hexachlorocyclohexane utilization in Sphingobium japonicum UT26 (2006)
  • 著者名/発表者名: Endo, R., Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
  • 学会等名: International Symposium on Environmental Biotechnology
  • 発表場所: Leipzig, Germany
• [学会発表] Conjugal transfer of PCB/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. KKS102 (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., S. Atobe, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 学会等名: International Symposium on Environmental Biotechnology
  • 発表場所: Leipzig, Germany
• [図書] 微生物の事典 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, メタゲノム(渡邉信, 西村和子, 内山裕夫, 奥田徹, 加来久敏, 広木幹也編)
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] Bacterial class II catabolic transposons In : K. Yoshiki and M. Aoki (eds), "DNA Transposable Elements Research" (2008)
  • 著者名/発表者名: Sota, M., H. Yano, and M. Tsuda
  • 出版者: Nova Science Publishers, Inc., New York, U.S.A
• [図書] 難培養性細菌も研究対象とするメタゲノム解「バイオフィルムの基礎と制御 : 特性・解析事例から形成防止・有効利用まで」 (2008)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, 津田雅孝
  • 出版者: エヌ・ティー・エス社
• [図書] DNA Transposable Elements Research (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Sota
  • 出版者: Nova Science Publishers, Inc., New York, U. S. A.
• [図書] 微生物の事典 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] バイオフィルムの基礎と制御:特性・解析事例から形成防止・有効利用まで (2008)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
• [図書] 土壌環境細菌の比較ゲノム「比較ゲノム学から読み解く生命システム-基本概念から最新ゲノム情報まで-」(藤山秋佐夫監修) (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] 比較ゲノム学から読み解く生命システム-基本概念から最新ゲノム情報まで- (2007)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝
  • 出版者: 秀潤社
• [備考] DNA配列比較ソフトウェアGenomeMatcherの開発と公開
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html