確率的空間埋込法とガウス型大域的最適化の統合によるタンパク質立体構造推定

• 研究課題/領域番号: 18500172
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 感性情報学・ソフトコンピューティング
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 土居 伸二 大阪大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (50217600)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 2,980千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 480千円); 2008年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2007年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2006年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
• キーワード: 距離幾何問題 / 大域的最適化 / 確率アルゴリズム / タンパク質立体構造

研究概要

タンパク質の立体構造を, 構成する原子間距離から効率的に推定する方法を考案した. この方法は, 最適化問題(誤差を最小にする問題)を極めて単純な確率的手法で解くものであり, 大規模なタンパク質の立体構造推定にも応用可能な効率の良いアルゴリズムである.

研究成果

• [雑誌論文] Optimization of Distances for a Stochastic Embedding and Clustering of High-Dimensional Data, Proc. The 23rd International Technical Conference on Circuits/Systems (2008)
  • 著者名/発表者名: N.Nishikawa, S. Doi
  • 雑誌名: Computers and Communications ページ: 1125-1128
  • 査読あり
• [雑誌論文] 確率的埋め込み法によるデータクラスタリング (2008)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告NLP ページ: 39-44
  • NAID: 110006623249
• [雑誌論文] Optimization of Distances for a Stochastic Embedding and Clustering of High-Dimensional Data (2008)
  • 著者名/発表者名: N. Nishikawa, S. Doi
  • 雑誌名: Proc. The 23rd International Technical Conferenceon Circuits/Systems, Computers and Communications 無 ページ: 1125-1128
  • 査読あり
• [雑誌論文] 確率的埋め込み法によるデータクラスタリング (2008)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告NLP 2007-145 ページ: 39-44
  • NAID: 110006623249
• [雑誌論文] Embedding of high-dimensional data in low-dimensional space by a simple stochastic method (2007)
  • 著者名/発表者名: N.Nishikawa, S. Doi, S. Kumagai
  • 雑誌名: Proc. 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems ページ: 325-328
  • 査読あり
• [雑誌論文] 確率的手法による高次元データの低次元埋め込み (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告NLP ページ: 35-40
  • NAID: 110006344208
• [雑誌論文] 確率的手法を用いた高次元データの低次元埋め込み地図の作成 (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗, 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会総合大会講演論文集 ページ: 64-64
  • 査読あり
• [雑誌論文] Embedding of high-dimensional data in low-dimensional space by a simple stochastic method (2007)
  • 著者名/発表者名: N. Nishikawa, S. Doi, S. Kumagai
  • 雑誌名: Proc. 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems 無 ページ: 325-328
  • 査読あり
• [雑誌論文] 確率的手法による高次元データの低次元埋め込み (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告NLP 2007-6 ページ: 23-28
  • NAID: 110006344208
• [雑誌論文] 確率的手法を用いた高次元データの低次元埋め込み地図の作成 (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗, 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会総合大会講演論文集 (印刷中)
• [雑誌論文] 距離幾何学問題における確率的近接データ埋め込み法の拡張 (2006)
  • 著者名/発表者名: 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告NLP ページ: 39-44
  • NAID: 110006163532
• [雑誌論文] Application of Stochastic Proximity Embedding to Distance Geometry Problems (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Kashima, S.Doi, S. Kumagai
  • 雑誌名: Proc. SICE-ICASE International Joint Conference 2006 ページ: 4451-4456
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of Stochastic Proximity Embedding to Distance Geometry Problems (2006)
  • 著者名/発表者名: H.Kashima, S.Doi, S.Kumagai
  • 雑誌名: Proc. SICE-ICASE International Joint Conference 2006 1 ページ: 4451-4456
• [雑誌論文] 距離幾何学問題における確率的近接データ埋め込み法の拡張 (2006)
  • 著者名/発表者名: 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告 NLP2006-96 ページ: 39-44
  • NAID: 110006163532
• [学会発表] Optimization of Distances for a Stochastic Embedding and Clustering of High-Dimensional Data (2008)
  • 著者名/発表者名: N. Nishikawa
  • 学会等名: The 23rd International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications
  • 発表場所: Yamaguchi, Japan
  • 年月日: 2008-07-07
• [学会発表] 確率的埋め込み法によるデータクラスタリング (2008)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗
  • 学会等名: 電子情報通信学会非線形問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学学術交流会館
  • 年月日: 2008-02-01
• [学会発表] Embedding of high-dimensional data in low-dimensional space by a simple stochastic method (2007)
  • 著者名/発表者名: N. Nishikawa
  • 学会等名: The 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems
  • 発表場所: Tokushima Japan
  • 年月日: 2007-07-26
• [学会発表] 確率的手法による高次元データの低次元埋め込み (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗
  • 学会等名: 電子情報通信学会非線形問題研究会
  • 発表場所: 広島工業大学広島校舎
  • 年月日: 2007-06-08
• [学会発表] 確率的手法を用いた高次元データの低次元埋め込み地図の作成 (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川尚斗
  • 学会等名: 電子情報通信学会総合大会
  • 発表場所: 名城大学天白キャンパス
  • 年月日: 2007-03-21
• [学会発表] 距離幾何学問題における確率的近接データ埋め込み法の拡張 (2006)
  • 著者名/発表者名: 加嶋浩之
  • 学会等名: 電子情報通信学会非線形問題研究会
  • 発表場所: 北海道湯の川温泉KKRはこだて
  • 年月日: 2006-12-13
• [学会発表] Application of Stochastic Proximity Embedding to Distance Geometry Problems (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Kashima
  • 学会等名: SICE-ICASE International Joint Conference, Bexco
  • 発表場所: Busan, Korea
  • 年月日: 2006-10-19