| 研究課題/領域番号 |
18500226
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 鳥取大学 |
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研究代表者 |
網崎 孝志 鳥取大学, 医学部, 教授 (20231996)
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| 研究分担者 |
藤原 伸一 鳥取大学, 医学部, 助教 (00362880)
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| 研究期間 (年度) |
2006 – 2008
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| 研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
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| 配分額 *注記 |
4,400千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 900千円)
2008年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2007年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2006年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
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| キーワード | コンピュータシミュレーション / 分子動力学 / 分子動力学計算 / 生体超分子系 / 周期境界条件 / 高速多重極法 / 反作用場法 |
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| 研究概要 |
コンピュータ上での分子シミュレーションは、生命現象の分子レベルでの研究において、ひとつの科学実験の手段として認識されつつある。生理現象の根幹的役割を担う分子機械は、蛋白質や生体膜の集合体である。このため、現在主流の計算法では、周期的境界条件に起因するアーチファクトの悪影響が危惧される。本研究では、遠くの領域を平均化して三次元の繰り返しによる影響を排除した計算方法を考案し、実際の生体分子に対して適用した。
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