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大腸菌DNA複製に関わるタンパク質の構造的基盤に基づく機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 18570110
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関九州大学

研究代表者

阿部 義人  九州大学, 薬学研究院, 准教授 (60315091)

研究分担者 片山 勉  九州大学, 薬学研究科院, 教授 (70264059)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
4,110千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 510千円)
2007年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2006年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワードDNA複製 / NMR / 蛋白質構造 / 蛋白質間相互作用 / 蛋白質複合体 / 複製開始因子 / タンパク質間相互作用 / NMR解析 / タンパク質構造 / タンパク質複合体
研究概要

今回の我々の目的は、大腸菌の複製開始時に関与する様々な蛋白質の構造解析を行い、その構造をもとに機能を調べることであった、大腸菌のDnaAは分子量約57kDa塩基性タンパク質であり、四つの機能ドメインからな。N末端のドメインl-IIは、DnaAのオリゴマー化、DnaBとの相互作用に寄与しているがいまだその立体構造は解かれていない。そこで我々は、DnaAドメインI-IIの構造解析を行い、さらには、DnaAのオリゴマー化部位、DnaBとの相互作用部位の解析を行う計画あった。本計画に基づき、我々は大腸菌DnaAドメインI-II(1〜107)の大腸菌発現系を構築し、NMR測定条件を見いだした。さらに複製開始制御因子DnaAのドメインI-IIのNMRによる帰属を行った。一部のアミノ酸を除きほとんどすべての主鎖、側鎖の帰属が完了した(Bio NMR assignment 2007)。またDnaAのドメインl-IIの立体構造をNMRを用いて解析した。さらには、DnaAのオリゴマー化部位の同定を行い、ドメインlが一本鎖DNAと弱いながらも結合することを見いだした。さらに立体構造をもとに変異体の作成を行い、一本鎖DNAの相互作用部位にあるGlu21の変異体がDnaBのloadingを抑制することで、複製開始阻害を行うことが明らかになった(J.Biol.Chem.2007)。本報告はJBCのPapers of the weekに選出され、表紙に掲載された。
一方で、DnaA分解に関与するヒートショック蛋白質HSPQ、細抱分裂再活性化因子CedA、およびプライモソーム複合体構成因子PriBの相互作用・機能解析を行った。これらの結果の一部は学会に発表しており、近日中に論文として報告する予定である。

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2009 2007 2006 その他

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (12件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Assignment of 1^H,13^C and 15^N resonances of N-teminal Domain of DnaA protein2007

    • 著者名/発表者名
      Abe Y., et. al.
    • 雑誌名

      Biomoleculaz NMR assignment 1

      ページ: 57-9

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and function of DnaA N-teminal domains:specific sites and mechanisms in inter-DnaA interaction and in DnaB helicase loading on oriC2007

    • 著者名/発表者名
      Abe Y., et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemstry 282

      ページ: 17816-17827

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Stucture of Tapes japonica Lysozyme with Substrate Analogue:STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND MANIFESTATION OF ITS CHITINASE ACTIVITY ACCOMPANIED BY QUATERNARY STRUCTURAL CHANGE2007

    • 著者名/発表者名
      Goto T., et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemstry 282

      ページ: 27459-27467

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and function of DnaA N-terminal domains : specific sites and mechanisms in inter-DnaA interaction and in DnaB helicase loading on oriC2007

    • 著者名/発表者名
      Abe, Y., Jo, T., Matsuda, Y., Matsunaga, C., Katayama, T., Ueda, T
    • 雑誌名

      Journal of biological chemistry 282

      ページ: 17816-27

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Assignment of ^1H,^<13>C and ^<15>N resonances of N-terminal Domain of DnaA protein.2007

    • 著者名/発表者名
      Abe, Y., Watanabe, N., Yoshida, Y., Ebata, F., Katayama, T., Ueda, T
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR assignment 1

      ページ: 57-9

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystal Structure of Tapes japonica Lysozyme with Substrate Analogue : STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND MANIFESTATION OF ITS CHITINASE ACTIVITY ACCOMPANIED BY QUATERNARY STRUCTURAL CHANGE2007

    • 著者名/発表者名
      Goto, T., Abe, Y., Kakuta, Y., Takeshita, K., Imoto, T., Ueda, T
    • 雑誌名

      Journal of biological chemistry 282

      ページ: 27459-67

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Assignment of ^1H,_^<13>C and _^<15>N resonances of N-terminal Domain of DnaA protein2007

    • 著者名/発表者名
      Abe Y., et. al.
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR assignment 1

      ページ: 57-9

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and function of DnaA N-terminal domains:specific sites and mechanisms in inter-DnaA interaction and in DnaB helicase loading on oriC2007

    • 著者名/発表者名
      Abe Y., et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemstry 282

      ページ: 17816-17827

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of Tapes japollica Lysozyme with Substrate Analogue:STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHAMSM AN MANIFESTATION OF ITS CHITINASE ACTTVTTY ACCOMPANIED BY QUATERNARY STRUCTURAI CHANGE2007

    • 著者名/発表者名
      Goto T., et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemstry 282

      ページ: 27459-27467

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A simple search of TM segments in polytopic membrane plotein using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrolnetry2006

    • 著者名/発表者名
      Abe Y., et. al.
    • 雑誌名

      Protein & Peptide Letter 13

      ページ: 761-767

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of oxidized methionie sites in erythlocyte membrane protein by liquidchromatography/electrospray ionization mass spectrometry peptide mapping2006

    • 著者名/発表者名
      Li C., et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 12117-12124

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of oxidized methionine sites in erythrocyte membrane protein using LC/ESI MS peptide mapping2006

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Takazaki, S., Jin, X., Kang, D., Abe, Y., Hamasaki, N
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 12117-124

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A simple search of TM segments in polytopic membrane protein using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry2006

    • 著者名/発表者名
      Abe, Y., Hamasaki, T., Turusaki, S., Takazaki, S., Jin, X., Kang, D., Hamasaki, N
    • 雑誌名

      Protein & Peptide Letters 13

      ページ: 761-67

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A simple search of TM segments in polytopic membrane protein using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.2006

    • 著者名/発表者名
      Abe Y.et al.
    • 雑誌名

      Protein & Peptide Letter 13

      ページ: 761-767

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of oxidized methionine sites in erythrocyte membrane protein by liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry peptide mapping.2006

    • 著者名/発表者名
      Li C.et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of N-terminal domain of DnaA, replication initiator2009

    • 著者名/発表者名
      Abe, Y., Watanabe, N., Katayama, T., Ueda, T
    • 学会等名
      Molecular biology forum
    • 発表場所
      Naaova
    • 年月日
      2009-12-07
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 細胞分裂阻害再活性化因子CedAのDNAとの結合に関する解析2007

    • 著者名/発表者名
      三好 孝法、阿部 義人, その他
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      宮崎
    • 年月日
      2007-05-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 細胞分裂阻害再活性化因子CedAの構造・機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      阿部 義人、渡邊 典子, その他
    • 学会等名
      バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2007-05-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Analysis of DNA binding to CedA, cell division reactivater2007

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi, T., Abe, Y., Katayama, T., Ueda, T
    • 学会等名
      Japan Biochemical Society Kyushu Branch
    • 発表場所
      Miyazaki
    • 年月日
      2007-05-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 大腸菌複製開始因子DnaAのN末ドメインの構造解析2006

    • 著者名/発表者名
      阿部 義人、渡邊 典子, その他
    • 学会等名
      2006年分子生物学フォーラム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2006-12-07
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 大腸菌複製開始タンパク質DnaAのN末ドメインの変異体解析2006

    • 著者名/発表者名
      城尭 彬、阿部 義人, その他
    • 学会等名
      2006年分子生物学フォーラム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2006-12-07
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Mutation analysis of N-terminal domain of DnaA, replication initiator2006

    • 著者名/発表者名
      Jo, T., Abe, Y., Katayama, T., Ueda, T
    • 学会等名
      Molecular biology forum
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2006-12-07
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structure and function analysis of DNA binding to CedA, cell division reactivater2006

    • 著者名/発表者名
      Abe, Y., Watanabe, N., Matsuda, Y., Yoshida, Y., Katayama, T., Ueda, T
    • 学会等名
      Biomedical Analytical Science Symposium
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2006-08-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural Analysis and Molecular Interaction of a Cell Division Reactivation Factor,CedA,from Escherichia coli2006

    • 著者名/発表者名
      Abe Y., et. al.
    • 学会等名
      20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2006-06-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural Analysis and Molecular Interaction of a Cell Division Reactivation Factor, CedA, from Escherichia coli2006

    • 著者名/発表者名
      Abe, Y., Watanabe, N., Matsuda, Y., Yoshida, Y., Katayama, T., Ueda, T
    • 学会等名
      20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2006-06-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] NMRを用いた大腸菌プライモソーム構成因子PriBとDNAとの相互作用解析2006

    • 著者名/発表者名
      竹縄 太一、阿部 義人, その他
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2006-05-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] NMR analysis of the interaction between single stranded DNA and PriB, the Primosome component2006

    • 著者名/発表者名
      Takenawa, T., Shioi, S., Abe, Y., Katayama, T., Ueda, T
    • 学会等名
      Japan Biochemical Society Kyushu Branch
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2006-05-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [備考] 「研究成果報告書概要(和文)」より

    • URL

      http://210.233.60.66/~meneki/

    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [備考] 研究室のホームページ

    • URL

      http://210.233.60.66/~meneki/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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