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枯草菌レスポンスレギュレーターDegUと標的遺伝子プロモーターとの相互作用の解析

研究課題

研究課題/領域番号 18580082
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用微生物学
研究機関東海大学

研究代表者

小倉 光雄  東海大学, 海洋研究所, 教授 (80204163)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
4,010千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 510千円)
2007年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2006年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
キーワード枯草菌 / 2成分制御系 / 走化性 / DNA結合 / リン酸 / 遺伝子発現 / 転写因子 / リン酸化
研究概要

枯草菌のレスポンスレギュレーターDegUと対になるセンサーキナーゼDegSは、いわゆる2成分制御系を構成している。DegU支配下にある遺伝子sacB, bpr, fla/cheについて、各種の欠失と塩基置換をプロモーターに持つlacZ fusionを作成し、発現を調べた。さらに、リン酸化型DegUを精製し、footprint実験を行ったところ、以下の知見を得た。DegUはcomKプロモーターではGNCATTTAが逆向きに繰り返した配列に結合する。sacBでは、GNCATTTA配列が直列に2回繰り返した配列がリン酸化型DegUによる制御にとって重要だった。bprには、この2回直列繰り返し配列が3組あり、いずれもリン酸化型DegUによる制御に重要だった。さらに本研究で、fla/cheは、非リン酸化型DegUによって正に制御されている事が見いだされた。非リン酸化型DegUはfla/cheの制御領域に存在する2カ所の配列(BR1;binding region 1とBR2)に結合した。両方の配列ともGNCATTTAの逆向き繰り返し配列だった。興味深い事に、BR1へのDgUの結合はリン酸化していないときのみに観察され、DegSによりDegUをリン酸化するとBR1への結合が解除された。BR2にはこの傾向は見られず、リン酸化の有無にかかわらず結合が観察された。DegUはリン酸化されるとsacB, bprを含む多くの遺伝子を活性化し、リン酸化されていないとcomKとfla/cheを活性化する。従って、リン酸化型DegUと非リン酸化型DegUがどのようにして標的を区別しているか?という問題は、DegU認識配列の配置の違いにあると考えられた。すなわち、非リン酸化型DegUはhead-to-head型の逆向き繰り返し配列を認識し、リン酸化型DegUは直列に配置されたGNCATTTA配列を認識して結合する。この考えを検証するため、sacBの直列2回繰り返し配列をcomK型のhead-to-head型逆向き繰り返し配列に改変したプロモーターlacZ fusionを作成した。すると、改変型sacB-lacZ fusionはdegSを破壊してもdegS+の場合の80%程度発現した。この事は、改変型fusionの発現はリン酸化型DegUではなく、非リン酸化型DeUに依存するようになった事を意味するので、上記仮説が検証されたと考えられる。

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (25件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (16件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Identification of the sequences recognized by the Bacillus subtilis response regulator YrkP2008

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Ohsawa, T., and Tanaka, T.
    • 雑誌名

      Bioscience Biotechnology and Biochemistry 72

      ページ: 186-196

    • NAID

      10027523358

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of DegU-dependent expression of bpr in Bacillus subtilis2008

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K., and Ogura, M.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters 280

      ページ: 8-13

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Promoter selectivity of the Bacillus subtilis response regulator DegU,a positive regulator of the fla/che operon and sacB2008

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K., and Ogura, M.
    • 雑誌名

      BMC Microbiology 8

      ページ: 8-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of the sequences recognized by the Bacillus subtilis response regulator YrkP2008

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Ohsawa, T., Tanaka, T
    • 雑誌名

      Bioscience Biotechnology and Biochemistry 72

      ページ: 186-196

    • NAID

      10027523358

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Characterization of DegU-dependent expression of bpr in Bacillus subtil2008

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K., Ogura, M
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters 280

      ページ: 8-13

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Promoter selectivity of the Bacillus subtilis response regulator DegU, a positive regulator of the flalche operon and sacB2008

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K, Ogura, M
    • 雑誌名

      BMC Microbiology 8

      ページ: 8-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of the sequences recognized by the Bacillus sublilis response regulator YrkP2008

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Ohsawa, T., and Tanaka, T.
    • 雑誌名

      Biosci. Biotech. Biochem. 72

      ページ: 186-196

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of DegU-dependent expression of bpr in Bacillus subtilis2008

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K., and Ogura, M.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol. Lett. 290

      ページ: 8-13

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Promoter selectivity of the Bacillus subtilis response regulator DegU,apositive regulator of the fla/che operon and sacB2008

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K., and Ogura, M.
    • 雑誌名

      BMC Microbiology 8

      ページ: 8-8

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 枯草菌Rap-Phr系による細胞間コミュニケーション2007

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄
    • 雑誌名

      化学と生物 45

      ページ: 744-746

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis rapD,a direct target of transcription repression by RghR,negatively regulates srfA expression2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., and Fujita Y.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters 268

      ページ: 73-80

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Bacillus subtilis NatK-NatR two-component system regulates expression of the natAB operon encoding an ABC transporter for sodium ion extrusion2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Tsukahara, K., Hayashi, K., and Tanaka, T.
    • 雑誌名

      Microbiology 153

      ページ: 667-675

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell-cell communication by Rap-Phr system in B. subtilis2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M
    • 雑誌名

      Kagaku to Seibustu 45

      ページ: 744-746

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis rapD, a direct target of transcription repression by RghR, negatively regulates srfA expression2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Fujita, Y
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters 268

      ページ: 73-80

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Bacillus subtilis NatK-NatR two-component system regulates expression of the natAB operon encoding an ABC transporter for sodium ion extrusion2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Tsukahara, K., Hayashi, K, Tanaka, T
    • 雑誌名

      Microbiology 153

      ページ: 667-675

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Competence development : extracellular regulation and the emergence of bistability2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M
    • 雑誌名

      Global regulatory network in Bacillus subtilis

      ページ: 127-188

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Global regulatory network2007

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄
    • 雑誌名

      Bacillus subtilis, Competence development:extracellular regulation an

      ページ: 172-188

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis rapD, a direct target of transcription repression by RghR, negatively regulates srfA expression.2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Fujita Y.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters 268

      ページ: 73-80

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] The Bacillus subtilis NatK-NatR two-component system regulates expression of the natAB operon encoding an ABC transporter for sodium ion extrusion.2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Tsukahara, K., Hayashi, K., Tanaka, T.
    • 雑誌名

      Microbiology 153

      ページ: 667-675

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Superoxide stress decreases expression of srfA through inhibition of transcription of the comQXP quorum-sensing locus in Bacillus subtilis2006

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, T., Tsukahara, K., Sato, T., and Ogura, M.
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry 139

      ページ: 203-211

    • NAID

      10018847562

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis RghR(YvaN)represses rapG and rapH,which encode inhibitors of expression of the srfA operon2006

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, K., Tsukahara, K., Kobayashi, K., Ogasawara, N., and Ogura, M.
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology 59

      ページ: 1714-1729

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Superoxide stress decreases expression of srfA through inhibition of transcription of the cornQXP quorum -sensing locus in Bacillus subtilis2006

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, T., Tsukahara, K, Sato, T., Ogura, M
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry 139

      ページ: 203-211

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis RghR(YvaN) represses rapG and rapH, which encode inhibitors of expression of the srfA operon2006

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, K, Tsukahara, K, Kobayashi, K, Ogasawara, N., Ogura, M
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology 59

      ページ: 1714-1729

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Superoxide stress decreases expression of srfA through inhibition of transcription of the comQXP quorum-sensing locus in Bacillus subtilis.2006

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, T., Tsukahara, K., Sato, T., Ogura, M.
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry 139

      ページ: 203-211

    • NAID

      10018847562

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis RghR (YvaN) represses rapG and rapH, which encode inhibitors of expression of the srfA operon.2006

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, K., Tsukahara, K., Kobayashi, K., Ogasawara, N., Ogura, M.
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology 59

      ページ: 1714-1729

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] 枯草菌レスポンスレギュレーターDegUの自己制御系2008

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄
    • 学会等名
      第2回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      大阪大学コンベンションセンター
    • 年月日
      2008-03-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Autoregulation system of B. subtilis response regulator DegU2008

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M
    • 学会等名
      Second Conference of Society for Genome Microbiology Japan
    • 発表場所
      Ohsaka
    • 年月日
      2008-03-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] The NatK-NatR two-component system regulates expression of the natAB operon encoding an ABC transporter for sodium ion extrusion2007

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄, 塚原 健介, 林 健太郎, 田中 暉夫
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa,Italy
    • 年月日
      2007-06-25
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] The NatK-NatR natAB two-component system regulates expression of the operon encoding an ABC transporter for sodium ion extrusion2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Tsukahara, K, Hayashi, K, Tanaka, T
    • 学会等名
      Fourth Conference on Functional Genomics of Gram-positive Microorganisms
    • 発表場所
      Italy
    • 年月日
      2007-06-25
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 枯草菌レスポンスレギュレーターDegUのDegSによるリン酸化は標的プロモーターへの結合を増強する2007

    • 著者名/発表者名
      大沢 拓, 塚原 健介, 小倉 光雄
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      東京農業大学
    • 年月日
      2007-03-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Phosphorylation of B. subtilis response regulator DegU by DegS enhances its binding to the target Promoters2007

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, T., Tsukahara, T., Ogura, M
    • 学会等名
      Conference of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agrochemistry
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2007-03-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 枯草菌のリン酸化型DegUによる標的遺伝子発現制御機構2007

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄
    • 学会等名
      第1回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      上総アカデミアセンター
    • 年月日
      2007-03-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Regulation mechanisms of expression of DegU-P-regulated genes in B. subtilis2007

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M
    • 学会等名
      First Conference of Society for Genome Microbiology Japan
    • 発表場所
      Chiba
    • 年月日
      2007-03-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] リン酸化型DegUによる枯草菌のPGA合成酵素遺伝子pgsBの発現制御2006

    • 著者名/発表者名
      大沢 拓, 塚原 健介, 小倉 光雄
    • 学会等名
      分子生物学会フォーラム
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2006-12-07
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Regulation of expression of the B. subtilis PGA synthetase gene pgsB by phosphorylated DegU2006

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, T., Tsukahara, K., Ogura, M
    • 学会等名
      Molecular Biology Society of Japan Forum 2006
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2006-12-07
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ポリグルタミン酸による排水浄化についての研究2006

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄, 長澤 寛道, 作田 庄平
    • 学会等名
      漢方医薬研究振興財団研究発表会
    • 発表場所
      東海大学校友会館
    • 年月日
      2006-10-28
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Clean up of sewage by using poly-gamma glutamate2006

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Nagasawa, K., Sakuda, S
    • 学会等名
      Conference of Kanpou Science Foundation
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2006-10-28
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] γPGA合成酵素遺伝子発現とγPGA生産のDegU,DegQ,SwrAによる制御2006

    • 著者名/発表者名
      塚原 健介, 大沢 拓, 小倉 光雄
    • 学会等名
      グラム陽性細菌のゲノム生物学研究会
    • 発表場所
      立教大学
    • 年月日
      2006-09-01
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Expression of pgsB and production of PGA are regulated by DegU, DegQ and SwrA2006

    • 著者名/発表者名
      Tsukahara, K., Ohsawa, T., Ogura, M
    • 学会等名
      Meeting of Genome Biology on Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2006-09-01
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] A genome-wide screening of the Bacillus subtilis competence gene set2006

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄, 田中 暉夫, 藤田 泰太郎, 山根 国男, 佐藤 勉, 小林 和夫, 小笠原 直毅
    • 学会等名
      20th International Congress of Biochemistry and Molecular Biololgy
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 年月日
      2006-06-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] A genome-wide screening of the Bacillus subtilis competence gene set2006

    • 著者名/発表者名
      Ogura, M., Tanaka, T., Fujita, Y., Yamane, K, Sato, T., Kobayashi, K., Ogasawara, N
    • 学会等名
      20th International Congress of Biochemistry and Molecular Biology
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2006-06-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [図書] Global regulatory network in Bacillus subtilis2007

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄
    • 出版者
      Transworld Research Network,Kerala,India
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [図書] Global regulatory network in Bacillus subtilis.2007

    • 著者名/発表者名
      小倉 光雄
    • 出版者
      Competence development:extracellular regulation and the emergence of bistability.
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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