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動態を考慮した創薬研究のためのトランスポータリガンドの三次元ファーマコフォア解析

研究課題

研究課題/領域番号 18590037
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 物理系薬学
研究機関北里大学

研究代表者

広野 修一  北里大学, 薬学部, 教授 (30146328)

研究分担者 合田 浩明  北里大学, 薬学部, 准教授 (60276160)
松下 泰雄  北里大学, 薬学部, 講師 (40050653)
山乙 教之  北里大学, 薬学部, 助教 (60230322)
中込 泉  北里大学, 薬学部, 助教 (30237242)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,980千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 480千円)
2007年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2006年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワード三次元定量的構造活性相関 / Ligand-Based Drug Design / トランスポータ / 三次元ファーマコフォア / 薬物動態 / in silico screening
研究概要

医薬品開発の初期の段階から薬物動態の最適化を考慮することは、創薬の効率化の上で重要である。薬物トランスポータ群は、消化管、脳、肝臓、腎臓など様々な組織の細胞膜上に発現して、薬物の輸送に重要な役割を果たしているため、トランスポータリガンドの3次元ファーマコフォアを同定し、トランスポータ・リガンド相互作用を解析することは、現代の合理的医薬品開発におけるキーポイントである。本研究では、当研究室で開発したligand-based drug design手法を活用して、human Organic Cation Transpoter 1(hOCT1)のリガンドに関する3次元定量的構造活性相関(3D-QSAR)解析を行い、他の手法から得られた3D-QSARモデルとの比較研究を行った。その結果、我々の手法を用いた解析により、良好な統計値(q^2値)をもつ3D-QSARモデルを得ることができた。今回同定されたhOCT1リガンドの3次元ファーマコフォアは、水素結合供与性原子団1個、疎水性原子団3個であった。この3次元ファーマコフォアは他手法から得られた結果と同様であったが、モデルの質を検証するデータセットに対しては、本研究から得られた3D-QSARモデルが他手法を用いて構築されたQSARモデルよりも統計的にかなり良いという結果になった。このことから、今回の3D-QSARモデルは、多種多様な構造を持つ(同族化合物ではない)化合物群に対しても高い活性予測能を有する良質の3D-QSARモデルであると考えられる。

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] A Possible Role of Multidrug-Resistance-Associated Protein 2 (Mrp2) in Hepatic Excretion of PCB 126,an Environmental Contaminant:PBPK/PD Modeling2008

    • 著者名/発表者名
      Manupat Lohitnavy, et. al.
    • 雑誌名

      Toxicological Sciences 104

      ページ: 27-39

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] イン・シリコ創薬技術に基づく合理的薬剤分子設計2008

    • 著者名/発表者名
      広野 修一
    • 雑誌名

      薬剤学 68

      ページ: 107-115

    • NAID

      10025719980

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A Possible Role of Multidrug-Resistance-Associated Protein 2(Mrp2)in Hepatic Excretion of PCB126, an Environmental Contaminant : PBPK/PD Modeling2008

    • 著者名/発表者名
      Manupat, Lohitnavy, et. al.
    • 雑誌名

      Toxicological Sciences (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Conformational behavior of oxygenated mycobacterial mycolic acids from Mycobacterium bovis BCG2007

    • 著者名/発表者名
      Villeneuve M, et. al.
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta 1768

      ページ: 1717-1726

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 第4章4 トランスポーターの3D-QSAR解析2007

    • 著者名/発表者名
      広野 修一
    • 雑誌名

      最新創薬学2007(杉山雄一編), 株式会社メディカルドゥ

      ページ: 303-303

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Conformational behavior of oxygenated mycobacterial mycolic acids from Mycobacterium bovis BCG2007

    • 著者名/発表者名
      Villeneuve, M., et. al.
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta 1768(7)

      ページ: 1717-1726

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A Possible Role of Multidrug-Resistance-Associated Protein 2(Mrp2) in Hepatic Excretion of PCB126,an Environmental Contaminant:PBPK/PD Modeling2007

    • 著者名/発表者名
      Manupat Lohitnavy, et. al.
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta 1768

      ページ: 1717-1726

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design,Synthesis,and evaluation of potent,structurally novel peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) d-Selective agonists2007

    • 著者名/発表者名
      Jun-ichi Kasuga, et. al.
    • 雑誌名

      Bioorganic&Medicinal Chemistry 15

      ページ: 5177-5190

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel phosphatidylinositol-3-kinase inhibitor, ZATK474, with potent antitumor activity and low toxicity2006

    • 著者名/発表者名
      Yaguchi S., Fukui Y., Koshimizu I., Yoshimi H., Matsuo T., Gouda H., Hirono S., Yamazaki K., Yamori T
    • 雑誌名

      J. the National Cancer Institute 98(8)

      ページ: 545-556

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Three-dimensional solution structure of EM703 with potent promoting activity of monocyte-to-macrophage differentiation2006

    • 著者名/発表者名
      Gouda H., Sunazuka T., Yoshida K., Sugawara A., Sakoh Y., Omura S., Hirono S.
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 16(9)

      ページ: 2496-2499

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Lariatins, Antimycobacterial Peptides Produced by Rhodococcus sp. K101-B0171, Have a Lasso Structure2006

    • 著者名/発表者名
      Iwatsui M., Tomoda H., Uchida R., Gouda H., Hirono S., Omura S.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 128(23)

      ページ: 7486-7491

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] SYBYL Zapプログラムを用いたMM/PBSA結合自由エネルギー計算によるドッキングポーズ選択の有効性2007

    • 著者名/発表者名
      山乙 教之、木村 敏郎、広野 修一
    • 学会等名
      第35回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2007-11-16
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Ligand-Based Drug Design手法を用いた3D-QSAR解析:ヒトとラットOCT1を中心に2006

    • 著者名/発表者名
      広野 修一
    • 学会等名
      第21回日本薬物動態学会
    • 発表場所
      東京(船堀)
    • 年月日
      2006-11-30
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Estimation of the three-dimensional pharmacophores and binding conformations regarding ligands to human OCT1 and those to rat OCT1 using ligand-based drug design methods2006

    • 著者名/発表者名
      Hirono, S., Sone, D., Nakagome, I
    • 学会等名
      The 16th European Symposium on QSAR and Modelling
    • 発表場所
      Italy
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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