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粘菌アルゴリズム:制約条件付き最適化問題の生物模倣型解法

研究課題

研究課題/領域番号 18650054
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 感性情報学・ソフトコンピューティング
研究機関北海道大学

研究代表者

中垣 俊之  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (70300887)

研究分担者 小林 亮  広島大学, 理学研究科, 教授 (60153657)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,300千円 (直接経費: 3,300千円)
2007年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2006年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
キーワード粘菌 / ネットワーク / 輪送ネットワーク / スタイナー問題 / 最短経路探索 / 生物計算 / 細包ダイナミクス / 組み合わせ最適化 / 輸送ネットワーク / 最短経路 / 細胞ダイナミクス / 組合わせ最適化
研究概要

アメーバ生物である粘菌変形体は、何ら分化した器官を持たないので、環境のセンシング・判断・運動を体全体で渾然一体となって行う。感じる体、判断する体である。その体は高度に均質なサブシステムからなっている。したがって、均質な要素からなる系の集団運動から情報機能が創発するしくみを解明するにはまたとないモデル系である。この利点を最大限に活かして、粘菌の最適化アルゴリズムの抽出に取り組み、以下の成果を得た。
1)小さい餌場所を数個程度あちこちに配置すると粘菌はネットワーク形態を成して全ての餌場所にありついた。このネットワークは、全長が短くなるような性質を有しており、時々、真に最短なルートしめした。これにヒントを得て、一般的なスタイナー問題(平面上に任意の個数の点が任意の場所にある場合、全ての点を結ぶ最短経路を求める問題)を解く計算法を考案し、パラメタサーチと性能評価をくりかえし、ソルバーを提案できた。
2)都市間交通(道路や鉄道など)ネットワークの持つべき性質である、全長の最短性、任意の二つの餌場所間の連絡性、事故による管の断線に対する連結補償性に関して、これら三つの性質の重みを変えて自在に設計するような粘菌型計算法を提案できた。
粘菌の計算能力はまだまだ底が知れないこともわかった。今後、この実験系をさらに利用することにより、新たな生物型計算法のヒントが得られるものと期待できる。そのような発展的糸口を与えることが、本萌芽研究により成し遂げられた。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] A method inspired by Physarum for solving the Steiner problem2008

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tero, et. al.
    • 雑誌名

      International Journal of Unconventional Computing (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Flow-network adaptation in Physarum amoebae2008

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tero, et. al.
    • 雑誌名

      Theory in Bioscience 127

      ページ: 89-94

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Failure to the shortest path decision of an adaptive transport network with double edges in Plasmodium system2008

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Miyaji, et. al.
    • 雑誌名

      International Journal of Dynamical Systems and Differential Equations (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intelligent behaviors of amoeboid movement based on complex dynamics of soft matter2008

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • 雑誌名

      Soft Matter 4

      ページ: 57-67

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Minimum-risk path finding by an adaptive amoebal network2007

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • 雑誌名

      Physical Review Letters 99

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of amount of food on path selection in the transport network of an amoeboid organsim2007

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • 雑誌名

      Proceedings of Int. Symp. On Topological Aspects of Critical Systems and Networks

      ページ: 94-100

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mathematical model for rhythmic amoeboid movement in the true slime mold2007

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tero, Ryo Kobayashi, Toshiyuki Nakagaki
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology 244

      ページ: 553-564

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Mathematical model for rhythmic amoeboid movement in the true slime mold2006

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kobayashi, Atsushi Tero, Toshiyuki Nakagaki
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology 53

      ページ: 273-286

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 粘菌の作る輸送ネットワークのダイナミクス2006

    • 著者名/発表者名
      中垣俊之, 手老篤史, 小林亮
    • 雑誌名

      第21回生体・生理工学シンポジウム論文集

      ページ: 97-100

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical Synchronization in True Slime Mold -Maze Solving Amoeba-2007

    • 著者名/発表者名
      R. Kobayashi, et. al.
    • 学会等名
      The 23rd Symposium of the Society of Population Ecology
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル、日本
    • 年月日
      2007-10-20
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Optimization in an amoeboid system -Networking multiple food-locations-2007

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • 学会等名
      European Conference on Complex Systems
    • 発表場所
      ドレスデン工科大学、ドイツ
    • 年月日
      2007-10-01
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] A Biologically Motivated Shortest Path Finding Algorithm2007

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kobayashi, et. al.
    • 学会等名
      Mathematical Modeling and Analysis in Biological and Chemical Systems
    • 発表場所
      Institut des Hautes Etudes Scientifiques、フランス
    • 年月日
      2007-09-04
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Cell behaviors in hetergeneous media in an amoeba of true slime mold2007

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • 学会等名
      6th Int Congress on Industrial and Applied mathematics
    • 発表場所
      連邦工科大学、スイス
    • 年月日
      2007-07-18
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Solving network problem by amoeba: dynamics and computation2007

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • 学会等名
      Conference on Unconventional Computing
    • 発表場所
      Univ. of the west of England、連合王国
    • 年月日
      2007-07-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Modeling of the adaptive network of true slime mold2007

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tero, et. al.
    • 学会等名
      SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems
    • 発表場所
      Snowbird Cliff Lodge, USA
    • 年月日
      2007-05-31
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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