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mRNAの1次塩基配列と2次構造予測に基づくsiRNA設計アルゴリズムの開発研究

研究課題

研究課題/領域番号 18651098
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関名古屋大学

研究代表者

大野 欽司  名古屋大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80397455)

研究分担者 市原 正智  中部大学, 生命健康科学部, 教授 (00314013)
研究期間 (年度) 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2006年度: 3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
キーワードsiRNA / prediction / mRNA secondary structure / least square linear fitting
研究概要

本研究では、標的mRNAの1次元塩基配列情報と2次構造解析結果を組み合わせ、より高い確度で予測可能なsiRNAの設計アルゴリズムを構築することである。Hueskenらに報告された2431個のsiRNAの結果に、least square linear fittingを行いより簡便で効果的な予測法を構築しi-Scoreとした。また他の報告より得られた419個のsiRNAの結果に当てはめi-ScoreとHueskenらのBiopredsiがほぼ同程度の予測法であることを実証した。次にReynolds, Ui-Tei, Amarzguioui, Katoh, Hsieh, Takasakiらの予測法とも厳密に比較し、i-Scoreの優れた予測効率を明らかにした。さらに2次構造を加味して、より正確な予測を試みる過程で、siRNA2本鎖間の結合性を示すwhole dGの値を検討し、相関係数を0.7以上に向上させることが可能であることを見いだした。さらに、我々の開発したSELL/pDualの検証系を用いてこれらを実証した。こうした結果は現在投稿準備中である。次にこれらの検証の過程で観察された、標的配列としてSELLを用いた場合と、cDNAの場合における効果の違いがどの様な要因に起因するかを検討した。標的ベクターに挿入する配列に含まれる5個のAおよびTストレッチにより形成されるループ構造が効果的なsiRNA効果に寄与していると推測し、その欠失体を形成し検討し予想にほぼ一致した結果が得られた。また合成型siRNAの濃度を変化させて抑制効果を検討した結果、pDualにより生成されるsiRNAは、通常合成型を導入する場合の約1/10程度の濃度に該当することが示された。この結果はより低濃度のsiRNAは2次構造影響を強く受けることが示唆された。

報告書

(1件)
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2006 その他

すべて 雑誌論文 (3件)

  • [雑誌論文] RET and neuroendocrine tumors2006

    • 著者名/発表者名
      Murakumo Y
    • 雑誌名

      Pituitary 9

      ページ: 179-192

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Dok-4 regulates GDNF-dependent neurite outgrowth through downstream activation of Rap1 and mitogen-activated protein kinase2006

    • 著者名/発表者名
      Uchida M
    • 雑誌名

      J Cell Sci 119

      ページ: 3067-3077

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Sprouty2 Regulates Growth and Differentiation of Human Neuroblastoma Cells through RET tyrosine kinase

    • 著者名/発表者名
      Ishida M
    • 雑誌名

      Cancer Science (in press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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