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生物に学ぶ動的ネットワーク最適化問題の研究

研究課題

研究課題/領域番号 18654022
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 数学一般(含確率論・統計数学)
研究機関広島大学

研究代表者

小林 亮  広島大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60153657)

研究分担者 中垣 俊之  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (70300887)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,200千円 (直接経費: 3,200千円)
2007年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
2006年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
キーワード真正粘菌 / 変形体 / 最短経路探索問題 / Physarum / Physarum Solver / スタイナー問題 / NP完全 / カーナビゲーション
研究概要

真正粘菌変形体は原始的な神経系さえ持たない、単純な体制を持った多核単細胞生物であるが、迷路を解いたり最短経路問題を解く能力があることが、中垣らによって示されている。彼らが迷路を解く際には最終的なルートに管を残すという形を取るが、単純に迷路を解くというだけでなく、餌の量の多さによって多重にルートを残したり、単独の管を残したりと、状況に応じた反応をしている。我々はこのことを実験的に明らかにし、それを再現する数理モデルを提出した。
また、真正粘菌変形体は多くの餌を提示された場合には、それらをできるだけ総長が短い経路でつなぐが、これは数理的にいえばスタイナー問題を近似的に解いていることに他ならない。NP完全問題であるスタイナー問題は、最短経路探索問題よりも遙かに困難な問題であり、まともに解けば計算時間の指数的発散という問題に直面するわけであるが、ここでも真正粘菌変形体は「知性」を発揮している。我々はPhysarum Solverを以下のように拡張することにより、スタイナー問題を近似的に解く方法を開発した。まず与えられた点を含む凸包を細かいネットワークで覆い、短い時間間隔ごとに2頂点のペアをランダムに選び(実際はまず一方を選び、他方はそれからなるべく遠い頂点を選ぶ)、それにPhysarum Solverを適用するのである。このようにすると、スタイナー最小木ではないが、それと位相的に等価な経路を求めることができる。これを元にスタイナー点の位置を緩和することにより、スタイナー最小木に到達できるのである。少なくとも正解がわかる程度に頂点数が少ない場合についてはほぼ確実に正解に到達することがシミュレーションによって確かめられた。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2007 2006

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Minimum-risk path finding by an adaptive amoebal network2007

    • 著者名/発表者名
      T. Nakagaki
    • 雑誌名

      Phys. Rev. Lett. 99

      ページ: 68104-68104

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 粘菌による迷路の解法2007

    • 著者名/発表者名
      小林 亮
    • 雑誌名

      細胞工学 26

      ページ: 769-773

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Effects of food amount on path selection in transport network of an amoeboid organism2007

    • 著者名/発表者名
      T. Nakagaki
    • 雑誌名

      Topological Aspects of Critical Systems and Networks (Proceedings of the international conference on Topological Aspects of Critical Systems and networks)

      ページ: 94-100

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A mathematical model for adaptive transport network in path finding by the true slime mold2007

    • 著者名/発表者名
      A.Tero
    • 雑誌名

      J. Theor. Biol. 244

      ページ: 553-564

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Mathematical model for rhythmic protoplasmic movement in the true slime mold2006

    • 著者名/発表者名
      R.Kobayashi
    • 雑誌名

      J. Math. Biol. 53

      ページ: 273-286

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Physarum solver : -a biologically inspire method of road-network navigation-2006

    • 著者名/発表者名
      A.Tero
    • 雑誌名

      Physica A 363

      ページ: 115-119

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical Synchronization in True Slime Mold - Maze Solving Amoeba-2007

    • 著者名/発表者名
      R. Kobayashi
    • 学会等名
      The 23rd Symposium of the Society of Population Ecology "Spatial Structure and Dynamics of Ecological System"
    • 発表場所
      Sapporo, Japan
    • 年月日
      2007-10-19
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] A Biologically Motivated Shortest Path Finding Algorithm2007

    • 著者名/発表者名
      R. Kobayashi
    • 学会等名
      Mathematical Modeling and Analysis in Biological and Chemical Systems
    • 発表場所
      Orsay, France
    • 年月日
      2007-09-04
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Sovling network problem by amoeba: dynamics and computation2007

    • 著者名/発表者名
      T. Nakagaki
    • 学会等名
      Conference on Unconventional Computiong
    • 発表場所
      Bristol, UK
    • 年月日
      2007-07-12
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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