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クロマチン構造変換のナノスケール3次元電子顕微鏡解析

研究課題

研究課題/領域番号 18657035
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪大学

研究代表者

森川 耿右  大阪大学, 蛋白質研究所, 寄附研究部門教授 (80012665)

研究分担者 青田 聖恵 (浦 聖恵)  大阪大学, 医学系研究科, 助教 (80289363)
研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2007年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
2006年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワード生体分子 / 転写制御 / 電子顕微鏡 / 可視化 / ナノバイオ
研究概要

昨年度のテトラヌクレオソームの電子顕微鏡観察に引き続き、今年度はヌクレオソームの数を増やして15個、20個連なったオリゴヌクレオソームの、負染色法による電顕観察を行い、新たにクライオ電子顕微鏡観察も試みた。
構造解析に適したDNA配列601からなるプラスミドDNAを構築し、大腸菌で発現、精製したコアヒストンを用いてオリゴヌクレオソームを再構成した。2%酢酸ウラニルを用いて負染色した試料を、電子顕微鏡によって観察し、15個、20個のモノヌクレオソームが数珠状に連なったオリゴヌクレオソームの形成が確認できた。また、金属イオンの存在下で、高度にパッキングした30nm fiber様の形態も観察できた。更にクロマチンリモデリング因子であるFACTと、このオリゴヌクレオソームの相互作用を観察するため、FACTのSSRP1とSPT16の二つのサブユニットを共発現させ、複合体の精製を行った。FACT複合体の電子顕微鏡観察を行ったところ、様々なサイズの粒子が観察され、FACTがオリゴマー状態で存在する事が示唆された。一部15nmほどの大きさの分子が検出され、これがFACTモノマーであると推定された。このFACT複合体を上記のオリゴヌクレオソーム溶液に加え、その形態の時間変化を負染色法によって電顕で観察した。しかしながら現在のところ、有意な変化を見いだすには至っていない。現在、溶液中の状態をより正確に反映するクライオ電子顕微鏡観察を開始しており、オリゴヌクレオソームの凍結試料の観察に既に成功し、負染色法と同様の数珠状に連なった形態を観察できた。電子分光法を用いることで無染色であるにも関わらず、良質の画像の記録に成功し、DNAも明確に可視化する事ができた。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Structural insights into the PIP2 recognition by syntenin-1 PDZ domain2008

    • 著者名/発表者名
      Sugi, T.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 366

      ページ: 373-378

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron microscopic single particle analysis of a tetrameric RuvA/RuvB/Holliday junction DNA complex2008

    • 著者名/発表者名
      Mayanagi, K.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 365

      ページ: 273-278

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional significance of octameric RuvA for a branch migration complex from Thermus thermophilus2008

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara, Y.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 366

      ページ: 426-431

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cracking the enigmatic linker histone code.2008

    • 著者名/発表者名
      Godde, J. S.
    • 雑誌名

      J. Biochem (in press)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin: implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regugulation.2007

    • 著者名/発表者名
      Sugi, T.
    • 雑誌名

      EMBO J. 26

      ページ: 2192-2205

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structures of the extracellular regions of the group II/III metabotropic glutamate receptors2007

    • 著者名/発表者名
      Muto, T.
    • 雑誌名

      PNAS 104

      ページ: 3759-3764

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the ligand-binding domain of metabotropic glutamate receptor 7.2007

    • 著者名/発表者名
      Muto, T.
    • 雑誌名

      Acta. Crystallogr. Sect. F 63

      ページ: 627-630

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic study of DNA polymerase from Pyrococcus furiosus2007

    • 著者名/発表者名
      Nishida, H.
    • 雑誌名

      Protein and Peptide Letters 14

      ページ: 403-405

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Visualization of intrinsically disordered regions of protein by high-speed atomic force microscopy2007

    • 著者名/発表者名
      宮城篤
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] DNA ligase/PCNA/DNA複合体の単粒子解析2007

    • 著者名/発表者名
      真柳浩太
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-22
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Differential Chromatin Dynamics Following Embryonic and Somatic Linker Histone Binding2007

    • 著者名/発表者名
      Godde, J. S.
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-14
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Structural View of the clamp-loading mechanism onto DNA2007

    • 著者名/発表者名
      Morikawa, K.
    • 学会等名
      Albany 2007, The 15th Conversation
    • 発表場所
      Albany, USA
    • 年月日
      2007-06-19
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Structural View of metabotropic glutamate receptor activation2007

    • 著者名/発表者名
      Morikawa, K.
    • 学会等名
      INPEC meeting
    • 発表場所
      Jaca, Spain
    • 年月日
      2007-06-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] PCNAを中心としたDNA複製装置複合体の形成と再編に関する研究2007

    • 著者名/発表者名
      石野良純
    • 学会等名
      生体超分子構造 公開シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] 生化学辞典 第4版2007

    • 著者名/発表者名
      今堀和友・山川民夫/監修
    • 総ページ数
      1616
    • 出版者
      東京化学同人
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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