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発光ダイオード検出系を用いた特定細菌群集計数の自動化

研究課題

研究課題/領域番号 18658078
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 水産学一般
研究機関東京大学

研究代表者

西村 昌彦  東京大学, 海洋研究所, 助教 (10242174)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2007年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2006年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
キーワード細菌迅速検出 / 発光ダイオード / バイオプローラー / F1SH法 / Fluorescence in situ hybridization / Bioplorer
研究概要

バイオプローラーで特定細菌の検出を行う場合、総菌数計数のために細菌体の対比染色を行う。これまで、対比染色用栄光色素としてDAPIを用いてきた。今回、より多種の蛍光色素を利用する目的で、新たにプロピディウムアイオダイド(PI)の使用を考えた。培養細菌(大腸菌)を用いた蛍光顕微鏡観察により、PI染色濃度を決定した。その結果、10μg/mlのPI染色により、細菌体は充分に染色され、顕微鏡像も鮮明であった。
これまでの実験結果から、バイオプローラーによるFluorescence in situ hybridizationでは、通常のCy3未端標識の蛍光オリゴヌクレオチドプローブでは、検出に充分な蛍光強度を得られない。そこで、本年は、CARD-FISH法による蛍光強度の増感を試みた。TSA増感システムに利用できる、ビオチン標識したオリゴヌクレオチドプローブを新たに合成した。プローブはそれぞれ、真正細菌共通のEUB338-biotin、プローブの非特異吸着を検定するための、NON338=blotin、大腸菌検出用のEc637-biotin、さらには、コレラ菌検出用のCH01-biotin, CH02-biotinである。
コレラ菌の検出実験を行うため、東京湾からコレラ近縁細菌の分離を行った。東京湾晴海ふ頭より採取した海水100mlを0.2μm孔径のヌクルポアフィルターによりろ過した。ろ過フィルターは、TCBS寒天培地に貼り付け、35℃で3日間培養した。緑色、黄色の多数の細菌コロニーを確認した。このうち、コレラ近縁と思われる黄色コロニーを計50株分離した。これら分離株は、さらにクロモアガー寒天培地による形成コロニー色の判別を行い。現在までに3株のコレラ近縁と推定される菌株を得ている。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて 2008

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件)

  • [雑誌論文] Automatic counting of FISH-labeled microbes by an LED illuminated detecting apparatus2008

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Nishimura, Tomonori Shimakita, Takuhiro Matsuzaki, Yoshikazu Tashiro and Kazuhiro Kogure
    • 雑誌名

      Fisheries Science 74

      ページ: 405-410

    • NAID

      10020478363

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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