種特異的選択的プロモーターの体系的解析による転写制御配列要素形成機構の解明

• 研究課題/領域番号: 18681029
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 29,250千円 (直接経費: 22,500千円、間接経費: 6,750千円); 2008年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円); 2007年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円); 2006年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
• キーワード: プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 / 種特異性 / 転写活性可能 / 実験的検証 / 転写活性化能

研究概要

motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の開発を行い、約5%程度の突然変異を簡便に導入することが可能となった。実際にEF1A1を用いて、最大10%の点突然変異の導入により、同プロモーターの活性が0.03倍から6.5倍まで改変できることを確認しており、用途に応じたプロモーターを創成することがある程度可能になったと考えている。

研究成果

• [雑誌論文] The functional consequences of alternative promoter use in mammalian genomes (2008)
  • 著者名/発表者名: Davuluri, R.V., Suzuki, Y., Sugano, S., Plass, C., Huang, T.H.
  • 雑誌名: Trends Genet 24 ページ: 167-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] The functional consequences of alternative promoter use in mammalian genomes (2008)
  • 著者名/発表者名: Davuluri, R. V., Suzuki, Y. , Sugano, S., Plass, C., Huang, T. H.
  • 雑誌名: Trends Genet 24 ページ: 167-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsic promoter activities of primary DNA sequences in the human genome. (2007)
  • 著者名/発表者名: Sakakibara Y, Irie T, Suzuki Y, Yamashita R, Wakaguri H, Kanai A, Chiba J, Takagi T, Mizushima-Sugano J, Hashimoto S, Nakai K, Sugano S
  • 雑誌名: DNA Research 14 ページ: 71-77
  • 査読あり
• [学会発表] Transcriptome Analysis using Solexa (2007)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2007-12-13
• [学会発表] Transcriptome Analysis using Solexa 2007/09/21 (2007)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y
  • 学会等名: BIOJAPAN2007
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-09-21