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地下生命圏に分布する好熱性難培養アーキアゲノムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 18681030
研究種目

若手研究(A)

配分区分補助金
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関独立行政法人海洋研究開発機構

研究代表者

布浦 拓郎  海洋研究開発機構, 極限環境生物圏研究センター, 研究員 (60359164)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
29,900千円 (直接経費: 23,000千円、間接経費: 6,900千円)
2007年度: 10,920千円 (直接経費: 8,400千円、間接経費: 2,520千円)
2006年度: 18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円)
キーワードメタゲノム / 古細菌 / ゲノム / 微生物 / 地下生命圏 / 環境
研究概要

本研究は,菱刈金山地下熱水環境に生息する,全くの未培養系統群に属する2種のCrenarchaeota(Hot Water Crenarchaeotic Group I及びIII)について,メタゲノム解析による全ゲノム解明を目指すものである。昨年度,菱刈金山熱水環境の微生物群集より作成したフォスミドライブラリー中より,フォスミド末端配列からArchaea由来と判断した約140クローンをGS20を用いて解析した。今年度は前年度に解析した塩基配列の整列化を進め,その後,未シーケンス領域の確定及び,それらの領域の塩基配列決定を中心に解析を行った。その結果,16S rRNA遺伝子の配列を含む全長約1.6MbのHWCG Iに由来するcontigを得ることが出来た。このcontigは,両端に同じCDSが見出されること,これまでに全ゲノム解析が行われたCrenarchaeotaのゲノムサイズの多くは1.5-2.0Mb程度であること,これまでにPyrosequenceによるfosmid塩基配列解析から得た配列で,1.6Mbのcontig中に含まれない配列が極めて少ないことから,HWCG Iのほぼ全ゲノムを得ることが出来たと判断している。なお,自動的なCDS検出を行ったところ,このHWCG I Archaeaは水素あるいは一酸化炭素を電子供与体とし,酸素あるいは硝酸を電子受容体とする化学合成独立栄養生物であることが示唆された。なお,以前の解析より,HWCG Iとほぼ同程度の頻度でライブラリー中に含まれていることが予想されていたHWCG III由来のゲノムが,今回の解析手法で殆ど検出できなかった理由は明らかではない。
本科研費の期間内では,HWCG Iゲノムについて,CDS決定を含む詳細な解析を終了させることは出来なかったが,2008年度内の完了,投稿を目指し,解析を進めている。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (1件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] 地下生命圏研究におけるメタゲノム解析2007

    • 著者名/発表者名
      布浦 拓郎
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとバイオインダストリー 65・4

      ページ: 174-179

    • NAID

      10019925211

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] 菱刈金山地下熱水環境に優占する未培養好熱性Crenarchaeotaの全ゲノム解析2008

    • 著者名/発表者名
      布浦 拓郎
    • 学会等名
      第2回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      2008-03-06
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Metagenomic analysis of uncultivated thermophilic crenarchaeotes from a subsurface gold mine2007

    • 著者名/発表者名
      Takuro Nunoura
    • 学会等名
      Gordon Conference: Archaea; Ecology, Metabolism & Molecular Biology
    • 発表場所
      Proctor Academy, NH, USA
    • 年月日
      2007-08-20
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 地下生命圏に分布する好熱性難培養アーキアゲノムの解明2007

    • 著者名/発表者名
      布浦 拓郎
    • 学会等名
      日本Archaea研究会第20会講演会
    • 発表場所
      八王子市学園都市センター
    • 年月日
      2007-07-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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