遺伝子の発現情報に基づく生命現象の因果性に関する統計解析

• 研究課題/領域番号: 18681031
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 油谷 幸代 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (10361627)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 28,990千円 (直接経費: 22,300千円、間接経費: 6,690千円); 2008年度: 8,450千円 (直接経費: 6,500千円、間接経費: 1,950千円); 2007年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円); 2006年度: 12,220千円 (直接経費: 9,400千円、間接経費: 2,820千円)
• キーワード: 生体生命情報学 / マイクロアレイ / 発現制御 / 遺伝子ネットワーク / グラフィカル連鎖モデル / ウェブツール / 細胞周期 / 遺伝子発現 / ネットワーク推定 / 肝臓ガン進行過程 / 出芽酵母

研究概要

本研究では、発現プロファイルデータに既知の生物学的知見を加えて遺伝子間の因果性を推定する統計的手法を開発し、関連の有無や強弱に加え遺伝子間の因果性の解明を行った。また、開発した手法をウェブツールとして広く公開した。本研究で開発した手法は、数値データに既知の生物学的知見を加えた統計的手法であり、この手法を用いることによって、遺伝子間の発現相互作用について関連性の有無や強弱に加え遺伝子間の因果性の解明までを行うことが可能になった。

研究成果

• [雑誌論文] Statistical Analysis of the Relationship between LexA-Regulated Genes from Expression Profiles (2008)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S. and Horimoto, K.
  • 雑誌名: Res. Commun. Biochem. Cell Mol. Biol. Vol.12, NOS.1&2 ページ: 119-135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integer Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani, S., Horimoto, K. and Akutsu, T.
  • 雑誌名: Int. J.Bioinformatics Research and Applications Vol.4(4) ページ: 385-399
  • NAID: 110006402728
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network evaluation from the consistency of the graph structure with the measured data (2008)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Aburatani, S. and Horimoto, K.
  • 雑誌名: BMC Systems Biology Vol.2:84 ページ: 1-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network evaluation from the consistency of the graph structure with the measured data (2008)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Aburatani, S., Horimoto, K.
  • 雑誌名: BMC Systems Biology Vol.2:84 ページ: 1-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integer Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani, S., Horimoto, K., Akutsu, T.
  • 雑誌名: Int.J.Bioinformatics Research and Applications, Vol.4(4) ページ: 385-399
  • NAID: 110006402728
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical Analysis of the Relationship between LexA-Regulated Genes from Expression Profiles (2008)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Horimoto, K.
  • 雑誌名: Res.Commun.Biochem.Cell Mol.Biol. Vol.12 NOS.1&2 ページ: 119-135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinogenesis by graphical Gaussian model (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Sun, F., Saito, S., Honda, M., Kaneko, S. and Horimoto, K.
  • 雑誌名: EURASIP J. Bioinfo. Systems Biol. Vol.47214 ページ: 1-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integer Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani, S., Horimoto, K. and Akutsu, T.
  • 雑誌名: Proceedings of OSB2007 ページ: 21-28
  • NAID: 110006402728
  • 査読あり
• [雑誌論文] ASIAN : A Network Inference Web Server for Biologists (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 雑誌名: Proceedings of the 11th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics Vol.4 ページ: 1-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Complex Regulatory Network for the Cell Cycle System in Saccharomyces cerevisiae (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 雑誌名: Algebraic Biology 2007 Lecture Notes in Computer Science ページ: 350-364
• [雑誌論文] nteger Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Attsy Analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani, S., Horimoto, K. and Akutsu, T
  • 雑誌名: JBRA (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] ASIAN: A Network Inference Web Sever for Biologists (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 雑誌名: Proceedings of the 11th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics 4 ページ: 1-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interger Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani S., Horimoto, K. and Akutsu, T.
  • 雑誌名: Proceedings of 10th OSB, Lecture Notes in Operation Research ページ: 18-21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Complex Regulatory Network for the Cell Cycle System in Saccharomtces cerevisiae (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 雑誌名: Proceedings of the Algebraic Biology 2007 4545 ページ: 350-364
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene systems network inferred from expression profikes in he patocellular carcinogenesis by graphical Gaussian model (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Sun, F., Saito, S., Honda, M., Kaneko, S.and Horimoto, K.
  • 雑誌名: EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology ページ: 47214-47225
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Complex Regulatory Network for the Cell Cycle System in Saccharomyces cerevisiae (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 雑誌名: Proceedings of the Algebraic Biology 2007 (in press)
• [雑誌論文] A Graphical Chain Modeling Approach for Analyzing Gene Expression Profiles (2006)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Saito, S., Toh, H., Horimoto, K.
  • 雑誌名: Statist. Method. Vol.3 ページ: 17-28
  • NAID: 110003482758
  • 査読あり
• [雑誌論文] Serial Network Inference in Cell Cycle regulation on Yeast (2006)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S. and Horimoto, K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 10th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics Vol.4 ページ: 1-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Serial Network Inference in Cell Cycle regulation on Yeast (2006)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Horimoto, K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 10th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics 4 ページ: 1-6
• [雑誌論文] A Graphical Chain Modeling Approach for Analyzing Gene Expression Profiles (2006)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Saito, S., Toh, H., Horimoto, K.
  • 雑誌名: Statist. Method. 3 ページ: 17-28
  • NAID: 110003482758
• [雑誌論文] Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinogenesis by graphical Gaussian model
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Sun, F., Saito, S., Honda, M., Kaneko, S., Horimoto, K.
  • 雑誌名: EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (accepted)
• [学会発表] Inference of Complex Regulatory Network for the Cell Cycle System in Saccharomyces cerevisiae (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 学会等名: Algebraic Biology 2007
  • 発表場所: RISC (Austria)
• [学会発表] ASIAN ; A Network Inference Web Server for Biologists (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 学会等名: WMSCI2007
  • 発表場所: Orland (USA)
• [学会発表] Serial Network Inference in Cell Cycle Regulation on Yeast (2006)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 学会等名: Horimoto, K., WMSCI2006
  • 発表場所: Orland (USA)
• [学会発表] Inference of Cell Cycle Regulatory Network from Expression Profiles by Graphical Chain Modeling (2006)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Saito, S., Horimoto, K.
  • 学会等名: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology
  • 発表場所: Kyoto (Japan)
• [図書] Bioinformatics for Systems Biology : Chapter 29 : ASIAN : Network Inference Web Server (Stephen Krawetz 編集, 2009.2) (2009)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Saito, S., Horimoto, K.
  • 総ページ数: 740
  • 出版者: Humana Press
• [図書] Bioinformatics for Systems Biology Chapter 29 : ASIAN : Network Inference Web Server, (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Aburatani, S.Saito, K.Horimoto
  • 出版者: Humana Press
• [図書] マイクロアレイデータ統計解析プロトコール : 偏相関係数によるネットワーク推定グラフィカル・ガウシアン・モデル法", (藤渕航・堀本勝久 / 編, pp.224-233, 2008.4) (2008)
  • 著者名/発表者名: 油谷幸代
  • 総ページ数: 255
  • 出版者: 羊土社
• [図書] マイクロアレイデータ統計解析プロトコール(実験医学別冊23)4章ネットワーク解析[応用解析編]1.偏相関係数によるネットワーク推定グラフィカル・ガウシアン・モデル法, (2008)
  • 著者名/発表者名: 油谷幸代 (藤渕航, 堀本勝久編)
  • 出版者: 羊土社
• [図書] Bioinformatics for Systems Biology: Srcond Edition, Introduction to Informattics (2008)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Saito, S., and Horimoto,K.
  • 出版者: The Humana Press, New Jersey, in press
• [図書] はじめてのバイオインフォマティクス : トランスクリプトームとプロテオーム (籐博幸 編集, pp97-123, 2006.12) (2006)
  • 著者名/発表者名: 油谷幸代
  • 総ページ数: 166
  • 出版者: 講談社サイエンティフィック
• [備考] ASIAN : 階層クラスタリングとグラフィカル・ガウシアン・モデリング(GGM)の組み合わせによるネットワーク推定ツール
  • URL: http://eureka.cbrc.jp/asian/
• [備考] LB001 ASIAN : 階層クラスタリングとグラフィカル・ガウシアン・モデリング(GGM)の組み合わせによるネットワーク推定ツール
  • URL: http://eureka.cbrc.jp/asian/