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GRAPE型専用計算機による量子化学

研究課題

研究課題/領域番号 18700288
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関名古屋大学

研究代表者

安田 耕二  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (70293686)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2007年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2006年度: 300千円 (直接経費: 300千円)
キーワード量子化学 / 密度汎関数法 / 専用計算機
研究概要

量子化学計算で最もよく使われる密度汎関数法を、SIMD型計算機で実行する事で、飛躍的な高速化を目指した研究である。最近のグラフィックボードは単精度で高速なSIMD型プロセッサで作られており、多数出荷されるため価格性能比が高い。そこでグラフィックボードで密度汎関数計算をするアルゴリズムを開発した。単精度演算でも必要精度が得られるよう、昨年開発したCoulomb項と交換相関項の計算アルゴリズムを改良した。NVIDIA社のGeForce8800 GTXにCUDAを用いて実装し、インターフェースC関数を書き、Gaussian03と結合した。代表分子としてTaxolやValinomycinを選び、計算精度と実行時間を調べた。単精度演算でも、倍精度と実用上差が無いエネルギーが得られた。またCoulomb項はPentium42.8GHzの約10倍、交換相関項は約80倍の速度を得た。全体では最新のQuad core CPUの約7倍の速度であり、安価なグラフィックボードで密度汎関数計算を、大幅に加速できる事が分かった。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて 2008 2006

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件)

  • [雑誌論文] Two-electron integral evaluation on the graphics processor unit2008

    • 著者名/発表者名
      Koji Yasuda
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry 29

      ページ: 334-342

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The extension of the fragment molecular orbital method with the many-particle Green's function2006

    • 著者名/発表者名
      Koji Yasuda, Daisuke Yamaki
    • 雑誌名

      Journal of Chemical. Physics 125・15

      ページ: 154101-154101

    • NAID

      120000975291

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

URL: 

公開日: 2006-04-01   更新日: 2025-11-18  

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