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分子間相互作用を利用したRNA末端部位標識化試薬の開発

研究課題

研究課題/領域番号 18710199
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物分子科学
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

小島 直  産業技術総合研究所, ゲノムファクトリー研究部門, 主任研究員 (30356985)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2007年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2006年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
キーワード核酸 / 遺伝子 / 分子認識 / 合成化学 / 検出
研究概要

DNAアレイ等による遺伝子の網羅的なプロファイリング解析研究では,サンプルの標識化量がmRNAの配列に依存してしまうため,mRNAを定量的に検出することは困難である。また microRNAに代表されるnon-codingRNAの解析についても,同様に細胞内存在量変化の解析は困難である。本研究課題では上記問題点を克服すべく,標識分子によりRNAの配列末端部位のみを選択的に標識化する技術の確立を目標とし,このための新規なRNA末端標識化試薬の開発を進めた。研究2年目である本年度では,昨年度の研究結果を基に化合物の更なる改良を行い,より実用的な標識化試薬の開発を目指した。
1.改良型標識化試薬の分子設計,および化学合成
疎水性相互作用や静電的相互作用など,核酸分子の塩基部およびリン酸部位との問に働くと予想される分子間相互作用を利用することで,効率的にRNA末端部位を認識して標識化することが可能であると考え,新規標識化試薬の分子設計を行った。昨年度の研究では,標識化試薬(反応基としてアミノ基を有する)への疎水性芳香族基の導入がその標識化効率を大きく向上させることを明らかにした。本年度は更なる反応効率の改良を目的に,標識化試薬へのグアニジノ基の導入を行った。グアニジノ部位の化学合成は,提案者が以前に開発した手法により達成した。
2.改良型標識化識薬の評価,および核酸構造が反応効率にぼす影響の解析
合成した新規化合物について標識化効率を検討した。標識化反応には化学合成した短鎖RNAを用い,またRNAが二本鎖を形成した時の影響につても検討した。その結果,グアニジノ基の導入が反応効率を大きく上昇させることを見出し,特に疎水性芳香族基と組み合わせた試薬が高い反応性を有していることを明らかにした。また二本鎖RNAとの反応性の比較により,化合物の平面構造も重要であることが示された。以上の研究により優れた反応性を有するRNA末端標識化試薬の開発を達成できた。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて 2008 2006

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件)

  • [雑誌論文] Novel amino linkers enabling efficient labeling and convenient purification of amino-modified oligonucleotides2008

    • 著者名/発表者名
      Komatsu, Y.
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry 16

      ページ: 941-949

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enhanced reactivity of amino-modified oligonucleotides by insertion of aromatic residue2006

    • 著者名/発表者名
      Kojima, N
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 16・19

      ページ: 5118-5121

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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