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人工遺伝子ネットワークの設計支援システム

研究課題

研究課題/領域番号 18740237
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 数理物理・物性基礎
研究機関九州工業大学

研究代表者

大澤 智興  九州工業大学, 情報工学部, 助教 (30342760)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2007年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2006年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワード生体生命情報学 / 生物物理 / 数理生物 / 物性基礎論 / 計算生物 / 数理モデル化 / ネットワーク / モデル化
研究概要

ブーリアンネットワーク(BN)は、複雑なネットワークのモデルとして使用されてきた離散力学モデルである。 本研究では、種々のモデル生物内における分子ネットワークの巨視的な構造に注目し、その構造の機能・性質を理解する目的でモデル化を行った。 少なくとも2つの統計的な性質が知られており、1)結合度分布は極めて不均一で、スケールフリー性を持つ(大域構造)。2)モチーフと呼ばれる少数ノードからなる構造があることが分かった(局所構造)。 これらの大域および、局所構造をBNに拘束条件として組み込み、それら構造の有無や量の過多に依存して、BNの力学的性質がどのように変化するのか調べ、それら構造の生物学的な役割や機能を推定した。 すると大域構造は、モデルネットワークの状態変数を同期化を促進させる機能があることがわかった。これにより、発現パターンに相当する状態変数の乱雑さを押さえることができる。 局所構造は、局所構造の内部結合様式に依存して、状態変数を落ち着かせる構造と、乱雑さを増大させる構造があることが分かった。 生体内には、落ち着かせる構造が統計的に有意に存在していることが知られており、本研究において力学的な性質から、その構造の役割・機能が推定できた。 さらに上記の局所構造をBNに組み込まず、単体で網羅的に解析・評価方法を提案し、実施した。すると、上記のBNで得られた研究結果と定性的に一貫性のある結果が得られた。
これらの研究は、さらに未知の有用なトポロジーの発見・創発に利用でき、人工遺伝子ネットワークやさらに、iPS,ES細胞制御に関する知見が得られる可能性がある。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Effects of Feedback and feedforward loops on dynamics of transcriptional regulatory model networks2008

    • 著者名/発表者名
      Chikoo Oosawa
    • 雑誌名

      Proceedings of the 13th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)

      ページ: 885-890

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] フィードバックとフィードフォワード構造を持つサブブーリアンネットワークの伝達特性2008

    • 著者名/発表者名
      松本 将吾
    • 雑誌名

      IPSJ Technical Report (SIG-BIO) BIO-12-1(1)

      ページ: 1-8

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Stabilizing and Destabilizing Effects of Embedded 3-node Subgraphs on State Space in Boolean Networks2008

    • 著者名/発表者名
      Chikoo Oosawa
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 未定(受理済)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Roles of hubs in Boolean networks2007

    • 著者名/発表者名
      Chikoo Oosawa
    • 雑誌名

      Proceedings of the 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems (NDES2007) 15

      ページ: 245-248

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Local cause of coherence in Boolean networks2007

    • 著者名/発表者名
      Chikoo Oosawa, Kazuhiro Takemoto, Shogo Matsumoto, Michael A. Savageau
    • 雑誌名

      The 12th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 12th'07)

      ページ: 621-626

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Modeling for evolving biological networks with scale-free connectivity, hieirachical modularity, and disassortativity

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Takemoto, Chikoo Oosawa
    • 雑誌名

      Mathematical Biosciences (未定)(印刷中)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Structure of n-clique networks embedded in a complex network

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Takemoto, Chikoo Oosawa, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Physica A (未定)(印刷中)

    • NAID

      120005941590

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] Temporal Order Driven by Global and Local Structure in Biological Model Networks2008

    • 著者名/発表者名
      Chikoo Oosawa
    • 学会等名
      3rd International Nonlinear Science Conference
    • 発表場所
      中央大学
    • 年月日
      2008-03-14
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] A constructive and ensemble approach for inferring decision-making capabilities in transcriptional regulatory networks2007

    • 著者名/発表者名
      Chikoo Oosawa
    • 学会等名
      2nd International Workshop on Natural Computing
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2007-12-11
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://scholar.google.com/scholar?q=chikoo+oosawa

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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