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藍藻ホスホリブロキナーゼのX線構造解析による反応機構と活性制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18770087
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪大学

研究代表者

松村 浩由  大阪大学, 大学院・工学研究科, 助教 (30324809)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2007年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2006年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
キーワード藍藻 / ホスホリブロキナーゼ / X線構造解析 / 反応磯構 / 活性制御機構 / 反応機構
研究概要

本研究は,藍藻ボスホリブロキナーゼ(PRK)の反応機構ならびに活性調節機構をX線構造解析によって解明することを目的とし,以下の実験を行った。
藍藻Synecococcus由来PRKの大量培養・精製系を構築した。精製手順は、藍藻PRKを大量に生産した大腸菌を破砕し,硫安分画,Niアフィニティークロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィーで精製を行った。その後、動的溶液光散乱法装置(DLS)を用いて,溶液状態でのサンプルの結晶化能を確認した。続いて、His-tagドメインを有した酵素を用いて、結晶化を行った。恒温インキュベータ(20℃と4℃)で、種々の結晶化条件の検討を行ったところ、PEG3350を沈殿剤として用いた条件で、0.2x0.2x0.2mm程度のX線回折実験に適した大きさの単結晶を作成することに初めて成功した。しかし、大型放射光施設Spring-8にてX線回折実験を行ったところ回折能3.8Å程度と、構造解析には不十分であった。次に,ThrombinによってHis-tagドメインを切断し、さらに、PRKの本体をゲル濾過クロマトグラフィーにより精製した。その後、結晶化を行ったところ,0.05mm程度の単結晶を作成することに成功したが、大きさが不十分であり、構造解析可能な回折データが得られなかった。次に、PRKの活性調節因子であるCP12タンパク1質の精製系の構築にとりくんだ。PRKとCP12の結合をpull-downassayにて確認したが、結晶が得られなかった。続いて、CP12タンパク質のPRK結合ペプチドを合成し、PRKとCP12の結合をpull-down assayにて確認し、その後結晶化を行ったところ、0.05mm程度の単結晶を作成することができた。現在、結晶の改善を目指し、PRKとCP12ペプチド複合体の結晶化を行っている。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2008 2007 2006 その他

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (7件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Crystal structure of 5-methylthioribose l-phosphate isomerase product complex from Bacillus subtilis: Implications for catalytic mechanism.2008

    • 著者名/発表者名
      H. Tamura, et. al.
    • 雑誌名

      Protein Science 17巻

      ページ: 126-135

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for the decarboxylation of orotidine 5'-monophosphate (OMP) by Plasmodium falciparum OMP decarboxylase.2008

    • 著者名/発表者名
      K. Tokuoka, et. al.
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry 143巻

      ページ: 69-78

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel cation-pi interaction revealed by crystal structure of thermoalk alophilic lipase.2008

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumura, et. al.
    • 雑誌名

      PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 70巻

      ページ: 592-598

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural, Thermodynamic, and Mutational Analyses of a Psychrotrophic RNase HI.2007

    • 著者名/発表者名
      T. Tadokoro, et . al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46巻

      ページ: 7460-7468

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conformational Contagion in a Protein: Structural Properties of a Chameleon Sequence.2007

    • 著者名/発表者名
      K. Takano, et. al.
    • 雑誌名

      PROTEINS: Structure, Functure, Function, and Bioinformatics 68巻

      ページ: 617-625

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enzymatic Characterization of 5-Methylthioribose l-Phosphate Isomerase from Bacillus subtilis.2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Saito, et. al.
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem. 71巻

      ページ: 2021-2028

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Four New Crystal Structures of Tk-subtilisin in Unautoprocessed, Autop rocessed and Mature Forms: Insight into Structural Changes during Maturation.2007

    • 著者名/発表者名
      S. Tanaka, et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 372巻

      ページ: 1055-1069

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preparation, crystallization and preliminary crystallographic analysis of old yellow enzyme from Trypanosoma cruzi.2007

    • 著者名/発表者名
      S. Sugiyama, et. al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F 63巻

      ページ: 896-898

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of a family I.3 lipase from Pseudomonas sp. MIS38 in a closed conformation.2007

    • 著者名/発表者名
      C. Angkawidjaja, et. al.
    • 雑誌名

      FEBS Letters 581巻

      ページ: 5060-5064

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Requirement of Left-handed Glycine Residue for High Stability of the Tk-subtilisin Propeptide as Revealed by Mutational and Crystallographic Analyses.2007

    • 著者名/発表者名
      M. Pulido, et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 374巻

      ページ: 1359-1373

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of glycerol kinase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis2007

    • 著者名/発表者名
      R.Katsumi, Y.Koga, D.-J.You, H.Matsumura, K.Takano, S.Kanaya
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F 63巻2号

      ページ: 126-129

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A novel mechanism of allosteric regulation of archaeal phosphoenolpyruvate carboxylase : a combined approach to structure-based alignment and model assessment2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroyoshi Matsurmura, Katsura Izui, Kenji Mizuguchi
    • 雑誌名

      Protein engineering design & selection 19巻9号

      ページ: 409-419

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Application of Femtosecond Laser Ablation for Detaching Grown Protein Crystals from a Glass Capillary Tube2006

    • 著者名/発表者名
      M.Kashii, R.Fujisawa, H.Adachi, Y.Mori, T.Sasaki, Y.Koga, K.Takano, S.Kanaya, H.Matsumura, T.Inoue, S.Murakami, K.Sugamoto, H.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering 102巻4号

      ページ: 372-374

    • NAID

      110004839458

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Effect of ultrasonic irradiation on protein crystallization2006

    • 著者名/発表者名
      K.Kakinouchi, H.Adachi, H.Matsumura, T.Inoue, S.Murakami, Y.Mori, Y.Koga, K.Takano, S.Kanaya
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 292巻2号

      ページ: 437-440

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Cooling-rate screening system for determining protein crystal growth conditions2006

    • 著者名/発表者名
      R.Murai, S.Nakata, M.Kashii, H.Adachi, A.Niino, K.Takano, H.Matsumura, S.Murakami, T.Inoue, Y.Mori, T.Sasaki
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 292巻2号

      ページ: 433-436

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Novel cation-pi interaction revealed by crystal structure of thermoalk alophilic lipase.

    • 著者名/発表者名
      M. Pulido, et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology in press

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] pH-dependent regulation revealed by X-ray structure of phosphoenolpyru vate carboxylase from maize.2007

    • 著者名/発表者名
      Hiroyoshi Matsumura
    • 学会等名
      14th International Congress on Photosynthesis (PS07 Glasgow)
    • 発表場所
      Glasgow(UK)
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Crystal structure of 5-methylthioribose 1-phosphate isomerase product complex from Bacillus subtilis: Implications for catalytic Mechanism.2007

    • 著者名/発表者名
      Haruka Tamura
    • 学会等名
      The 8th Conference of the Asian Crystallographic Association, AsCA' 07
    • 発表場所
      Taipei (TAIWAN)
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] STRUCTURAL DIFFERENCE BETWEEN RICE AND RED ALGA RUBISCO COMPLEXED WITH SULFATE.2007

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Komura
    • 学会等名
      The 8th Conference of the Asian Crystallographic Association, AsCA' 07
    • 発表場所
      Taipei (TAIWAN)
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] メチオニン回収経路で機能する枯草菌由来RLPのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      田村はるか
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会および総会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] イネ由来RuBisCOと紅藻由来RuBisCOの硫酸イオン複合体に見られた立体構造の違い2007

    • 著者名/発表者名
      小村泰浩
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会および総会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 藍藻ホスホリプロキナーゼの基質類似物結合型、CP12結合型のX線解析を自指した結晶化2007

    • 著者名/発表者名
      前田貴行
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会および総会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 二酸化炭素固定酵素のX線構造解析による構造-機能相関の解明2007

    • 著者名/発表者名
      松村浩由
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会および総会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] Structural Biology of Membrane Proteins2006

    • 著者名/発表者名
      Fabien Walas, Hiroyoshi Matsumura, Ben Luisi
    • 総ページ数
      24
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry (RSC)
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [図書] 第5版 実験化学講座 5 化学実験のための基礎技術2006

    • 著者名/発表者名
      井上 豪, 松村浩由, 甲斐 泰
    • 総ページ数
      15
    • 出版者
      丸善株式会社
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [図書] 酵素工学ニュース2006

    • 著者名/発表者名
      安達宏昭, 森勇介, 佐々木孝友, 高野和文, 松村浩由, 井上豪, 村上聡
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      酵素工学研究会
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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